| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第一章 绪论 | 第11-22页 |
| 1.1 课题的研究背景及意义 | 第11-12页 |
| 1.2 相关概念 | 第12-13页 |
| 1.3 目前研究进展 | 第13-19页 |
| 1.3.1 驱动基因和驱动突变预测算法介绍 | 第14-16页 |
| 1.3.2 黑色素瘤中常见的驱动基因 | 第16-18页 |
| 1.3.3 黑色素瘤相关同义突变研究进展 | 第18-19页 |
| 1.4 本文的研究内容与安排 | 第19-22页 |
| 第二章 黑色素瘤基因数据库构建 | 第22-34页 |
| 2.1 引言 | 第22页 |
| 2.2 黑色素瘤基因数据收集与整合 | 第22-24页 |
| 2.3 黑色素瘤基因数据库的构建 | 第24-25页 |
| 2.4 BLAST工具 | 第25页 |
| 2.5 黑色素瘤基因数据分析 | 第25-33页 |
| 2.5.1 黑色素瘤基因功能注释 | 第26-28页 |
| 2.5.2 黑色素瘤中编码基因的生物学特征分析 | 第28-29页 |
| 2.5.3 黑色素瘤基因进行网络分析 | 第29-31页 |
| 2.5.4 黑色素瘤基因数据库中miRNA的生物特性 | 第31页 |
| 2.5.5 黑色素瘤数据库中代表性的条目 | 第31-33页 |
| 2.6 黑色素瘤基因数据库更新 | 第33页 |
| 2.7 本章小结 | 第33-34页 |
| 第三章 黑色素瘤驱动基因预测 | 第34-48页 |
| 3.1 引言 | 第34-35页 |
| 3.2 MUFFINN算法 | 第35-36页 |
| 3.2.1 MUFFINN算法背景 | 第35-36页 |
| 3.2.2 MUFFINN算法介绍 | 第36页 |
| 3.3 实验结果 | 第36页 |
| 3.4 MUFFINN算法讨论 | 第36-37页 |
| 3.5 基于邻居网络的驱动基因预测算法 | 第37-43页 |
| 3.5.1 实验数据 | 第37页 |
| 3.5.2 算法介绍 | 第37-38页 |
| 3.5.3 实验结果 | 第38-43页 |
| 3.6 基于多组学数据的稀疏子空间黑色素瘤驱动基因预测初步研究 | 第43-47页 |
| 3.6.1 数据 | 第43-44页 |
| 3.6.2 基因与基因之间的相似性 | 第44页 |
| 3.6.3 病人与病人之间的相似性 | 第44-45页 |
| 3.6.4 LRSSL算法 | 第45-46页 |
| 3.6.5 实验结果 | 第46-47页 |
| 3.7 本章小结 | 第47-48页 |
| 第四章 黑色素瘤错义突变预测 | 第48-63页 |
| 4.1 引言 | 第48页 |
| 4.2 实验方法 | 第48-56页 |
| 4.2.1 训练集和测试集数据收集 | 第48-50页 |
| 4.2.2 特征量化 | 第50-52页 |
| 4.2.3 训练集特征选择 | 第52-54页 |
| 4.2.4 特征选择结果 | 第54-55页 |
| 4.2.5 随机森林算法 | 第55-56页 |
| 4.3 实验结果 | 第56-62页 |
| 4.3.1 同一蛋白上正负样本的分布 | 第56-57页 |
| 4.3.2 特征情况 | 第57页 |
| 4.3.3 特征分析 | 第57-58页 |
| 4.3.4 模型效果 | 第58-59页 |
| 4.3.5 独立测试集效果评估 | 第59-62页 |
| 4.4 本章总结 | 第62-63页 |
| 第五章 基于同义突变数据的黑色素瘤基因的鉴定 | 第63-77页 |
| 5.1 引言 | 第63-64页 |
| 5.2 实验方法 | 第64-69页 |
| 5.2.1 数据收集 | 第64页 |
| 5.2.2 实验组和对照组中的统计学分析 | 第64-69页 |
| 5.3 黑色素瘤中有害同义突变分析实验结果 | 第69-74页 |
| 5.3.1 同义突变谱进行分析 | 第69页 |
| 5.3.2 同义突变经常发生剪接调控 | 第69-70页 |
| 5.3.3 同义突变可以影响pre-mRNA的剪接 | 第70页 |
| 5.3.4 同义突变并不经常改变mRNA二级序列或者miRNA的靶点 | 第70-72页 |
| 5.3.5 同义突变倾向于不使用最优密码子 | 第72页 |
| 5.3.6 同义突变倾向于发生在DNaseI高敏感位点 | 第72-73页 |
| 5.3.7 “功能”同义突变参与转运过程 | 第73-74页 |
| 5.3.8 候选的基因经常出现有功能的同义突变 | 第74页 |
| 5.4 本章小结 | 第74-77页 |
| 第六章 总结与展望 | 第77-81页 |
| 6.1 全文总结 | 第77页 |
| 6.2 本文的主要工作与展望 | 第77-81页 |
| 6.2.1 本文的主要工作 | 第77-79页 |
| 6.2.2 未来工作展望 | 第79-81页 |
| 参考文献 | 第81-88页 |
| 附录 | 第88-90页 |
| 致谢 | 第90-91页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第91页 |
