| 中文摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 第一部分 文献综述 | 第16-54页 |
| 1 肺炎链球菌研究进展 | 第16-22页 |
| 1.1 肺炎链球菌致病机理 | 第16-17页 |
| 1.2 肺炎链球菌性肺炎 | 第17-22页 |
| 1.2.1 肺炎链球菌性肺炎的发病过程 | 第17-18页 |
| 1.2.2 肺炎链球菌性肺炎免疫学 | 第18-21页 |
| 1.2.3 肺炎链球菌的防治 | 第21-22页 |
| 2 黏膜免疫系统研究进展 | 第22-32页 |
| 2.1 黏膜免疫系统简介 | 第22-23页 |
| 2.2 胃肠道黏膜免疫 | 第23-28页 |
| 2.2.1 胃肠道黏膜免疫系统的结构 | 第23-24页 |
| 2.2.2 胃肠道黏膜与细胞因子和抗体 | 第24-25页 |
| 2.2.3 肠道菌群和胃肠道黏膜免疫 | 第25-27页 |
| 2.2.4 胃肠道黏膜免疫功能以及疾病 | 第27-28页 |
| 2.3 呼吸道黏膜免疫系统 | 第28-31页 |
| 2.3.1 呼吸道黏膜结构 | 第28-29页 |
| 2.3.2 呼吸道黏膜免疫效应及相关疾病 | 第29-31页 |
| 2.4 黏膜免疫的应用进展 | 第31-32页 |
| 3 肠道菌群结构的分析技术研究进展 | 第32-52页 |
| 3.1 肠道菌群传统的培养和鉴定技术 | 第32-33页 |
| 3.2 肠道菌群镜检法 | 第33页 |
| 3.3 肠道菌群结构的现代分子解析方法 | 第33-52页 |
| 3.3.1 聚合酶链式反应技术(POLYMERASE CHAIN REACTION,PCR) | 第34-36页 |
| 3.3.2 肠道菌群DNA指纹图谱技术 | 第36-46页 |
| 3.3.3 分子探针技术及基因芯片技术 | 第46-49页 |
| 3.3.4 实时荧光定量PCR(REAL-TIME FLUORESCENT QUANTITATIVE PCR,FQ-PCR) | 第49-52页 |
| 4 结语 | 第52-54页 |
| 第二部分 实验正文 | 第54-148页 |
| 第一章 猕猴肺炎链球菌分离鉴定及感染后其消化、呼吸、免疫器官组织病理学观察 | 第54-68页 |
| 前言 | 第54-55页 |
| 1 材料与方法 | 第55-58页 |
| 1.1 菌种和质粒 | 第55页 |
| 1.2 主要仪器设备 | 第55页 |
| 1.3 试剂及配制 | 第55-56页 |
| 1.4 猕猴肺炎链球菌微生物学鉴定 | 第56页 |
| 1.4.1 猕猴肺炎链球菌的分离 | 第56页 |
| 1.4.2 革兰氏染色鉴定及胆汁溶菌实验 | 第56页 |
| 1.4.3 OPTOCHIN实验 | 第56页 |
| 1.4.4 小鼠毒力实验 | 第56页 |
| 1.5 肺炎链球菌16S rRNA序列的鉴定 | 第56-58页 |
| 1.5.1 引物设计 | 第56-57页 |
| 1.5.2 肺炎链球菌增菌培养 | 第57页 |
| 1.5.3 细菌基因组DNA提取 | 第57页 |
| 1.5.4 16Sr RNA基因目的片段的PCR扩增 | 第57页 |
| 1.5.5 琼脂糖凝胶电泳及PCR产物的回收 | 第57-58页 |
| 1.6 组织病理学观察 | 第58页 |
| 1.6.1 石蜡切片及染色 | 第58页 |
| 1.6.2 图像处理 | 第58页 |
| 2 结果 | 第58-65页 |
| 2.1 微生物形态学鉴定、胆汁溶菌实验和OPTOCHIN实验 | 第58页 |
| 2.2 小鼠毒力实验 | 第58-59页 |
| 2.3 16S rRNA PCR扩增及测序结果 | 第59-62页 |
| 2.4 消化系统组织病理学观察 | 第62页 |
| 2.5 呼吸系统组织病理学观察 | 第62-64页 |
| 2.6 免疫系统组织病理学观察 | 第64-65页 |
| 3 讨论 | 第65-67页 |
| 4 小结 | 第67-68页 |
| 第二章 PCR-DGGE技术对肺炎链球菌感染猕猴和健康猕猴消化道内菌群解析 | 第68-81页 |
| 前言 | 第68-69页 |
| 1 材料与方法 | 第69-73页 |
| 1.1 实验样品采集 | 第69页 |
| 1.2 主要试剂 | 第69页 |
| 1.3 主要仪器 | 第69页 |
| 1.4 主要溶液配制 | 第69-70页 |
| 1.5 肠内容物细菌总DNA的提取 | 第70-71页 |
| 1.6 DNA的定量和纯度检测 | 第71页 |
| 1.7 PCR扩增细菌16SrRNA变异区 | 第71-72页 |
| 1.8 DGGE分析 | 第72-73页 |
| 2 结果与分析 | 第73-78页 |
| 2.1 DNA提取方法的对比 | 第73-74页 |
| 2.2 16S rRNA V3区PCR-DGGE图谱指纹分析 | 第74-76页 |
| 2.3 DGGE图谱聚类分析 | 第76-77页 |
| 2.4 微生物群落多样性分析 | 第77-78页 |
| 3 讨论 | 第78-80页 |
| 3.1 DNA提取方法的分析 | 第78页 |
| 3.2 DGGE结果分析 | 第78-80页 |
| 4 小结 | 第80-81页 |
| 第三章 SYBR GREEN I实时荧光定量PCR对肺炎链球菌感染猕猴和健康猕猴消化道内特定菌群数量的解析 | 第81-105页 |
| 前言 | 第81-82页 |
| 1 材料与方法 | 第82-90页 |
| 1.1 样品采集及处理方法 | 第82页 |
| 1.2 标准菌株及其培养条件 | 第82-83页 |
| 1.3 主要实验仪器及试剂 | 第83-84页 |
| 1.4 实验试剂的配制 | 第84页 |
| 1.5 样品中菌群总DNA的提取 | 第84页 |
| 1.6 标准菌株基因组的提取 | 第84-85页 |
| 1.7 定量PCR引物设计 | 第85-88页 |
| 1.8 标准品制备所用引物 | 第88-89页 |
| 1.9 标准品的制备及鉴定 | 第89-90页 |
| 1.10 实时荧光定量PCR解析各样品中特定菌属菌群结构 | 第90页 |
| 2 结果 | 第90-99页 |
| 2.1 标准曲线的制备 | 第90-94页 |
| 2.2 实时荧光定量PCR(FQ-PCR)对猕猴消化道内菌群的定量检测 | 第94-99页 |
| 3 讨论 | 第99-103页 |
| 4 小结 | 第103-105页 |
| 第四章 感染肺炎链球菌猕猴呼吸系统内sIgA、IFN-γ、CD3、IL-2、IL-6蛋白的表达 | 第105-116页 |
| 前言 | 第105-106页 |
| 1 材料与方法 | 第106-107页 |
| 1.1 实验试剂与仪器设备 | 第106页 |
| 1.2 实验动物 | 第106页 |
| 1.3 取材 | 第106-107页 |
| 1.4 免疫组化SABC法检测 | 第107页 |
| 1.5 显微、拍照及图像分析 | 第107页 |
| 2 结果 | 第107-113页 |
| 3 讨论 | 第113-115页 |
| 4 小结 | 第115-116页 |
| 第五章 感染肺炎链球菌猕猴IL-6、IL-2、sIgA、IFN-γ以及CD3在消化系统的表达 | 第116-138页 |
| 前言 | 第116-117页 |
| 1 材料与方法 | 第117-118页 |
| 1.1 实验试剂与仪器设备 | 第117页 |
| 1.2 实验动物 | 第117页 |
| 1.3 取材 | 第117页 |
| 1.4 实验方法 | 第117-118页 |
| 1.5 显微、拍照及图像分析 | 第118页 |
| 2 结果 | 第118-133页 |
| 2.1 IL-6蛋白在消化系统中的表达 | 第118-121页 |
| 2.2 IL-2蛋白在消化系统的表达 | 第121-124页 |
| 2.3 IFN-Γ蛋白在消化系统的表达 | 第124-126页 |
| 2.4 SIgA蛋白在消化系统的表达 | 第126-129页 |
| 2.5 CD3蛋白在消化系统的表达 | 第129-133页 |
| 3 讨论 | 第133-137页 |
| 4 小结 | 第137-138页 |
| 第六章 感染肺炎链球菌猕猴免疫系统内sIgA、1FN-γ、CD3、IL-2、IL-6的表达 | 第138-148页 |
| 前言 | 第138-139页 |
| 1 材料与方法 | 第139-140页 |
| 1.1 实验试剂与仪器设备 | 第139页 |
| 1.2 实验动物 | 第139页 |
| 1.3 取材 | 第139-140页 |
| 1.4 免疫组化SABC法检测 | 第140页 |
| 1.5 显微、拍照及图像分析 | 第140页 |
| 2 结果 | 第140-145页 |
| 3 讨论 | 第145-147页 |
| 4 小结 | 第147-148页 |
| 第三部分 结论 | 第148-149页 |
| 参考文献 | 第149-170页 |
| 致谢 | 第170-171页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第171-172页 |
| 缩写与全名 | 第172页 |
