| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-37页 |
| 1.1 先天免疫的认识过程 | 第9-13页 |
| 1.2 病原体相关分子模式:PAMPs | 第13页 |
| 1.3 模式识别受体:PRRs | 第13-27页 |
| 1.3.1 TLRs (Toll-like receptors) | 第16-18页 |
| 1.3.2 NLRs(NOD-like receptors) | 第18-19页 |
| 1.3.3 RLRs(RIG-I-like receptors) | 第19-21页 |
| 1.3.4 CLRs(C-type lectin receptors) | 第21-22页 |
| 1.3.5 TLRs、NLRs、RLRs相互作用 | 第22-24页 |
| 1.3.6 PRRs进化分析进展 | 第24-27页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第27-28页 |
| 参考文献 | 第28-37页 |
| 第二章 种上水平适应性进化分析揭示:哺乳动物中PRRs基因的适应性进化机制 | 第37-78页 |
| 2.1 研究背景 | 第37-39页 |
| 2.2 材料与方法 | 第39-42页 |
| 2.2.1 获取序列 | 第39-40页 |
| 2.2.2 筛选正选择 | 第40-41页 |
| 2.2.3 驱动不同生境类群进化的选择压力 | 第41-42页 |
| 2.2.4 鉴定功能域 | 第42页 |
| 2.2.5 三维结构 | 第42页 |
| 2.3 结果 | 第42-63页 |
| 2.3.1 PRRs基因间整体进化速率不同 | 第42-43页 |
| 2.3.2 哺乳动物中PRRs存在广泛的正选择信号 | 第43-63页 |
| 2.4 讨论 | 第63-68页 |
| 2.4.1 TLRs拥有更大的ω值是正选择作用的结果 | 第63-64页 |
| 2.4.2 PRRs中广泛而强烈的正选择信号 | 第64-66页 |
| 2.4.3 生境是驱动PRRs在哺乳动物不同类群中分化的主要因素 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-78页 |
| 第三章 种下水平群体遗传学分析揭示:中国沿海江豚TLRs基因产生了适应性分化 | 第78-107页 |
| 3.1 研究背景 | 第78-81页 |
| 3.3 材料与方法 | 第81-85页 |
| 3.3.1 样本收集与DNA提取 | 第81页 |
| 3.3.2 TLR基因组测序筛选SNP | 第81-82页 |
| 3.3.3 数据的筛选 | 第82页 |
| 3.3.4 数据分析 | 第82-85页 |
| 3.4 结果 | 第85-95页 |
| 3.4.1 鉴定SNPs | 第85-86页 |
| 3.4.2 多态性水平 | 第86-87页 |
| 3.4.3 种群分化 | 第87-93页 |
| 3.4.4 离群位点检测 | 第93-94页 |
| 3.4.5 离群位点的空间分布 | 第94-95页 |
| 3.5 讨论 | 第95-100页 |
| 参考文献 | 第100-107页 |
| 第四章 总结与展望 | 第107-108页 |
| 4.1 总结 | 第107页 |
| 4.2 展望 | 第107-108页 |
| 英文缩写引索 | 第108-111页 |
| 附录 | 第111-167页 |
| 参考文献 | 第167-168页 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 | 第168-169页 |
| 致谢 | 第169页 |
