| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 1、文献综述 | 第10-19页 |
| 1.1 自交不亲和性概述 | 第10页 |
| 1.2 孢子体型自交不亲和性研究进展 | 第10-12页 |
| 1.3 配子体自交不亲和性研究进展 | 第12-16页 |
| 1.4 转录组学概述 | 第16页 |
| 1.5 miRNA 高通量测序概述 | 第16-17页 |
| 1.6 研究内容、目的与意义 | 第17-19页 |
| 2、材料与方法 | 第19-29页 |
| 2.1 实验材料 | 第19-20页 |
| 2.1.1 材料 | 第19页 |
| 2.1.2 菌株 | 第19页 |
| 2.1.3 载体 | 第19-20页 |
| 2.1.4 数据库和生物软件 | 第20页 |
| 2.2 实验方法 | 第20-29页 |
| 2.2.1 转录组测序 | 第20-22页 |
| 2.2.1.1 RNA的提取与检测 | 第20页 |
| 2.2.1.2 测序文库cDNA的构建 | 第20-21页 |
| 2.2.1.3 测序的数据统计与评估 | 第21页 |
| 2.2.1.4 序列组装与功能注释 | 第21页 |
| 2.2.1.5 基因表达量计算以及差异基因的筛选 | 第21-22页 |
| 2.2.2 差异表达基因的验证 | 第22页 |
| 2.2.2.1 束花石斛RNA的提取 | 第22页 |
| 2.2.2.2 RT-PCR获取cDNA | 第22页 |
| 2.2.2.3 Real-Time PCR验证差异基因表达量 | 第22页 |
| 2.2.4 束花石斛DC-ADK2基因的克隆 | 第22-24页 |
| 2.2.4.1 束花石斛RNA的提取 | 第22页 |
| 2.2.4.2 束花石斛DC-ADK2基因的分离 | 第22-24页 |
| 2.2.5 转基因植株的获得 | 第24-26页 |
| 2.2.5.1 植物表达载体的构建 | 第24-25页 |
| 2.2.5.2 植物表达载体转化农杆菌 | 第25页 |
| 2.2.5.3 拟南芥的转化及转基因植株的筛选 | 第25-26页 |
| 2.2.5.4 转基因拟南芥DNA水平的分子鉴定 | 第26页 |
| 2.2.6 miRNA测序 | 第26-29页 |
| 2.2.6.1 RNA的提取及质量检测 | 第26-27页 |
| 2.2.6.2 文库构建与测序分析 | 第27页 |
| 2.2.6.3 基于同源性筛选出的潜在候选miRNA | 第27页 |
| 2.2.6.4 候选miRNA的靶基因预测 | 第27-28页 |
| 2.2.6.5 差异表达miRNA的qRT-PCR验证 | 第28-29页 |
| 3、结果与分析 | 第29-58页 |
| 3.1 束花石斛转录组测序及其生物信息学分析 | 第29-34页 |
| 3.1.1 束花石斛总RNA提取及其质量检测 | 第29页 |
| 3.1.2 转录组测序和denow组装结果 | 第29-30页 |
| 3.1.3 Unigene的功能注释和分类 | 第30-34页 |
| 3.2 差异基因的筛选 | 第34-38页 |
| 3.3 Unigene序列的RT-PCR验证结果 | 第38-40页 |
| 3.4 束花石斛DC-ADK2基因的克隆与表达分析 | 第40-45页 |
| 3.4.1 束花石斛Unigene1595完整cDNA的获得 | 第40-42页 |
| 3.4.2 Unigene1595基因的序列与功能分析 | 第42页 |
| 3.4.3 融合蛋白载体的构建 | 第42-45页 |
| 3.5 转DC-ADK2基因对拟南芥的影响 | 第45-48页 |
| 3.6 束花石斛miRNA的高通量测序 | 第48-56页 |
| 3.6.1 miRNA提取及质量检测 | 第48页 |
| 3.6.2 文库构建以及测序结果统计 | 第48-56页 |
| 3.6.2.1 束花石斛sRNA测序数据处理及统计分析 | 第48-51页 |
| 3.6.2.2 已知miRNA的鉴定 | 第51-54页 |
| 3.6.2.3 新预测的miRNA的鉴定 | 第54-56页 |
| 3.7 测序miRNA的靶基因预测 | 第56-57页 |
| 3.8 差异miRNA筛选以及RT-PCR验证 | 第57-58页 |
| 4、讨论 | 第58-64页 |
| 4.1 束花石斛自交不亲和的类型 | 第58页 |
| 4.2 束花石斛转录组测序实验的实验设计 | 第58页 |
| 4.3 束花石斛授粉早期基因表达谱测序结果分析 | 第58-59页 |
| 4.4 不同授粉下的差异基因以及信号路径 | 第59-61页 |
| 4.5 高通量测序挖掘自交不亲和相关miRNAs的可靠性 | 第61-62页 |
| 4.6 转DC-ADK2基因对拟南芥的影响 | 第62-64页 |
| 5、结论 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-71页 |
| 附录 | 第71-75页 |
| 在学期间公开发表论文情况 | 第75页 |
| 在学期间参加科研项目情况 | 第75-76页 |
| 致谢 | 第76页 |
