| 中文摘要 | 第7-11页 |
| ABSTRACT | 第11-16页 |
| 鱼中文、拉丁文名称对照表 | 第17-20页 |
| 细菌中文、拉丁文名称对照表 | 第20-23页 |
| 第一章 综述鱼类肠道菌群研究进展 | 第23-57页 |
| 1.1 鱼类肠道菌群研究方法的发展 | 第23-36页 |
| 1.1.1 依赖培养的微生物分析方法 | 第24-25页 |
| 1.1.2 不依赖培养的微生物分析方法 | 第25-28页 |
| 1.1.3 二代测序技术对鱼类肠道菌群的研究 | 第28-36页 |
| 1.2 鱼类肠道菌群的功能 | 第36-42页 |
| 1.2.1 营养作用 | 第36-38页 |
| 1.2.2 屏障效应 | 第38-39页 |
| 1.2.3 免疫作用 | 第39-41页 |
| 1.2.4 在鱼病爆发中的作用 | 第41页 |
| 1.2.5 促进宿主发育的作用 | 第41-42页 |
| 1.2.6 其他作用 | 第42页 |
| 1.3 影响肠道菌群的因素 | 第42-53页 |
| 1.3.1 内源性因素 | 第43-47页 |
| 1.3.2 外源性因素 | 第47-53页 |
| 1.4 论文研究目的与意义 | 第53-57页 |
| 第二章 鲤鱼早期发育阶段肠道菌群的分析 | 第57-95页 |
| 2.1 实验材料 | 第57-58页 |
| 2.2 实验方法 | 第58-60页 |
| 2.3 实验结果 | 第60-86页 |
| 2.3.1 鲤鱼仔稚鱼和幼鱼的图像特征 | 第60-61页 |
| 2.3.2 DNA提取及高通量测序数据统计和优化 | 第61-65页 |
| 2.3.3 测序结果的生物信息学分析 | 第65-86页 |
| 2.4 讨论 | 第86-95页 |
| 2.4.1 发育过程中鲤鱼仔稚鱼和幼鱼的生长速度不均匀 | 第86-87页 |
| 2.4.2 基因组DNA的提取及扩增，测序数据的优化及注释 | 第87-88页 |
| 2.4.3 发育过程中鲤鱼幼鱼肠道菌群发生变化 | 第88-90页 |
| 2.4.4 鲤鱼幼鱼肠道菌群受宿主选择压力的影响更大 | 第90-92页 |
| 2.4.5 发育过程中鲤鱼幼鱼肠道中存在核心菌群 | 第92-94页 |
| 2.4.6 发育早期鲤鱼幼鱼的肠道菌群可能来源于外部环境 | 第94-95页 |
| 第三章 混养池塘中鲤鱼肠道菌群的分析 | 第95-139页 |
| 3.1 实验材料 | 第95-96页 |
| 3.2 实验方法 | 第96-98页 |
| 3.3 实验结果 | 第98-126页 |
| 3.3.1 基因组DNA的提取、扩增和检测 | 第98-99页 |
| 3.3.2 测序数据统计和优化 | 第99-100页 |
| 3.3.3 测序结果的生物信息学分析 | 第100-126页 |
| 3.4 讨论 | 第126-139页 |
| 3.4.1 样本DNA的提取、扩增和测序 | 第126-127页 |
| 3.4.2 鲤鱼肠道及环境样本菌群在不同研究中有差异 | 第127-131页 |
| 3.4.3 鲤鱼肠道菌群受宿主选择压力的影响更大 | 第131-132页 |
| 3.4.4 鲤鱼、鲫鱼和草鱼的肠道菌群差异不明显 | 第132-133页 |
| 3.4.5 鲤鱼肠道中存在核心菌群 | 第133-135页 |
| 3.4.6 鲤鱼肠道内容物和肠道粘液中菌群差异不明显 | 第135-136页 |
| 3.4.7 6月龄鲤鱼与2月龄鲤鱼肠道菌群有差异 | 第136-139页 |
| 第四章 浸泡免疫后鲤鱼幼鱼肠道菌群的变化及免疫相关性分析 | 第139-193页 |
| 4.1 实验材料 | 第139页 |
| 4.2 实验方法 | 第139-141页 |
| 4.3 实验结果 | 第141-186页 |
| 4.3.1 细菌基因组DNA提取及高通量测序数据统计和优化 | 第141-143页 |
| 4.3.2 组织RNA提取、扩增和测序 | 第143-147页 |
| 4.3.3 细菌基因组生物信息学分析 | 第147-169页 |
| 4.3.4 转录组生物信息学分析 | 第169-186页 |
| 4.4 讨论 | 第186-193页 |
| 4.4.1 鲤鱼幼鱼浸泡免疫的肠道菌群分析 | 第186-189页 |
| 4.4.2 鲤鱼幼鱼浸泡免疫的肠和脾脏转录组分析 | 第189-191页 |
| 4.4.3 浸泡免疫后肠道菌群的变化与组织转录组变化的相关性分析 | 第191-193页 |
| 结论 | 第193-195页 |
| 参考文献 | 第195-209页 |
| 致谢 | 第209-211页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第211页 |
