| 摘要 | 第3-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第一章 前言 | 第15-25页 |
| 1.1 香蕉枯萎病概况 | 第15-17页 |
| 1.2 真菌病原菌与植物互作免疫系统 | 第17-19页 |
| 1.3 效应因子研究进展 | 第19-24页 |
| 1.3.1 基因对基因假说 | 第19-20页 |
| 1.3.2 真菌效应蛋白研究进展 | 第20-24页 |
| 1.4 研究目的与意义 | 第24-25页 |
| 第二章 香蕉枯萎病菌基因组重测序及生物信息学分析 | 第25-48页 |
| 2.0 引言 | 第25页 |
| 2.1 实验材料与试剂 | 第25-28页 |
| 2.2 实验方法 | 第28-31页 |
| 2.2.1 病原菌基因组DNA提取 | 第28页 |
| 2.2.2 尖孢镰刀菌群基因组测序与重测序 | 第28-29页 |
| 2.2.3 测序数据质量评估 | 第29页 |
| 2.2.4 基因组组装 | 第29页 |
| 2.2.5 CORE和LS- REGION的区分 | 第29-30页 |
| 2.2.6 不同菌株交配型的鉴定 | 第30页 |
| 2.2.7 全基因组SNP及进化树的绘制 | 第30页 |
| 2.2.8 效应蛋白预测 | 第30-31页 |
| 2.3 结果与分析 | 第31-45页 |
| 2.3.1 测序质量评估分析 | 第31页 |
| 2.3.2 LS区域和CORE区域划分 | 第31-33页 |
| 2.3.3 LS区域的基因功能分析 | 第33-34页 |
| 2.3.4 香蕉枯萎病镰刀菌群进化分析 | 第34-40页 |
| 2.3.5 异宗配合真菌交配型位点分析 | 第40-41页 |
| 2.3.6 不同生理小种类型FOC菌株效应蛋白生物信息学分析 | 第41-45页 |
| 2.4 小结与讨论 | 第45-48页 |
| 第三章 FOC TR4与不同感抗水平香蕉互作机理研究 | 第48-63页 |
| 3.1 材料与方法 | 第48-49页 |
| 3.1.1 供试材料 | 第48页 |
| 3.1.2 主要仪器与试剂 | 第48-49页 |
| 3.2 实验方法与步骤 | 第49-50页 |
| 3.2.1 香蕉水培 | 第49页 |
| 3.2.2 香蕉枯萎病菌培养 | 第49页 |
| 3.2.3 激光共聚焦显微镜观察病原菌侵染过程 | 第49页 |
| 3.2.4 RNA提取 | 第49页 |
| 3.2.5 数字基因表达谱测序及生物信息学分析 | 第49-50页 |
| 3.2.6 REAL TIME PCR验证候选效应蛋白表达模式 | 第50页 |
| 3.3 结果与分析 | 第50-61页 |
| 3.3.1 香蕉枯萎病菌（FOC TR4）侵染巴西蕉过程 | 第50-53页 |
| 3.3.2 数字基因表达谱测序质量分析 | 第53页 |
| 3.3.3 侵染过程中效应蛋白的鉴定 | 第53页 |
| 3.3.4 效应蛋白表达模式 | 第53-61页 |
| 3.3.4.1 参与降解植物细胞壁组分的效应蛋白 | 第54-58页 |
| 3.3.4.2 胞吞作用相关效应蛋白 | 第58页 |
| 3.3.4.3 活性氧清除相关效应蛋白 | 第58-59页 |
| 3.3.4.4 菌自身保护相关效应蛋白 | 第59-60页 |
| 3.3.4.5 其他功能未知效应蛋白 | 第60-61页 |
| 3.4 小结与讨论 | 第61-63页 |
| 第四章 热带4号生理小种效应蛋白功能分析 | 第63-91页 |
| 4.1 材料与方法 | 第63-74页 |
| 4.1.1 供试材料 | 第63页 |
| 4.1.2 主要仪器与试剂 | 第63-65页 |
| 4.1.3 RNA提取与反转录 | 第65页 |
| 4.1.4 目的片段扩增 | 第65-66页 |
| 4.1.5 PET28载体与目的基因连接 | 第66页 |
| 4.1.6 大肠杆菌感受态制备、转化及转化子验证 | 第66页 |
| 4.1.7 目的蛋白诱导表达 | 第66-67页 |
| 4.1.8 SDS-PAGE检测目的蛋白的表达 | 第67页 |
| 4.1.9 目的蛋白大量诱导表达 | 第67页 |
| 4.1.10 FOC敲除突变体的获得 | 第67-71页 |
| 4.1.10.1 候选基因的敲除 | 第67-69页 |
| 4.1.10.2 原生质体制备与转化 | 第69-70页 |
| 4.1.10.3 敲除突变体回补菌株的获得 | 第70-71页 |
| 4.1.11 转化子鉴定 | 第71页 |
| 4.1.12 突变体表型分析 | 第71-73页 |
| 4.1.13 FOC分泌毒素次生代谢物分析 | 第73-74页 |
| 4.2 结果与分析 | 第74-89页 |
| 4.2.1 香蕉枯萎病菌效应蛋白基因克隆及重组质粒构建 | 第74页 |
| 4.2.2 效应蛋白的原核表达 | 第74-75页 |
| 4.2.3 原核表达蛋白接种香蕉叶片可操作性验证 | 第75-76页 |
| 4.2.4 坏死效应蛋白的筛选 | 第76-80页 |
| 4.2.5 候选基因的敲除 | 第80页 |
| 4.2.6 目的基因敲除突变体表型分析及致病力鉴定 | 第80-86页 |
| 4.2.7 BEA生物合成限速酶BBEAS | 第86-87页 |
| 4.2.8 BBEAS基因敲除突变体表型分析 | 第87-88页 |
| 4.2.9 BBEAS基因敲除突变体毒素合成量与致病性 | 第88-89页 |
| 4.3 小结与讨论 | 第89-91页 |
| 第五章 全文结论与讨论 | 第91-93页 |
| 致谢 | 第93-94页 |
| 参考文献 | 第94-101页 |
| 附表1 香蕉枯萎病菌基因组重测序测序数据质量、深度及覆盖度统计 | 第101-105页 |
| 附表2 转录组数据比对统计分析 | 第105-107页 |
| 附表3 107个效应蛋白信息 | 第107-114页 |
| 附表4 敲除的基因所用引物 | 第114-117页 |
| 附录5 木霉菌与感FOC TR4香蕉组织固态发酵可阻止病原传播 | 第117-131页 |
| 附录6 攻读博士学位论文期间发表的研究论文 | 第131页 |
