| 中文摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-13页 |
| 1 前言 | 第15-31页 |
| 1.1 真核细胞典型的依赖帽子翻译起始 | 第15-17页 |
| 1.2 植物RNA病毒不依赖帽子翻译机制的研究进展 | 第17-25页 |
| 1.2.1 植物RNA病毒的5’IRES元件 | 第17-19页 |
| 1.2.2 植物RNA病毒的3’CITE元件 | 第19-25页 |
| 1.3 植物RNA病毒的分子进化 | 第25-27页 |
| 1.4 RNA结构分析方法 | 第27-28页 |
| 1.5 烟草丛顶病毒的研究进展 | 第28-30页 |
| 1.6 本研究的目的和意义 | 第30-31页 |
| 2 材料和方法 | 第31-51页 |
| 2.1 材料 | 第31-32页 |
| 2.1.1 质粒、菌株、抗体、悬浮细胞 | 第31页 |
| 2.1.2 烟草丛顶病样品 | 第31页 |
| 2.1.3 所用载体及试剂 | 第31页 |
| 2.1.4 主要实验仪器 | 第31页 |
| 2.1.5 引物合成和测序 | 第31-32页 |
| 2.2 方法 | 第32-51页 |
| 2.2.1 植物总RNA的提取 | 第32页 |
| 2.2.2 RT-PCR检测 | 第32-33页 |
| 2.2.3 重叠PCR | 第33-34页 |
| 2.2.4 cDNA末端快速扩增(RACE) | 第34-35页 |
| 2.2.4.1 cDNA5’末端快速扩增(5’RACE) | 第34-35页 |
| 2.2.4.2 cDNA3’末端快速扩增(3’RACE) | 第35页 |
| 2.2.5 核酸的沉淀和浓缩 | 第35-36页 |
| 2.2.6 PCR产物或酶切产物的胶回收 | 第36页 |
| 2.2.7 连接反应 | 第36-37页 |
| 2.2.8 大肠杆菌感受态细胞的制备 | 第37页 |
| 2.2.9 大肠杆菌感受态细胞的转化 | 第37页 |
| 2.2.10 菌落PCR筛选重组质粒 | 第37-38页 |
| 2.2.11 Cracking快速鉴定 | 第38页 |
| 2.2.12 酶切鉴定法 | 第38页 |
| 2.2.13 酶切反应 | 第38-39页 |
| 2.2.14 碱裂解法小量提质粒 | 第39页 |
| 2.2.15 体外转录 | 第39-40页 |
| 2.2.16 5 ’加帽体外转录反应体系 | 第40-41页 |
| 2.2.17 在麦胚提取物(WheatGermExtract)中的体外翻译 | 第41页 |
| 2.2.18 拟南芥原生质体的制备与侵染 | 第41-44页 |
| 2.2.18.1 拟南芥愈伤组织的培养 | 第41-42页 |
| 2.2.18.2 原生质体的制备 | 第42页 |
| 2.2.18.3 原生质体的侵染 | 第42-44页 |
| 2.2.19 WesternBlot分析 | 第44-45页 |
| 2.2.20 实时荧光定量PCR检测 | 第45页 |
| 2.2.21 RNA体外结构分析技术---In-lineprobing | 第45-47页 |
| 2.2.22 RNA体外结构分析技术-SHAPE(selective2-hydroxyl acylation analyzed by primer extension,SHAPE) | 第47-51页 |
| 2.2.22.1 RNA的处理 | 第47页 |
| 2.2.22.2 引物标记 | 第47-48页 |
| 2.2.22.3 SHAPE反应 | 第48-51页 |
| 3 结果与分析 | 第51-78页 |
| 3.1 TBTV新分离物全基因组克隆与序列进化分析 | 第51-57页 |
| 3.1.1 TBTV新分离物的全基因组克隆 | 第51-53页 |
| 3.1.2 TBTV的分子变异与进化分析 | 第53-57页 |
| 3.1.2.1 TBTV的分子变异 | 第53-54页 |
| 3.1.2.2 TBTV系统进化树 | 第54-56页 |
| 3.1.2.3 TBTVRNA重组分析 | 第56-57页 |
| 3.2 TBTV不依赖帽子翻译元件BTE元件的结构特征 | 第57-60页 |
| 3.2.1 BTE元件对Fluc报告基因的调控作用验证 | 第57-58页 |
| 3.2.2 BTE元件对TBTV病毒全长p35蛋白的翻译调控作用 | 第58-60页 |
| 3.3 TBTV不依赖帽子翻译元件BTE元件的分子进化 | 第60-71页 |
| 3.3.1 TBTV不同分离物的复制效率与p35蛋白表达分析 | 第60-61页 |
| 3.3.2 TBTVp35蛋白差异表达的调控区域定位 | 第61-62页 |
| 3.3.3 RV区调控p35蛋白差异表达的分子基础 | 第62-68页 |
| 3.3.3.1 RV区中造成p35降低的突变位点定位 | 第62-63页 |
| 3.3.3.2 TBTV不同分离物中BTE的结构变异与p35蛋白表达的关系 | 第63-66页 |
| 3.3.3.3 TBTV弱毒分离物的BTE结构变异导致p35蛋白表达量的降低 | 第66-68页 |
| 3.3.4 RI区调控p35蛋白差异表达的内在机理 | 第68-71页 |
| 3.4 TBTV不依赖帽子翻译元件类TSS元件的定位与结构特征分析 | 第71-78页 |
| 3.4.1 TBTV中新的不依赖帽子翻译元件定位 | 第71-78页 |
| 3.4.1.1 缺失定位 | 第71-72页 |
| 3.4.1.2 缺失突变体元件的结构分析 | 第72-74页 |
| 3.4.1.3 类TSS元件与BTE元件的翻译活性分析 | 第74-75页 |
| 3.4.1.4 类TSS元件的结构特征 | 第75-78页 |
| 4 讨论 | 第78-83页 |
| 4.1 TBTV分子进化 | 第78-79页 |
| 4.2 TBTV中的不依赖帽子翻译元件 | 第79-80页 |
| 4.3 类BTE元件在TBTV不同分离物的结构进化分析 | 第80页 |
| 4.4 CITE的分子进化 | 第80-83页 |
| 5 结论 | 第83-84页 |
| 参考文献 | 第84-95页 |
| 致谢 | 第95-97页 |
| 攻读学位期间发表论文情况 | 第97-99页 |
| 附录 | 第99-115页 |
