| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-16页 |
| 1.1 研究背景 | 第9-11页 |
| 1.2 lncRNA基因的转录调控研究现状 | 第11-15页 |
| 1.2.1 lncRNA基因的转录调控 | 第11-13页 |
| 1.2.2 lncRNA转录调控的研究方法 | 第13-15页 |
| 1.3 主要内容和贡献 | 第15页 |
| 1.4 章节安排 | 第15-16页 |
| 第二章 TFBS预测方法 | 第16-30页 |
| 2.1 引言 | 第16页 |
| 2.2 TFBS的表示方法 | 第16-19页 |
| 2.2.1 一致性序列 | 第16-17页 |
| 2.2.2 位置权重矩阵 | 第17-19页 |
| 2.3 传统的TFBS预测算法 | 第19-26页 |
| 2.3.1 基于字符的枚举算法 | 第20-22页 |
| 2.3.2 概率序列模型算法 | 第22-23页 |
| 2.3.3 基于系统发育足迹的算法 | 第23-25页 |
| 2.3.4 基于ChIP-seq的基序预测算法 | 第25-26页 |
| 2.4 统计评价 | 第26-28页 |
| 2.5 本章小结 | 第28-30页 |
| 第三章 TFBS模型数据库 | 第30-38页 |
| 3.1 引言 | 第30页 |
| 3.2 JASPAR | 第30-32页 |
| 3.3 TRANSFAC | 第32-35页 |
| 3.4 ChIPBase | 第35-37页 |
| 3.5 本章小结 | 第37-38页 |
| 第四章 LncRNATFBS的预测分析 | 第38-50页 |
| 4.0 引言 | 第38页 |
| 4.1 lncRScan-TFBS | 第38-40页 |
| 4.1.1 系统框架 | 第38-40页 |
| 4.1.2 方法流程 | 第40页 |
| 4.2 TSS-peak配对的查询算法 | 第40-42页 |
| 4.2.1 搜索TSS-peak对 | 第41页 |
| 4.2.2 在PCT和LNCT峰上的motif发现 | 第41-42页 |
| 4.3 PscanChIP模块 | 第42-44页 |
| 4.4 MEME算法介绍 | 第44-49页 |
| 4.4.1 期望最大化(EM) | 第45页 |
| 4.4.2 MEME的模型 | 第45-48页 |
| 4.4.3 MEME算法的伪代码 | 第48-49页 |
| 4.5 本章小结 | 第49-50页 |
| 第五章 lncRNA转录因子绑定位点实验结果分析 | 第50-56页 |
| 5.1 引言 | 第50页 |
| 5.2 输入文件的基本统计信息 | 第50页 |
| 5.3 TSS-peak对的统计 | 第50-52页 |
| 5.4 15个转录因子的motif | 第52-54页 |
| 5.5 本章小结 | 第54-56页 |
| 第六章 总结与展望 | 第56-58页 |
| 6.1 总结 | 第56-57页 |
| 6.2 展望 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-65页 |
| 致谢 | 第65-67页 |
| 攻读学位期间发表论文 | 第67-69页 |
| 一、发表学术论文 | 第67页 |
| 二、参加科研项目 | 第67-69页 |