| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 1 绪论 | 第10-26页 |
| 1.1 引言 | 第10页 |
| 1.2 蛋白质概论 | 第10-16页 |
| 1.2.1 氨基酸 | 第11-13页 |
| 1.2.2 蛋白质结构 | 第13-15页 |
| 1.2.3 蛋白质的功能 | 第15-16页 |
| 1.2.4 蛋白质结构和功能的研究现状 | 第16页 |
| 1.3 蛋白质构象转换 | 第16-17页 |
| 1.4 蛋白质结构模拟 | 第17-18页 |
| 1.5 蛋白质-蛋白质相互作用 | 第18-19页 |
| 1.6 蛋白质简介 | 第19-21页 |
| 1.6.1 人类朊病毒蛋白 | 第19-20页 |
| 1.6.2 胰岛素样生长因子系统 | 第20-21页 |
| 1.7 研究目的及内容 | 第21-23页 |
| 1.7.1 野生型和 R220K 突变型人类朊蛋白的结构稳定性研究 | 第21-22页 |
| 1.7.2 人类朊蛋白动力学稳定性的研究 | 第22页 |
| 1.7.3 胰岛素样生长因子及其结合蛋白相互识别机理研究 | 第22-23页 |
| 参考文献 | 第23-26页 |
| 2 计算方法 | 第26-40页 |
| 2.1 分子模拟简介 | 第26页 |
| 2.2 MD 模拟算法 | 第26-31页 |
| 2.2.1 基本原理 | 第27-28页 |
| 2.2.2 周期性边界条件及截断半径 | 第28页 |
| 2.2.3 MD 模拟系综 | 第28-29页 |
| 2.2.4 温度和压力的调控 | 第29-31页 |
| 2.3 分子力场 | 第31-33页 |
| 2.4 流动分子动力学模拟 | 第33页 |
| 2.5 应用软件 | 第33-34页 |
| 2.6 分子动力学模拟的操作流程 | 第34-35页 |
| 2.7 蛋白质构象分析方法 | 第35-37页 |
| 2.7.1 均方根偏差(RMSD) | 第35页 |
| 2.7.2 蛋白质分子二级结构分析 | 第35-36页 |
| 2.7.3 蛋白质的回旋半径 | 第36-37页 |
| 参考文献 | 第37-40页 |
| 3 野生型和 R220K 突变型人类朊蛋白的结构稳定性研究 | 第40-62页 |
| 3.1 引言 | 第40-41页 |
| 3.2 建模和方法 | 第41-44页 |
| 3.2.1 构建体系 | 第41-42页 |
| 3.2.2 MD 模拟 | 第42页 |
| 3.2.3 FMD 模拟 | 第42-43页 |
| 3.2.4 重折叠的 MD 模拟 | 第43-44页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第44-58页 |
| 3.3.1 热力学稳定性 | 第44-48页 |
| 3.3.2 流体诱导的结构转变 | 第48-56页 |
| 3.3.3 重折叠动力学 | 第56-58页 |
| 3.4 结论 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-62页 |
| 4 人类朊蛋白解折叠和重折叠动力学研究 | 第62-78页 |
| 4.1 前言 | 第62-63页 |
| 4.2 模拟方法 | 第63-65页 |
| 4.2.1 体系和方法 | 第63页 |
| 4.2.2 FMD 模拟 | 第63-64页 |
| 4.2.3 重折叠的 MD 模拟 | 第64-65页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第65-74页 |
| 4.3.1 平衡态讨论 | 第65-66页 |
| 4.3.2 流体诱导结构转换 | 第66-70页 |
| 4.3.3 重折叠动力学 | 第70-74页 |
| 4.4 结论 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-78页 |
| 5 胰岛素样生长因子及其结合蛋白相互识别机理研究 | 第78-92页 |
| 5.1 引言 | 第78-79页 |
| 5.2 建模与方法 | 第79-80页 |
| 5.2.1 体系的构建 | 第79-80页 |
| 5.2.2 模拟细节 | 第80页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第80-89页 |
| 5.3.1 模拟的稳定性和能量分析 | 第80-82页 |
| 5.3.2 关键残基的筛选 | 第82页 |
| 5.3.3 关键残基比较分析 | 第82-83页 |
| 5.3.4 关键残基的分布统计 | 第83-84页 |
| 5.3.5 极性与非极性氨基酸的比重分析 | 第84-85页 |
| 5.3.6 IGFBP6-IGFs 相互识别机理 | 第85-88页 |
| 5.3.7 相互作用关系图 | 第88-89页 |
| 5.4 结论 | 第89-90页 |
| 参考文献 | 第90-92页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第92-93页 |
| 致谢 | 第93-94页 |
