| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第10-16页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第10-11页 |
| 1.2 研究现状 | 第11-14页 |
| 1.2.1 传统的序列比对算法 | 第12-13页 |
| 1.2.2 转录组序列比对算法 | 第13-14页 |
| 1.3 本文研究内容 | 第14-15页 |
| 1.3.1 独立于剪接位点信号的转录组序列比对算法 | 第14-15页 |
| 1.3.2 转录组序列比对算法改进 | 第15页 |
| 1.4 论文组织 | 第15-16页 |
| 第2章 相关技术与知识 | 第16-32页 |
| 2.1 测序平台介绍 | 第16-21页 |
| 2.1.1 Roche 454和SOLiD测序 | 第16-18页 |
| 2.1.2 Ion Torrent测序 | 第18页 |
| 2.1.3 Illumina测序 | 第18页 |
| 2.1.4 PacBio RS测序 | 第18-19页 |
| 2.1.5 测序系统综合比较 | 第19-21页 |
| 2.2 转录组测序介绍 | 第21-24页 |
| 2.2.1 转录组测序流程 | 第21-22页 |
| 2.2.2 转录组测序数据分析流程 | 第22-24页 |
| 2.3 数据文件格式 | 第24-28页 |
| 2.3.1 FASTA和FASTQ文件 | 第24-25页 |
| 2.3.2 GFF和GTF文件 | 第25-26页 |
| 2.3.3 SAM和BAM文件 | 第26-28页 |
| 2.4 基因组索引技术 | 第28-32页 |
| 2.4.1 FM-index索引 | 第28-30页 |
| 2.4.2 Hash索引 | 第30-32页 |
| 第3章 独立于剪接位点信号的转录组序列比对算法 | 第32-46页 |
| 3.1 相关生物学术语 | 第32-33页 |
| 3.1.1 外显子和内含子 | 第32-33页 |
| 3.1.2 剪接位点信号 | 第33页 |
| 3.2 算法设计与实现 | 第33-42页 |
| 3.2.1 算法设计初衷 | 第33页 |
| 3.2.2 算法实现过程 | 第33-37页 |
| 3.2.3 算法执行示例 | 第37-42页 |
| 3.3 实验结果与分析 | 第42-45页 |
| 3.3.1 模拟数据集实验及分析 | 第43-44页 |
| 3.3.2 真实数据集实验及分析 | 第44-45页 |
| 3.4 本章小结 | 第45-46页 |
| 第4章 转录组序列比对算法改进 | 第46-62页 |
| 4.1 引言 | 第46-50页 |
| 4.1.1 海明距离和编辑距离 | 第46页 |
| 4.1.2 全局动态规划 | 第46-48页 |
| 4.1.3 TopHat算法简介 | 第48-50页 |
| 4.2 算法设计与实现 | 第50-55页 |
| 4.2.1 算法设计初衷 | 第50-51页 |
| 4.2.2 算法实现过程 | 第51-53页 |
| 4.2.3 算法执行示例 | 第53-55页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第55-61页 |
| 4.3.1 模拟数据集实验及分析 | 第55-59页 |
| 4.3.2 真实数据集实验及分析 | 第59-61页 |
| 4.4 本章小结 | 第61-62页 |
| 第5章 总结 | 第62-66页 |
| 5.1 本文工作 | 第62-63页 |
| 5.2 本文贡献与创新之处 | 第63-64页 |
| 5.3 进一步工作 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-70页 |
| 附录1 插图索引 | 第70-72页 |
| 附录2 表格索引 | 第72-74页 |
| 致谢 | 第74-76页 |
| 在读期间发表的学术论文 | 第76-78页 |
| 攻读学位其间参加的科研项目 | 第78页 |