| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 引言 | 第12-13页 |
| 1 概述 | 第13-27页 |
| 1.1 阿尔兹海默病发病机理概述 | 第13-17页 |
| 1.1.1 Aβ的产生 | 第14页 |
| 1.1.2 Aβ级联假说 | 第14-15页 |
| 1.1.3 金属离子假说 | 第15-16页 |
| 1.1.4 离子通道假说 | 第16-17页 |
| 1.2 淀粉样蛋白的结构特征 | 第17-21页 |
| 1.2.1 Aβ单体的结构特征 | 第18-19页 |
| 1.2.2 Aβ寡聚体的结构特征 | 第19-20页 |
| 1.2.3 Aβ纤维体的结构特征 | 第20-21页 |
| 1.3 金属离子与淀粉样蛋白的相互作用 | 第21-23页 |
| 1.4 论文研究内容概述 | 第23-27页 |
| 2 理论方法概述 | 第27-38页 |
| 2.1 分子动力学模拟概述 | 第27-34页 |
| 2.1.1 分子动力学模拟简介 | 第27-28页 |
| 2.1.2 分子动力学基本原理 | 第28页 |
| 2.1.3 分子力场 | 第28-30页 |
| 2.1.4 系综选择及温度、压力控制方法 | 第30-31页 |
| 2.1.5 周期性边界条件 | 第31-32页 |
| 2.1.6 溶剂模型 | 第32-34页 |
| 2.2 副本交换分子动力学模拟 | 第34-35页 |
| 2.3 二面角动力学分析方法 | 第35-36页 |
| 2.3.1 二面角势能分析 | 第35页 |
| 2.3.2 二面角主成份分析 | 第35-36页 |
| 2.4 马尔科夫模型的建立 | 第36页 |
| 2.5 MM-PBSA自由能计算 | 第36-38页 |
| 3 单点突变对Aβ42多态性的影响 | 第38-58页 |
| 3.1 引言 | 第38-39页 |
| 3.2 模拟方法 | 第39-40页 |
| 3.2.1 理论模型的建立 | 第39-40页 |
| 3.2.2 分子动力学模拟 | 第40页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第40-57页 |
| 3.3.1 模拟结果收敛性验证 | 第40-43页 |
| 3.3.2 Aβ42和Aβ42突变体的结构性质分析 | 第43-45页 |
| 3.3.3 二面角主成份分析 | 第45-47页 |
| 3.3.4 二面角势能分析及皮尔逊相关系数的计算 | 第47-49页 |
| 3.3.5 马尔科夫模型建立及结果分析 | 第49-57页 |
| 3.4 本章小结 | 第57-58页 |
| 4 Zn~(2+)对β-淀粉样蛋白多态性的影响 | 第58-75页 |
| 4.1 引言 | 第58-59页 |
| 4.2 模拟方法 | 第59-61页 |
| 4.2.1 理论模型的建立 | 第59-60页 |
| 4.2.2 分子动力学模拟 | 第60-61页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第61-74页 |
| 4.3.1 模拟结果收敛性验证 | 第61-62页 |
| 4.3.2 二面角势能分析及皮尔逊相关系数的计算 | 第62-65页 |
| 4.3.3 二面角主成份分析 | 第65-69页 |
| 4.3.4 马尔科夫模型建立及结果分析 | 第69-74页 |
| 4.4 本章小结 | 第74-75页 |
| 5 含β-发夹结构的Zn~(2+)-Aβ40寡聚体的分子动力学模拟 | 第75-89页 |
| 5.1 引言 | 第75-76页 |
| 5.2 模拟方法 | 第76-77页 |
| 5.2.1 理论模型的建立 | 第76页 |
| 5.2.2 分子动力学模拟 | 第76-77页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第77-87页 |
| 5.3.1 Zn~(2+)-Aβ40单体中β-发夹结构的稳定性分析 | 第77-79页 |
| 5.3.2 (Aβ40-Zn~(2+))_2中β-发夹结构的稳定性分析 | 第79-82页 |
| 5.3.3 Zn~(2+)对(Aβ40-Zn~(2+))_2中β-发夹结构的影响 | 第82-84页 |
| 5.3.4 Zn~(2+)-Aβ40寡聚体的结构分析 | 第84-86页 |
| 5.3.5 Zn~(2+)-Aβ40寡聚体的热力学特性分析 | 第86-87页 |
| 5.4 本章小结 | 第87-89页 |
| 结论 | 第89-91页 |
| 参考文献 | 第91-104页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第104-105页 |
| 致谢 | 第105-106页 |
