| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第11-19页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第11-13页 |
| 1.2 研究现状与进展 | 第13-17页 |
| 1.2.1 lncRNA功能研究现状 | 第13-14页 |
| 1.2.2 lncRNA数据收集以及存储 | 第14-15页 |
| 1.2.3 lncRNA相关预测 | 第15-17页 |
| 1.3 本文内容结构安排 | 第17-19页 |
| 第二章 基于实验技术的LncRNA-基因调控关系研究 | 第19-27页 |
| 2.1 lncRNA功能研究技术路线 | 第19-21页 |
| 2.2 lncRNA调控基因功能的机制 | 第21-24页 |
| 2.2.1 lncRNA在转录水平调控基因表达 | 第22页 |
| 2.2.2 lncRNA在转录后水平调控基因表达 | 第22页 |
| 2.2.3 lnRNA在翻译水平调控基因表达 | 第22-23页 |
| 2.2.4 lncRNA在转录后水平调控基因表达 | 第23-24页 |
| 2.3 研究lncRNA-基因调控关系的方法 | 第24-27页 |
| 2.3.1 检测基因表达量变化的方法 | 第24-25页 |
| 2.3.2 研究非编码RNA和其他分子相互作用的方法 | 第25页 |
| 2.3.3 高通量检测技术 | 第25-27页 |
| 第三章 收集结构化lncRNA-基因调控关系数据 | 第27-35页 |
| 3.1 结构化lncRNA-基因调控关系数据 | 第27-29页 |
| 3.1.1 调控关系基本信息 | 第28页 |
| 3.1.2 调控关系详细信息 | 第28-29页 |
| 3.1.3 调控关系扩展信息 | 第29页 |
| 3.1.4 基因功能信息 | 第29页 |
| 3.2 获取lncRNA相关研究文献 | 第29-30页 |
| 3.3 初筛 | 第30页 |
| 3.4 文献全文分析得到调控关系数据集数据 | 第30-32页 |
| 3.5 lncRNA-基因调控关系数据集优化 | 第32-35页 |
| 第四章 生物信息学数据库LncReg构建 | 第35-45页 |
| 4.1 数据存储 | 第35页 |
| 4.2 LncReg开发 | 第35-37页 |
| 4.3 LncReg布局以及使用 | 第37-42页 |
| 4.3.1 网站整体布局和首页 | 第37页 |
| 4.3.2 搜索功能和结果展示功能 | 第37-40页 |
| 4.3.3 调控网络展示 | 第40-41页 |
| 4.3.4 分类浏览功能、下载和数据提交功能 | 第41-42页 |
| 4.4 LncReg的创新之处 | 第42-45页 |
| 第五章 lncRNA-基因调控关系网络分析 | 第45-53页 |
| 5.1 调控网络拓扑性质分析 | 第45-48页 |
| 5.1.1 生物网络拓扑性质简介 | 第45页 |
| 5.1.2 lncRNA-基因调控网络重建 | 第45-47页 |
| 5.1.3 网络拓扑性质分析 | 第47-48页 |
| 5.2 lncRNA调控基因功能分析 | 第48-53页 |
| 5.2.1 信号通路和Gene Ontology简介 | 第48页 |
| 5.2.2 利用DAVID进行分子功能分析的方法 | 第48-49页 |
| 5.2.3 lncRNA调控基因功能分析结果 | 第49-53页 |
| 第六章 lncRNA-基因调控关系预测 | 第53-63页 |
| 6.1 lncRNA预测领域研究背景及现状 | 第53页 |
| 6.2 生物网络预测算法 | 第53-55页 |
| 6.2.1 基于随机游走的网络预测算法 | 第54页 |
| 6.2.2 基于网络推断算法 | 第54-55页 |
| 6.3 LRGP方法预测lncRNA-基因调控关系 | 第55-59页 |
| 6.3.1 LEGP方法研究背景 | 第55-56页 |
| 6.3.2 数据处理 | 第56页 |
| 6.3.3 LRGP方法预测lncRNA和基因调控关系的过程 | 第56-59页 |
| 6.4 LRGP方法预测lncRNA-基因调控关系性能分析及结果 | 第59-63页 |
| 6.4.1 LRGP方法性能分析指标 | 第59-60页 |
| 6.4.2 LRGP方法预测性能分析和结果 | 第60-63页 |
| 第七章 总结和展望 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-69页 |
| 致谢 | 第69-71页 |
| 在读期间发表的学术论文 | 第71页 |
