| 附件 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 英文缩略表 | 第14-15页 |
| 第一章 引言 | 第15-38页 |
| 1.1 EIAV生物学特征 | 第15-18页 |
| 1.1.1 EIAV的首次发现 | 第15-16页 |
| 1.1.2 EIAV基因组构成 | 第16页 |
| 1.1.3 EIAV致病性 | 第16-17页 |
| 1.1.4 EIAV细胞嗜性 | 第17-18页 |
| 1.2 中国EIAV弱毒疫苗株的致弱路线 | 第18-19页 |
| 1.3 逆转录病毒的生活周期 | 第19-20页 |
| 1.3.1 逆转录病毒生活周期中的早期阶段 | 第19页 |
| 1.3.2 整合酶在病毒生活周期中的重要性 | 第19-20页 |
| 1.4 整合酶结构 | 第20-22页 |
| 1.4.1 N末端区域 | 第20-21页 |
| 1.4.2 催化核心 | 第21-22页 |
| 1.4.3 C末端区域 | 第22页 |
| 1.5 整合机制 | 第22-24页 |
| 1.5.1 病毒DNA 3'-端的处理和链的转移反应 | 第22-23页 |
| 1.5.2 宿主基因组上病毒插入位点的缺.修复 | 第23-24页 |
| 1.6 整合前复合物 | 第24-26页 |
| 1.6.1 病毒蛋白 | 第24-25页 |
| 1.6.2 宿主细胞蛋白 | 第25-26页 |
| 1.7 逆转录病毒在宿主基因组水平上整合位点的选择特征 | 第26-28页 |
| 1.7.1 靶向整合的DNA序列及结构 | 第26页 |
| 1.7.2 基因组水平上的整合靶向研究 | 第26-28页 |
| 1.8 逆转录病毒整合位点选择特征差异的机制 | 第28-33页 |
| 1.8.1 LEDGF/p75决定着HIV-1 的靶向整合 | 第28-31页 |
| 1.8.2 BET蛋白决定着MLV的靶向整合 | 第31-33页 |
| 1.9 逆转录病毒在基因组上发生整合的后果 | 第33-36页 |
| 1.9.1 潜伏（以HIV-1 感染为例） | 第33-34页 |
| 1.9.2 插入突变 (以逆转录病毒基因治疗载体为例) | 第34-36页 |
| 1.10本研究目的和意义 | 第36-38页 |
| 第二章 材料与方法 | 第38-48页 |
| 2.1 实验材料 | 第38-39页 |
| 2.1.1 细胞与病毒 | 第38页 |
| 2.1.2 质粒与菌株 | 第38页 |
| 2.1.3 试剂 | 第38-39页 |
| 2.1.4 仪器 | 第39页 |
| 2.1.5 耗材 | 第39页 |
| 2.1.6 引物 | 第39页 |
| 2.2 实验方法 | 第39-48页 |
| 2.2.1 马单核细胞分化而来的巨噬细胞及马胎皮肤细胞的培养及感染 | 第39-40页 |
| 2.2.2 细胞DNA的小量提取 | 第40-41页 |
| 2.2.3 病毒RNA的提取 | 第41页 |
| 2.2.4 反转录及病毒载量测定 | 第41-42页 |
| 2.2.5 构建病毒整合文库 | 第42-45页 |
| 2.2.6 PCR扩增病毒整合文库 | 第45页 |
| 2.2.7 胶回收 | 第45页 |
| 2.2.8 TA克隆与细菌转化试验 | 第45-46页 |
| 2.2.9 阳性克隆的鉴定及测序 | 第46页 |
| 2.2.10序列分析 | 第46-47页 |
| 2.2.11统计学分析 | 第47页 |
| 2.2.12序列登录号 | 第47-48页 |
| 第三章 弱毒疫苗株EIAVFDDV13在马基因组上的整合定位及特征 | 第48-63页 |
| 3.1 EIAVFDDV13在马胎皮肤细胞中的生长曲线 | 第48-49页 |
| 3.2 该研究中所使用的整合位点数据集 | 第49页 |
| 3.3 EIAVFDDV13前病毒的染色体分布 | 第49-51页 |
| 3.4 EIAVFDDV13前病毒在基因内的整合频率 | 第51-54页 |
| 3.5 整合位点周围 40 BP范围内各位点的碱基频率 | 第54页 |
| 3.6 EIAVFDDV13前病毒整合靶向与基因组特征的相关性 | 第54-57页 |
| 3.7 EIAVFDDV13前病毒整合靶向与重复元素的相关性 | 第57页 |
| 3.8 整合有EIAVFDDV13前病毒宿主基因的GO分析 | 第57-61页 |
| 小结 | 第61-63页 |
| 第四章 弱毒疫苗株EIAVDLV121在马基因组上的整合定位及特征 | 第63-76页 |
| 4.1 EIAVDLV121在马巨噬细胞中的生长曲线 | 第63-64页 |
| 4.2 该研究中所使用的整合位点数据集 | 第64页 |
| 4.3 EIAVDLV121前病毒的染色体分布 | 第64页 |
| 4.4 EIAVDLV121前病毒在基因内的整合频率及比较 | 第64-65页 |
| 4.5 整合位点周围 40 BP范围内各位点的碱基频率 | 第65页 |
| 4.6 EIAVDLV121前病毒整合靶向与基因组特征的相关性 | 第65-67页 |
| 4.7 EIAVDLV121前病毒整合靶向与重复元素的相关性 | 第67-68页 |
| 4.8 整合有EIAVDLV121前病毒宿主基因的GO分析 | 第68-74页 |
| 小结 | 第74-76页 |
| 第五章 EIAVDLV34和EIAVDLV121在马基因组上整合位点选择特征比较 | 第76-86页 |
| 5.1 在马巨噬细胞中，EIAVDLV34和EIAVDLV121的生长曲线 | 第76页 |
| 5.2 该章所使用的数据集 | 第76-77页 |
| 5.3 EIAVDLV34和EIAVDLV121在马染色体上的分布 | 第77-78页 |
| 5.4 EIAVDLV34和EIAVDLV121前病毒在基因内的整合频率及比较 | 第78页 |
| 5.5 整合位点周围 40 BP范围内各位点的碱基频率 | 第78-79页 |
| 5.6 EIAVDLV34和EIAVDLV121前病毒整合靶向与基因组特征的相关性 | 第79-81页 |
| 5.7 EIAVDLV34和EIAVDLV121前病毒整合靶向与重复元素的相关性 | 第81-82页 |
| 5.8 整合有EIAV前病毒宿主基因的GO分析 | 第82-85页 |
| 小结 | 第85-86页 |
| 第六章 讨论 | 第86-90页 |
| 第七章 全文结论 | 第90-91页 |
| 参考文献 | 第91-107页 |
| 致谢 | 第107-108页 |
| 作者简历 | 第108页 |
