| 摘要 | 第7-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 缩略语表(Abbreviations) | 第13-14页 |
| 1 前言 | 第14-42页 |
| 1.1 微生物基因组学及转录组学研究进展 | 第14-18页 |
| 1.1.1 微生物基因组学研究进展 | 第14-17页 |
| 1.1.2 微生物转录学研究进展 | 第17-18页 |
| 1.2 蜡状芽胞杆菌群细菌基因组学研究进展 | 第18-23页 |
| 1.2.1 蜡状芽胞杆菌基因组学研究进展 | 第18-21页 |
| 1.2.2 炭疽芽胞杆菌基因组学研究进展 | 第21-22页 |
| 1.2.3 蜡状芽胞杆菌群噬菌体研究进展 | 第22-23页 |
| 1.3 苏云金芽胞杆菌研究进展 | 第23-40页 |
| 1.3.1 苏云金芽胞杆菌的特性 | 第23-24页 |
| 1.3.2 苏云金芽胞杆菌的生态分布 | 第24-26页 |
| 1.3.3 苏云金芽胞杆菌毒力、致病相关因子及其作用机制 | 第26-33页 |
| 1.3.4 调控因子在苏云金芽胞杆菌侵染过程中的作用 | 第33-38页 |
| 1.3.5 苏云金芽胞杆菌组学研究进展 | 第38-40页 |
| 1.4 苏云金芽胞杆菌HD-1、YBT-1520和HD-29的简介 | 第40-41页 |
| 1.5 本研究的目的与意义 | 第41-42页 |
| 2 材料与方法 | 第42-55页 |
| 2.1 菌株和材料 | 第42-48页 |
| 2.1.1 菌株、质粒和引物 | 第42-47页 |
| 2.1.2 培养基及培养条件 | 第47页 |
| 2.1.3 试剂、耗材和仪器 | 第47-48页 |
| 2.2 实验方法 | 第48-55页 |
| 2.2.1 分子生物学基本操作 | 第48-51页 |
| 2.2.2 苏云金芽胞杆菌YBT-020基因组细菌人工染色体(BAC)文库制备 | 第51-53页 |
| 2.2.3 实时荧光反转录定量PCR(qRT-PCR)扩增 | 第53-54页 |
| 2.2.4 序列分析 | 第54-55页 |
| 3 结果与分析 | 第55-135页 |
| 3.1 苏云金芽胞杆菌HD-1、YBT-1520及HD-29的基因组完成图 | 第55-65页 |
| 3.1.1 联合利用高通量测序、光学图谱及BAC文库筛选等多种方法获得HD-1菌株基因组完成图 | 第55-64页 |
| 3.1.2 以HD-1基因组为参考,通过多高通量测序方案绘制YBT-1520和HD-29菌株基因组完成图 | 第64-65页 |
| 3.2 苏云金芽胞杆菌HD-1、YBT-1520及HD-29基因组的基本特征 | 第65-73页 |
| 3.3 苏云金芽胞杆菌HD-1、YBT-1520基因组内生质粒分析 | 第73-80页 |
| 3.3.1 pBMB431(HD-1)和pBMB422(YBT-1520)携带有细菌素毒力岛 | 第73-76页 |
| 3.3.2 pBMB299(HD-1)和pBMB293(YBT-1520)携带有杀虫毒力岛 | 第76-78页 |
| 3.3.3 其他大质粒(>50 kb)也编码部分杀虫相关基因 | 第78-80页 |
| 3.3.4 小质粒(<50 kb)的功能有待进一步研究 | 第80页 |
| 3.4 苏云金芽胞杆菌HD-1、YBT-1520基因组中毒力因子的总结 | 第80-91页 |
| 3.5 蜡状芽胞杆菌群比较基因组学分析 | 第91-118页 |
| 3.5.1 高毒力Bt菌株拥有更大更复杂的基因组 | 第91-97页 |
| 3.5.2 高毒力Bt菌株基因组编码的ITRGs比其他Bc群菌株更多 | 第97-103页 |
| 3.5.3 苏云金芽胞杆菌库斯塔克亚种菌株染色体上存在大片段倒位重组 | 第103-107页 |
| 3.5.4 苏云金芽胞杆菌HD-1、YBT-1520基因组携带大量的可移动遗传因子 | 第107-115页 |
| 3.5.5 苏云金芽胞杆菌HD-1、YBT-1520在蜡状芽胞杆菌群中的分类地位 | 第115-116页 |
| 3.5.6 苏云金芽胞杆菌高毒力菌株HD-1、YBT-1520基因组编码两套的氮源代谢系统 | 第116-118页 |
| 3.6 苏云金芽胞杆菌YBT-1520转录组学研究 | 第118-131页 |
| 3.6.1 YBT-1520菌株毒力及相关因子的转录分析 | 第118-124页 |
| 3.6.2 高毒力菌株ITRGs转录水平比其他菌株高 | 第124-131页 |
| 3.7 苏云金芽胞杆菌质粒携带有大量新型功能基因对其杀虫表型的影响 | 第131-135页 |
| 4 讨论 | 第135-138页 |
| 4.1 复合的测序策略能有效地完成高复杂度的细菌基因组 | 第135-136页 |
| 4.2 高毒力苏云金芽胞杆菌基因组更大,复杂度也更高 | 第136页 |
| 4.3 Bt菌株高毒力表型的形成机制 | 第136-137页 |
| 4.4 混合DNA样品在高通量测序中的应用具有可行性 | 第137-138页 |
| 5 总结与创新点 | 第138-139页 |
| 参考文献 | 第139-152页 |
| 附录 | 第152-159页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第159-161页 |
| 致谢 | 第161-162页 |
