| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-22页 |
| 1 前言 | 第15页 |
| 2 赤水乌骨鸡概述 | 第15-16页 |
| 3 绿壳基因国内外研究现状 | 第16-18页 |
| 4 绿壳蛋发展现状 | 第18页 |
| 5 转录组测序概况 | 第18-20页 |
| 6 差异表达基因概况 | 第20-21页 |
| 6.1 CHRDL1基因概况 | 第20页 |
| 6.2 CNTN5基因概况 | 第20-21页 |
| 7 研究目的及意义 | 第21-22页 |
| 第二章 赤水乌骨鸡不同绿壳基因型的蛋壳胆绿素含量及蛋品质研究 | 第22-32页 |
| 1 材料与方法 | 第22-25页 |
| 1.1 实验动物 | 第22页 |
| 1.2 试验方法 | 第22-25页 |
| 1.2.1 绿壳基因分型 | 第22-23页 |
| 1.2.2 蛋品质测定 | 第23页 |
| 1.2.3 主要仪器 | 第23页 |
| 1.2.4 试剂及耗材 | 第23-24页 |
| 1.2.5 原卟啉及胆绿素标准曲线测定 | 第24页 |
| 1.2.6 蛋壳原卟啉及胆绿素测定 | 第24-25页 |
| 1.3 数据统计 | 第25页 |
| 2 结果与分析 | 第25-29页 |
| 2.1 SLCO1B3基因分型结果 | 第25页 |
| 2.2 蛋品质测定结果 | 第25-27页 |
| 2.3 鸡蛋等级评定结果 | 第27页 |
| 2.4 原卟啉及胆绿素标准曲线绘制及方程 | 第27-29页 |
| 2.5 蛋壳胆绿素及原卟啉含量测定结果 | 第29页 |
| 3 讨论 | 第29-31页 |
| 3.1 不同基因型蛋品质分析 | 第29-30页 |
| 3.2 不同基因型胆绿素及原卟啉含量分析 | 第30页 |
| 3.3 分子辅助选育 | 第30-31页 |
| 4 小结 | 第31-32页 |
| 第三章 赤水乌骨鸡蛋壳腺转录组测序分析 | 第32-50页 |
| 1 试验动物及方法 | 第32-33页 |
| 1.1 实验动物 | 第32页 |
| 1.2 试验方法 | 第32-33页 |
| 1.2.1 基因分型 | 第32页 |
| 1.2.2 设备及试剂 | 第32-33页 |
| 1.2.3 蛋壳腺采集 | 第33页 |
| 1.2.4 转录组测序 | 第33页 |
| 2 结果与分析 | 第33-47页 |
| 2.1 转录组测序 | 第33-47页 |
| 2.1.1 数据过滤 | 第33-36页 |
| 2.1.2 测序碱基序列分布图 | 第36页 |
| 2.1.3 差异表达基因统计 | 第36-37页 |
| 2.1.4 差异表达基因的GO统计 | 第37-38页 |
| 2.1.5 差异表达基因筛选 | 第38-39页 |
| 2.1.6 GO功能分析 | 第39-40页 |
| 2.1.7 KEGG通路分析 | 第40-41页 |
| 2.1.8 差异表达基因与SLCO1B3蛋白互作 | 第41-42页 |
| 2.1.9 差异表达基因蛋白质功能预测 | 第42-46页 |
| 2.1.10 转录组可变剪切预测 | 第46-47页 |
| 3 讨论 | 第47-48页 |
| 3.1 蛋壳腺转录组测序分析 | 第47-48页 |
| 3.2 差异表达基因信号通路分析 | 第48页 |
| 3.3 差异表达基因功能预测分析 | 第48页 |
| 4 小结 | 第48-50页 |
| 第四章 赤水乌骨鸡差异表达基因表达研究 | 第50-76页 |
| 1 试验动物及方法 | 第50-53页 |
| 1.1 试验动物 | 第50页 |
| 1.2 试验方法 | 第50-53页 |
| 1.2.1 蛋壳腺及肝脏的采集 | 第50页 |
| 1.2.2 试验用主要仪器设备 | 第50-51页 |
| 1.2.3 试验用主要试剂 | 第51页 |
| 1.2.4 引物设计 | 第51页 |
| 1.2.5 RNA的提取 | 第51-52页 |
| 1.2.6 cDNA的合成 | 第52-53页 |
| 1.2.7 实时荧光定量PCR扩增体系及程序 | 第53页 |
| 1.2.8 数据统计 | 第53页 |
| 2 结果与分析 | 第53-73页 |
| 2.1 RNA提取 | 第53-54页 |
| 2.2 差异表达基因PCR扩增结果 | 第54-55页 |
| 2.3 差异表达基因、SLCO1B3基因及GAPDH基因荧光定量PCR相关曲线 | 第55-56页 |
| 2.4 540日龄差异表达基因表达情况 | 第56-60页 |
| 2.4.1 蛋壳腺中表达情况 | 第56-58页 |
| 2.4.2 肝脏中表达情况 | 第58-60页 |
| 2.5 360日龄日龄差异表达基因表达情况 | 第60-63页 |
| 2.5.1 蛋壳腺中表达情况 | 第60-61页 |
| 2.5.2 肝脏中表达情况 | 第61-63页 |
| 2.6 180日龄差异表达基因表达情况 | 第63-66页 |
| 2.6.1 蛋壳腺中表达情况 | 第63-65页 |
| 2.6.2 肝脏中表达情况 | 第65-66页 |
| 2.7 CNTN5基因在不同时期表达情况 | 第66-68页 |
| 2.7.1 蛋壳腺中表达情况 | 第66-67页 |
| 2.7.2 肝脏中表达情况 | 第67-68页 |
| 2.8 SPIA1基因在不同时期表达情况 | 第68-69页 |
| 2.8.1 在蛋壳腺中表达情况 | 第68-69页 |
| 2.8.2 在肝脏中表达情况 | 第69页 |
| 2.9 CHRDL1基因在不同时期表达情况 | 第69-71页 |
| 2.9.1 在蛋壳腺中表达情况 | 第69-70页 |
| 2.9.2 在肝脏中表达情况 | 第70-71页 |
| 2.10 SLCO1B3基因的表达情况 | 第71-73页 |
| 2.10.1 SLCO1B3基因在肝脏中的表达情况 | 第71-72页 |
| 2.10.2 SLCO1B3基因在蛋壳腺中的表达情况 | 第72-73页 |
| 3 蛋壳胆绿素含量与SLCO1B3基因的相关性分析 | 第73-74页 |
| 4 讨论 | 第74-75页 |
| 4.1 差异表达基因在同一时期表达情况 | 第74-75页 |
| 4.2 差异表达基因在不同时期表达情况 | 第75页 |
| 5 小结 | 第75-76页 |
| 第五章 结论与展望 | 第76页 |
| 展望 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-80页 |
| 致谢 | 第80-81页 |
| 附录 | 第81页 |
| 附录Ⅰ参与科研项目与论文发表情况 | 第81-82页 |
| 附录Ⅱ | 第82-84页 |
