| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 英文缩写词 | 第11-12页 |
| 第1章 绪论 | 第12-16页 |
| 1.1 肿瘤的概述 | 第12页 |
| 1.2 组蛋白去乙酰化酶的研究概况 | 第12-14页 |
| 1.3 生物信息学概述 | 第14-15页 |
| 1.4 研究目的及意义 | 第15-16页 |
| 第2章 材料与方法 | 第16-24页 |
| 2.1 HDACi影响的肿瘤进程相关基因的文献检索及数据挖掘 | 第16-18页 |
| 2.1.1 HDACi影响的肿瘤进程相关基因的检索及预处理 | 第16页 |
| 2.1.2 标准化基因的GO功能注释及KEGG通路的富集分析 | 第16-17页 |
| 2.1.3 标准化基因的STRING作图处理 | 第17页 |
| 2.1.4 STRING数据结果Cytocaspe作图、网络分析及模块分析 | 第17-18页 |
| 2.1.5 转录因子分析 | 第18页 |
| 2.2 GEO数据挖掘及处理 | 第18-20页 |
| 2.2.1 GEO数据的筛选及检索 | 第18-19页 |
| 2.2.2 GEO数据的处理 | 第19-20页 |
| 2.2.3 由GEO数据得到的差异表达基因的数据挖掘 | 第20页 |
| 2.3 SAHA初步实验验证 | 第20-24页 |
| 2.3.1 引物设计 | 第20页 |
| 2.3.2 SAHA药物配制 | 第20-21页 |
| 2.3.3 细胞培养相关实验试剂 | 第21页 |
| 2.3.4 实验操作步骤 | 第21-23页 |
| 2.3.5 实时荧光定量PCR结果数据的统计分析 | 第23-24页 |
| 第3章 结果 | 第24-59页 |
| 3.1 文献检索挖掘及数据处理结果 | 第24-48页 |
| 3.1.1 HDACi影响的肿瘤进程相关基因的文献检索结果 | 第24-25页 |
| 3.1.2 HDACi影响的肿瘤进程相关基因的GO注释和KEGG路径富集分析结果 | 第25-32页 |
| 3.1.3 STRING数据库处理结果 | 第32-33页 |
| 3.1.4 Cytocaspe作图及数据挖掘 | 第33-38页 |
| 3.1.5 HDACi影响的肿瘤进程相关基因Degree分析 | 第38-39页 |
| 3.1.6 转录因子分析 | 第39-48页 |
| 3.2 GEO数据挖掘结果 | 第48-58页 |
| 3.2.1 GEO数据检索结果 | 第48页 |
| 3.2.2 GEO数据BRB-array Tools处理结果 | 第48-49页 |
| 3.2.3 三组数据差异表达基因交集的数据挖掘 | 第49-58页 |
| 3.3 SAHA对QGY-7701 细胞基因表达影响的Real-time PCR实验结果 | 第58-59页 |
| 第4章 讨论 | 第59-67页 |
| 4.1 HDACi影响的肿瘤进程相关基因的GO功能注释和KEGG路径富集分析 | 第59-60页 |
| 4.2 HDACi影响的肿瘤进程相关基因的蛋白间的调控网络与功能关联模块的分析 | 第60-64页 |
| 4.3 HDACi肿瘤相关基因转录因子分析 | 第64页 |
| 4.4 GEO数据库SAHA表达谱数据得到的差异表达基因模块挖掘与分析 | 第64-66页 |
| 4.5 SAHA对QGY-7701 细胞基因表达影响的Real-time PCR实验分析 | 第66-67页 |
| 第5章 结论 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-76页 |
| 作者简介及在学期间所取得的科研成果 | 第76-77页 |
| 致谢 | 第77页 |
