| 中文摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 1 前言 | 第14-23页 |
| 1.1 研究目的及意义 | 第14页 |
| 1.2 国内外研究进展 | 第14-22页 |
| 1.2.1 黄瓜刺瘤密度研究进展 | 第14-16页 |
| 1.2.2 其它物种植物表皮毛研究进展 | 第16-19页 |
| 1.2.3 基因组重测序及其在黄瓜研究上的应用 | 第19-20页 |
| 1.2.4 遗传图谱的构建及其在黄瓜基因定位上的应用 | 第20页 |
| 1.2.5 转录组及其在黄瓜研究上的应用 | 第20-21页 |
| 1.2.6 植物中HD-Zip家族的研究进展 | 第21-22页 |
| 1.3 研究内容及技术路线 | 第22-23页 |
| 1.3.1 研究内容 | 第22页 |
| 1.3.2 技术路线 | 第22-23页 |
| 2 材料与方法 | 第23-44页 |
| 2.1 试验材料 | 第23-24页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第23-24页 |
| 2.1.2 菌株及质粒 | 第24页 |
| 2.1.3 酶及生化药品 | 第24页 |
| 2.1.4 PCR引物 | 第24页 |
| 2.1.5 组织培养培养基 | 第24页 |
| 2.2 试验方法 | 第24-44页 |
| 2.2.1 基因定位 | 第24-27页 |
| 2.2.2 基因组重测序 | 第27-29页 |
| 2.2.3 转录组测序 | 第29-35页 |
| 2.2.4 结构域分析和同源序列比对分析 | 第35-36页 |
| 2.2.5 基因克隆和载体构建 | 第36-42页 |
| 2.2.6 农杆菌LBA4404感受态细胞的制备与转化 | 第42-43页 |
| 2.2.7 黄瓜遗传转化及转基因植株的PCR验证 | 第43-44页 |
| 3 结果与分析 | 第44-92页 |
| 3.1 fs1基因的遗传规律分析及定位 | 第44-63页 |
| 3.1.1 稀刺突变体的表型鉴定及遗传分析 | 第44-46页 |
| 3.1.2 稀刺密刺混池的基因组重测序 | 第46-50页 |
| 3.1.3 稀刺基因的粗定位 | 第50-54页 |
| 3.1.4 新的定位群体构建及其遗传分析 | 第54-55页 |
| 3.1.5 稀刺基因fs1的精细定位 | 第55-63页 |
| 3.2 稀刺基因的结构和序列分析 | 第63-69页 |
| 3.2.1 稀刺基因的结构分析 | 第63-64页 |
| 3.2.2 CsHDZIV11与其它物种中的15个表皮毛相关HD-Zip IV蛋白存在较高的序列相似性和一致性 | 第64-68页 |
| 3.2.3 CsHDZIV11与其它物种中的15个表皮毛相关HD-Zip IV蛋白的多重序列比对和进化关系比较 | 第68-69页 |
| 3.3 稀刺突变体的转录组分析结果 | 第69-81页 |
| 3.3.1 幼果RNA提取及检测 | 第69-71页 |
| 3.3.2 测序数据质量评估 | 第71-74页 |
| 3.3.3 参考序列比对结果 | 第74-75页 |
| 3.3.4 可变剪切结果 | 第75-77页 |
| 3.3.5 基因表达水平分析与验证 | 第77页 |
| 3.3.6 差异表达基因筛选与验证 | 第77-79页 |
| 3.3.7 Gene Ontology功能富集 | 第79-80页 |
| 3.3.8 表达差异基因的KEGG富集 | 第80-81页 |
| 3.4 CsHDZIV11及刺瘤密度相关基因的克隆及功能的初步研究 | 第81-92页 |
| 3.4.1 CsHDZIV11的克隆及过表达载体的构建及遗传转化 | 第81-83页 |
| 3.4.2 刺瘤密度相关基因的筛选 | 第83-84页 |
| 3.4.3 刺瘤密度相关基因的克隆及过表达载体的构建及黄瓜的遗传转化 | 第84-85页 |
| 3.4.4 稀刺候选基因的启动子的克隆及GUS载体的构建 | 第85-86页 |
| 3.4.5 CsHDZIV11的启动子的活性在fs1和WT中无差异 | 第86页 |
| 3.4.6 与刺瘤密度完全连锁分子标记开发 | 第86-90页 |
| 3.4.7 野生黄瓜中含有 812 bp的片段 | 第90-92页 |
| 4 讨论 | 第92-97页 |
| 4.1 稀刺基因的定位 | 第92页 |
| 4.2 黄瓜中HD-Zip IV基因CsHDZIV11是控制果实刺瘤密度的最佳候选基因 | 第92-94页 |
| 4.3 黄瓜刺瘤密度性状的遗传和驯化 | 第94-95页 |
| 4.4 转录组测序 | 第95-97页 |
| 5 结论 | 第97-98页 |
| 6 参考文献 | 第98-108页 |
| 7 附录 | 第108-117页 |
| 8 致谢 | 第117-118页 |
| 9 攻读学位期间发表论文情况 | 第118页 |
