| 摘要 | 第10-13页 |
| Abstract | 第13-16页 |
| 第一章 绪论 | 第17-43页 |
| 1.1 古生菌 | 第17-25页 |
| 1.1.1 古生菌的分类及特征 | 第17-20页 |
| 1.1.2 古生菌中构建的遗传操作系统 | 第20-25页 |
| 1.2 嗜盐古生菌 | 第25-28页 |
| 1.2.1 嗜盐古生菌概述 | 第25-26页 |
| 1.2.2 Natrinema属概述 | 第26-28页 |
| 1.3 古生菌病毒 | 第28-35页 |
| 1.3.1 古生菌病毒的形态及分类 | 第28-33页 |
| 1.3.3 古生菌病毒基因组的复制 | 第33-35页 |
| 1.4 古生菌的DNA分配系统 | 第35-37页 |
| 1.5 病毒的超感染免疫 | 第37-39页 |
| 1.6 本研究的背景、内容及意义 | 第39-43页 |
| 第二章 嗜盐古生菌温和病毒SNJ1复制区的鉴定及应用 | 第43-119页 |
| 2.1 实验材料 | 第43-63页 |
| 2.1.1 仪器 | 第43页 |
| 2.1.2 药品及溶液 | 第43-45页 |
| 2.1.3 溶液配制 | 第45-49页 |
| 2.1.4 培养基配制 | 第49-50页 |
| 2.1.5 菌株、质粒及引物 | 第50-63页 |
| 2.2 实验方法 | 第63-82页 |
| 2.2.1 大肠杆菌感受态的制备 | 第63页 |
| 2.2.2 大肠杆菌的转化方法 | 第63页 |
| 2.2.3 嗜盐古生菌的转化及转染 | 第63-64页 |
| 2.2.4 一步提质粒 | 第64页 |
| 2.2.5 质粒的提取方法 | 第64页 |
| 2.2.6 切胶回收的方法 | 第64-65页 |
| 2.2.7 RNA的提取方法 | 第65页 |
| 2.2.8 蛋白浓度的测定方法 | 第65-66页 |
| 2.2.9 聚丙烯酰氨凝胶电泳 | 第66-68页 |
| 2.2.10 蛋白质印迹 | 第68-69页 |
| 2.2.11 SNJ1病毒的制备及效价的测定 | 第69-70页 |
| 2.2.12 相关载体的构建过程 | 第70-71页 |
| 2.2.13 复制区内推测基因的转录及共转录分析 | 第71-73页 |
| 2.2.14 穿梭载pYC-SHS DNA序列中起始密码子的定点突变 | 第73-74页 |
| 2.2.15 gp5,gp6及gp11-12的异源表达及抗体制备 | 第74-76页 |
| 2.2.16 抗性条件下质粒结构的稳定性检测 | 第76页 |
| 2.2.17 无抗性条件下质粒的稳定性检测 | 第76-77页 |
| 2.2.18 Real-Time PCR检测质粒的拷贝数 | 第77-78页 |
| 2.2.19 淀粉酶的酶活检测 | 第78页 |
| 2.2.20 DNA印迹 | 第78-81页 |
| 2.2.21 序列分析 | 第81-82页 |
| 2.3 实验结果与分析 | 第82-113页 |
| 2.3.1 Natrinema sp.J7转化体系的建立 | 第82-86页 |
| 2.3.2 SNJ1最小复制区的确定 | 第86-89页 |
| 2.3.3 SNJ1最小复制区内相关ORF的功能检测 | 第89-107页 |
| 2.3.4 E.coli-Natrinema sp.穿梭表达载体pYCJ-HH的构建 | 第107-109页 |
| 2.3.5 穿梭载体的功能验证 | 第109-113页 |
| 2.3.6 穿梭表达载体pYCJ-HH的宿主范围 | 第113页 |
| 2.4 实验结果讨论 | 第113-117页 |
| 2.4.1 SNJ1的最小复制区 | 第114-115页 |
| 2.4.2 SNJ1原病毒基因组的稳定分配及拷贝数调控 | 第115-117页 |
| 2.4.3 基于SNJ1复制区的Natrinema sp.J7遗传操作系统 | 第117页 |
| 2.5 小结 | 第117-119页 |
| 第三章 嗜盐古生菌温和病毒SNJ1超感染免疫性的研究 | 第119-155页 |
| 3.1 实验材料 | 第119-124页 |
| 3.1.1 仪器 | 第119页 |
| 3.1.2 药品及溶液 | 第119页 |
| 3.1.3 溶液配制 | 第119页 |
| 3.1.4 培养基配制 | 第119页 |
| 3.1.5 菌株、质粒及引物 | 第119-124页 |
| 3.2 实验方法 | 第124-131页 |
| 3.2.1 大肠杆菌感受态的制备 | 第124-125页 |
| 3.2.2 大肠杆菌的转化方法 | 第125页 |
| 3.2.3 嗜盐古生菌的转化方法 | 第125页 |
| 3.2.4 一步提质粒的方法 | 第125页 |
| 3.2.5 质粒的提取方法 | 第125页 |
| 3.2.6 切胶回收的方法 | 第125页 |
| 3.2.7 嗜盐古生菌基因组的提取 | 第125-126页 |
| 3.2.8 Natrinema sp.J7染色体复制区的预测及复制功能验证 | 第126页 |
| 3.2.9 穿梭载体pFJ-1、pFJ-4及pFJ-6的稳定性检测 | 第126页 |
| 3.2.10 DNA印迹检测穿梭载体pFJ-1、pFJ-4及pFJ-6的拷贝数 | 第126-127页 |
| 3.2.11 DNA印迹检测穿梭载体与Natrinema sp.J7染色体是否发生整合 | 第127页 |
| 3.2.12 穿梭载体pFJ-6与pYC-J在Natrinema sp.CJ7中的质粒相容性检测 | 第127-128页 |
| 3.2.13 Natrinema sp.J7整合菌株的构建 | 第128-129页 |
| 3.2.15 菌株抵抗SNJ1侵染的能力检测 | 第129-130页 |
| 3.2.16 超感染免疫模型的预测 | 第130-131页 |
| 3.3 实验结果与分析 | 第131-150页 |
| 3.3.1 SNJ1的超感染免疫现象 | 第131-132页 |
| 3.3.2 基于J7染色体复制区域的穿梭载体的构建及相关性质检测 | 第132-144页 |
| 3.3.3 确定SNJ1超感染免疫建立的关键调控区域 | 第144-148页 |
| 3.3.4 超感染免疫模型的预测 | 第148-150页 |
| 3.4 讨论 | 第150-154页 |
| 3.4.1 SNJ1的超感染免疫现象 | 第150-151页 |
| 3.4.2 SNJ1的溶原裂解机制 | 第151-152页 |
| 3.4.3 基于染色体复制区域构建的穿梭载体pFJ6 | 第152-153页 |
| 3.4.4 Natrinema.sp J7染色体的多复制区域 | 第153-154页 |
| 3.5 小结 | 第154-155页 |
| 研究总结及展望 | 第155-159页 |
| 一 研究总结 | 第155-157页 |
| 二 研究展望 | 第157-159页 |
| 参考文献 | 第159-179页 |
| 博士研究生期间科研成果 | 第179-180页 |
| 致谢 | 第180-181页 |
