| 论文摘要 | 第6-11页 |
| ABSTRACT | 第11-12页 |
| RESUME | 第13-18页 |
| 缩写释义 | 第18-20页 |
| INTRODUCTION | 第20-93页 |
| CHAPTER 1.RETROVIRUSES | 第21-23页 |
| 1. Characteristics of retroviruses | 第21页 |
| 2. Classification of retroviruses | 第21-23页 |
| CHAPTER 2.GENERAL PROPERTIES OF HIV | 第23-42页 |
| 1 Identification of HIV from AIDS | 第23-24页 |
| 2 Origin of HIV | 第24-27页 |
| 2.1 HIV-1 | 第26页 |
| 2.2 HIV-2 | 第26-27页 |
| 3 Pathogenesis of HIV | 第27-28页 |
| 4 Characteristics of HIV-1 | 第28-30页 |
| 4.1 Structure of HIV-1 particle | 第28-29页 |
| 4.2 Genetic organization | 第29-30页 |
| 5 Replication cycle | 第30-42页 |
| 5.1 Attachment to the host cell and uncoating of the virion | 第31-33页 |
| 5.2 Reverse transcription of genomic RNA | 第33页 |
| 5.3 Provirus integration | 第33-34页 |
| 5.4 Synthesis and processing of viral RNA | 第34-36页 |
| 5.5 Packaging of genomic RNA | 第36-39页 |
| 5.6 Assembly of genomic RNA and virion proteins | 第39-40页 |
| 5.7 Maturation of the viral particle | 第40-42页 |
| CHAPTER 3.PROTEINS INVOLVED IN HIV-1 DNA SYNTHESIS | 第42-66页 |
| 1. Cellular proteins | 第42-46页 |
| 2. HIV-1 proteins | 第46-66页 |
| 2.1 Viral envelope(Env) | 第47-48页 |
| 2.2 Structural proteins | 第48-58页 |
| 2.2.1 Matrix(MA) | 第48页 |
| 2.2.2 Capsid(CA) | 第48-49页 |
| 2.2.3 Nucleocapsid protein(NC) | 第49-58页 |
| 2.2.3.1 Structure of NC | 第49页 |
| 2.2.3.2 Properties of NC | 第49-55页 |
| 2.2.3.3 Roles of NC in the replication cycle | 第55-58页 |
| 2.3 Nonstructural proteins | 第58-66页 |
| 2.3.1 Regulatory proteins and accessory proteins | 第58-60页 |
| 2.3.2 Protease(PR) | 第60页 |
| 2.3.3 Integrase(IN) | 第60-61页 |
| 2.3.4 Reverse transcriptase(RT) | 第61-66页 |
| 2.3.4.1 Structure of RT | 第61-62页 |
| 2.3.4.2 Properties of RT | 第62-66页 |
| CHAPTER 4.REVERSE TRANSCRIPTION OF HIV-1 GENOMIC RNA | 第66-82页 |
| 1. The primer binding site (PBS) | 第66-68页 |
| 2. Binding of primer tRNA~(Lys,3) to the HIV-1 genome | 第68-71页 |
| 2.1 Annealing of tRNA~(Lys,3) to the PBS sequence | 第68-70页 |
| 2.2 Additional interactions between tRNA~(Lys,3) and 5' UTR | 第70-71页 |
| 3. Initiation of reverse transcription | 第71页 |
| 4. Minus-strand strong-stop DNA synthesis | 第71-72页 |
| 5. First strand transfer | 第72页 |
| 6. Synthesis of full-length minus-strand DNA | 第72-73页 |
| 7. Plus-strand DNA synthesis from PPTs | 第73-75页 |
| 8. Second strand transfer | 第75-76页 |
| 9. dsDNA synthezised with LTR | 第76-77页 |
| 10. DNA strand transfers and recombination | 第77-82页 |
| 10.1 Models of strand transfer | 第77-79页 |
| 10.2 Mechanisms of strand transfers | 第79-82页 |
| 10.2.1 Invasion-driven transfer in vitro | 第79-81页 |
| 10.2.2 Pause-dependent transfer | 第81页 |
| 10.2.3 Pause-independent transfer | 第81-82页 |
| CHAPTER 5. THE FIRST STRAND TRANSFER | 第82-93页 |
| 1. Roles of RNase H and NC activities in the first strand transfer | 第82-83页 |
| 2. NA structures involved in the first strand transfer | 第83-88页 |
| 2.1 RNA structures formed by the UTRs | 第85-87页 |
| 2.1.1 Folding of the R sequence | 第85-86页 |
| 2.1.2 Circularization of the genome by the TAR-TAR interaction | 第86页 |
| 2.1.3 Circularization of the genome by the U3-tRNA~((Lys,3)) interaction | 第86-87页 |
| 2.1.4 Circularization of the genome by the gag-U3,poly(A) interaction | 第87页 |
| 2.2 Structure of the strong-stop DNA | 第87-88页 |
| 3. Mechanisms involved in the first strand transfer | 第88-93页 |
| 3.1 Circularization of the HIV-1 genome would facilitate the first strand transfer | 第88-89页 |
| 3.2 Roles of the poly(A) and cpoly(A) hairpins | 第89-90页 |
| 3.3 Roles of the TAR and cTAR hairpins | 第90-93页 |
| OBJECTIVES | 第93-95页 |
| MATERIALS AND METHODS 76 | 第95-109页 |
| 1. NC preparation | 第96页 |
| 2. Oligonucleotides | 第96-97页 |
| 2.1 Oligonucleotides for construction of plasmids | 第96页 |
| 2.2 Oligonucleotides for labeling and synthesis of cTAR, ssDNAs and DNA size markers | 第96-97页 |
| 3. Construction of plasmids | 第97页 |
| 4. In vitro RNA synthesis and purification | 第97-98页 |
| 5.5 'end labeling of RNA 3'-2 | 第98-99页 |
| 6. Assays of labeling DNAs at their 3'end | 第99-100页 |
| 7. Labeling and purification of cTAR | 第100-101页 |
| 8. Synthesis, labeling and purification of ssDNAs and DNA size markers | 第101-102页 |
| 9. Gel-shift annealing assay | 第102-103页 |
| 10. Gel-shift analysis of ssDNAs folding | 第103页 |
| 11. Structural probing of cTAR and ssDNAs | 第103-106页 |
| 11.1 Probing of purified cTAR | 第103-104页 |
| 11.2 Probing of purified ssDNAs | 第104-105页 |
| 11.3 Probing of ssDNAs in the reverse transcription mixture | 第105-106页 |
| 12. Basis of structural analysis | 第106页 |
| 13. Determination of cleavage sites at the nucleotide level | 第106-109页 |
| RESULTS AND DISCUSSION | 第109-160页 |
| PART 1. STRUCTURAL ANALYSIS OF CTAR DNA | 第110-119页 |
| 1. Introduction | 第110-111页 |
| 2. Purification and labeling of cTAR DNA | 第111-112页 |
| 3. Structural analysis of cTAR under high-magnesium concentrations | 第112-114页 |
| 3.1 Analysis of cTAR secondary structure in the absence of NC | 第112-114页 |
| 3.2 Analysis of cTAR secondary structure in the presence of NC | 第114页 |
| 4. Structural analysis of cTAR under low-magnesium concentrations | 第114-116页 |
| 5. Discussion | 第116-119页 |
| 5.1 cTAR adopts two alternative conformations in the absence of NC | 第116-117页 |
| 5.2 NC' effects on the structure of the cTAR DNA hairpin | 第117页 |
| 5.3 NC binding sites in the cTAR hairpin | 第117-119页 |
| PART 2. STRUCTURE-FUNCTION RELATIONSHIP OF THE MINUS "STRONG-STOP DNA" | 第119-160页 |
| 1. Introduction | 第119-121页 |
| 2. Synthesis, labeling and purification of ssDNAs | 第121-131页 |
| 2.1 Purification and labeling of ssDNA-S generated by chemical synthesis | 第121-122页 |
| 2.2 Synthesis, labeling and purification of ssDNAs by reverse transcription | 第122-131页 |
| 2.2.1 Synthesis and purification of RNA 1-415 | 第124页 |
| 2.2.2 Synthesis and 5' end labeling of ssDNAs | 第124-125页 |
| 2.2.3 Synthesis and 3' end labeling of ssDNAs | 第125-131页 |
| 2.2.3.1 Experimental strategy | 第125页 |
| 2.2.3.2 Labeling assays | 第125-131页 |
| 3. Dimerization assays of ssDNAs | 第131-132页 |
| 4. Analysis of ssDNA-3' UTR annealing | 第132-140页 |
| 4.1 Annealing in the absence of NC | 第133-135页 |
| 4.2 Annealing assays of ssDNAs and RNA 3'-2 in the presence of NC | 第135-140页 |
| 5. Conformation analysis of ssDNAs | 第140-142页 |
| 6. Structural analysis of ssDNAs | 第142-160页 |
| 6.1 Structural analysis of ssDNAs in the absence of NC | 第143-153页 |
| 6.1.1 Probing of ssDNA-S | 第143-147页 |
| 6.1.2 Probing of ssDNA-L | 第147-151页 |
| 6.1.3 Comparison of secondary structures adopted by the two ssDNAs | 第151-152页 |
| 6.1.4 Probing of ssDNA in the reverse transcription mixture | 第152-153页 |
| 6.2 Structural analysis of ssDNA-L in the presence of NC | 第153-160页 |
| GENERAL CONCLUSIONS | 第160-165页 |
| 1. ssDNA adopts two distinct conformations in 0.2 mM MgCl_2 | 第161页 |
| 2. Folding of the r region | 第161-163页 |
| 3. NC binding sites in ssDNA | 第163页 |
| 4. Relationships between the ssDNA structure and the annealing reaction | 第163-165页 |
| 附录 | 第165-181页 |
| 参考文献 | 第181-209页 |
| 致谢 | 第209页 |
