| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 中英文专业词汇对照表 | 第13-15页 |
| 第1章 前言 | 第15-35页 |
| 1.1 引言 | 第15-18页 |
| 1.1.1 新药研发面临的挑战 | 第15-16页 |
| 1.1.2 药物发现模式的转变 | 第16-18页 |
| 1.2 生物网络 | 第18-23页 |
| 1.2.1 复杂网络与生物网络概述 | 第18-19页 |
| 1.2.2 生物网络的分类 | 第19-20页 |
| 1.2.3 常见的网络拓扑性质参数 | 第20-22页 |
| 1.2.4 常见的网络模型 | 第22-23页 |
| 1.3 药物—靶标相互作用预测方法 | 第23-31页 |
| 1.3.1 基于结构的方法 | 第24-25页 |
| 1.3.2 基于配体的方法 | 第25-27页 |
| 1.3.3 基于网络的方法 | 第27-31页 |
| 1.4 癌症及抗癌药物研发概况 | 第31-33页 |
| 1.5 论文总体安排 | 第33-35页 |
| 第2章 基于子结构—药物—靶标网络推理方法的发展 | 第35-60页 |
| 2.1 引言 | 第35-37页 |
| 2.2 材料和方法 | 第37-44页 |
| 2.2.1 药物—靶标相互作用网络的构建 | 第37-38页 |
| 2.2.2 化学子结构的生成 | 第38-39页 |
| 2.2.3 NBI方法的原理 | 第39-40页 |
| 2.2.4 SDTNBI方法的原理 | 第40-42页 |
| 2.2.5 模型的评价方式与评价指标 | 第42-44页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第44-59页 |
| 2.3.1 数据集概况 | 第44-47页 |
| 2.3.2 交叉验证结果 | 第47-50页 |
| 2.3.3 外部验证结果 | 第50-52页 |
| 2.3.4 方法比较 | 第52-53页 |
| 2.3.5 非甾体抗炎药的抗癌机制研究 | 第53-55页 |
| 2.3.6 软件开发 | 第55-58页 |
| 2.3.7 方法的优点和局限性 | 第58-59页 |
| 2.4 本章小结 | 第59-60页 |
| 第3章 平衡的基于子结构—药物—靶标网络推理方法的发展 | 第60-82页 |
| 3.1 引言 | 第60-62页 |
| 3.2 材料和方法 | 第62-66页 |
| 3.2.1 药物—靶标相互作用网络的构建 | 第62页 |
| 3.2.2 化学子结构的生成 | 第62-63页 |
| 3.2.3 平衡的基于子结构—药物—靶标网络推理方法的原理 | 第63-65页 |
| 3.2.4 模型的评价方式与评价指标 | 第65页 |
| 3.2.5 参数优化 | 第65页 |
| 3.2.6 针对癌症的药物—基因—疾病网络的构建 | 第65页 |
| 3.2.7 针对ERα的配体预测 | 第65-66页 |
| 3.2.8 酵母双杂交实验 | 第66页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第66-81页 |
| 3.3.1 数据集概况 | 第66-67页 |
| 3.3.2 参数优化和交叉验证结果 | 第67-71页 |
| 3.3.3 方法比较 | 第71-73页 |
| 3.3.4 抗抑郁药物和抗糖尿病药物的抗癌机制研究 | 第73-75页 |
| 3.3.5 ERα配体的发现 | 第75-80页 |
| 3.3.6 软件开发 | 第80页 |
| 3.3.7 方法的优点和局限性 | 第80-81页 |
| 3.4 本章小结 | 第81-82页 |
| 第4章 基于网络的方法在GPCR配体的多向药理学研究中的应用 | 第82-97页 |
| 4.1 引言 | 第82-84页 |
| 4.2 材料和方法 | 第84-86页 |
| 4.2.1 人类GPCR列表的构建 | 第84页 |
| 4.2.2 药物—靶标相互作用网络的构建 | 第84-85页 |
| 4.2.3 针对GPCR药物的分析 | 第85页 |
| 4.2.4 化学子结构的生成 | 第85页 |
| 4.2.5 模型的构建与评价 | 第85页 |
| 4.2.6 EP4配体的预测 | 第85-86页 |
| 4.2.7 EP4配体的实验验证 | 第86页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第86-95页 |
| 4.3.1 数据集概况 | 第86-87页 |
| 4.3.2 药物—靶标相互作用网络分析 | 第87-89页 |
| 4.3.3 交叉验证结果 | 第89-91页 |
| 4.3.4 文献验证结果 | 第91-93页 |
| 4.3.5 EP4配体的发现 | 第93-95页 |
| 4.3.6 框架的优点与展望 | 第95页 |
| 4.4 本章小结 | 第95-97页 |
| 第5章 基于网络的方法在核受体配体发现中的应用 | 第97-109页 |
| 5.1 引言 | 第97-98页 |
| 5.2 材料和方法 | 第98-100页 |
| 5.2.1 药物列表的收集与处理 | 第98页 |
| 5.2.2 药物—靶标相互作用网络的构建 | 第98-99页 |
| 5.2.3 化学子结构的生成 | 第99页 |
| 5.2.4 模型的构建与评价 | 第99-100页 |
| 5.2.5 靶向RORy的天然产物的预测 | 第100页 |
| 5.2.6 生物实验验证 | 第100页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第100-108页 |
| 5.3.1 数据集概况 | 第100-102页 |
| 5.3.2 交叉验证结果 | 第102-104页 |
| 5.3.3 文献验证结果 | 第104-105页 |
| 5.3.4 靶向RORγ的天然产物发现 | 第105-106页 |
| 5.3.5 共结晶实验结果 | 第106-107页 |
| 5.3.6 研究展望 | 第107-108页 |
| 5.4 本章小结 | 第108-109页 |
| 第6章 全文总结和展望 | 第109-113页 |
| 参考文献 | 第113-128页 |
| 攻读博士学位期间的论文和成果 | 第128-131页 |
| 致谢 | 第131-132页 |
