| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 符号与缩略语说明 | 第11-12页 |
| 前言 | 第12-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-25页 |
| 一、对硝基苯酚的来源和危害 | 第13-14页 |
| 二、对硝基苯酚的基本处理方法 | 第14页 |
| 三、微生物代谢对硝基苯酚的研究进展 | 第14-17页 |
| 四、微生物降解对硝基苯酚代谢基因研究进展 | 第17-18页 |
| 五、LysR家族转录调控蛋白 | 第18-25页 |
| 第二章 转座子标签法筛选pnpA的调控因子 | 第25-33页 |
| 1 材料与方法 | 第25-26页 |
| 1.1 实验菌株及其培养条件 | 第25页 |
| 1.2 培养基与试剂 | 第25-26页 |
| 2 实验方法 | 第26-29页 |
| 2.1 转座子导入 | 第26页 |
| 2.2 质粒DNA小量提取 | 第26-27页 |
| 2.3 PCR法验证突变子基因组中片断 | 第27-28页 |
| 2.4 转座子侧翼序列的克隆 | 第28-29页 |
| 3 结果分析 | 第29-31页 |
| 3.1 突变子初筛以及初步PCR验证 | 第29-30页 |
| 3.2 突变子中插入片段的再次验证 | 第30页 |
| 3.3 转座子侧翼序列的克隆及序列分析 | 第30-31页 |
| 4 本章小结 | 第31-33页 |
| 第三章 ORF_3566对PNP代谢基因簇调控分析 | 第33-57页 |
| 第一节 P. putlda DLL-E4全基因组测序 | 第35-45页 |
| 1 材料 | 第35页 |
| 1.1 测序菌株 | 第35页 |
| 1.2 培养条件及抗生素 | 第35页 |
| 1.3 试剂及工具酶 | 第35页 |
| 2 实验方法 | 第35-39页 |
| 2.1 P.putida DLL-E4降解性能验证 | 第35-36页 |
| 2.2 基因组DNA的提取 | 第36页 |
| 2.3 菌株基因组测序 | 第36-37页 |
| 2.4 基因组数据处理和组装 | 第37-39页 |
| 2.5 P.putida DLL-E4中pnpA的LTTR的分析 | 第39页 |
| 3 结果与分析 | 第39-44页 |
| 3.1 P.putida DLL-E4对PNP、HQ降解性能检测 | 第39-40页 |
| 3.2 P.putida DLL-E4测序样品质量检测 | 第40-41页 |
| 3.3 P.putida DLL-E4测序质量分析 | 第41-42页 |
| 3.4 P.putida DLL-E4基因组可视化 | 第42-43页 |
| 3.5 P.putida DLL-E4中pnpA的LTTR的分析 | 第43-44页 |
| 4 讨论 | 第44-45页 |
| 第二节 pnpA基因调控表达的研究 | 第45-55页 |
| 1 材料与方法 | 第45-46页 |
| 1.1 菌株与质粒 | 第45页 |
| 1.2 培养基与试剂 | 第45-46页 |
| 2 实验与方法 | 第46-51页 |
| 2.1 ORF 3566的扩增和同源重组单交换插入失活 | 第46-49页 |
| 2.2 ORF_3566在P. putlda DLL-E4中同源重组单交换插入失活 | 第49页 |
| 2.3 ORF_3566在P. putida DLL-△R中同源重组单交换插入失活 | 第49页 |
| 2.4 ORF_3566转录情况初步分析 | 第49-51页 |
| 3 结果与分析 | 第51-54页 |
| 3.1 ORF_3566单交换同源重组载体构建 | 第51-52页 |
| 3.2 ORF_3566在P. putida DLL-E4、DLL-△R中单交换插入失活 | 第52-53页 |
| 3.4 ORF_3566转录组分析结果 | 第53-54页 |
| 4 讨论 | 第54-55页 |
| 本章小结 | 第55-57页 |
| 第四章 pnpR对pnpC1、C1b调控作用研究 | 第57-65页 |
| 1 材料与方法 | 第57-58页 |
| 1.1 菌株与引物 | 第57-58页 |
| 1.2 培养基与试剂 | 第58页 |
| 2 实验与方法 | 第58-60页 |
| 2.1 pnpC1、pnpC1b的扩增 | 第58-59页 |
| 2.2 同源重组载体的构建 | 第59-60页 |
| 2.3 三亲接合以及发生同源重组的突变菌株的PCR验证 | 第60页 |
| 2.4 DLL/△R-dpnpC1、DLL/△R -dpnpC1b降解特性的研究 | 第60页 |
| 3 结果与分析 | 第60-63页 |
| 3.1 pnpCl、pnpC1b同源重组载体的构建 | 第60-61页 |
| 3.2 单交换插入失活突变株的PCR验证 | 第61-62页 |
| 3.3 DLL/△R-dpnpC1、DLL/△R -dpnpC1b降解特性 | 第62-63页 |
| 4 本章小结 | 第63-65页 |
| 全文总结 | 第65-67页 |
| 参考文献 | 第67-71页 |
| 本文创新之处 | 第71-73页 |
| 附录 | 第73-77页 |
| 附录一 | 第73-75页 |
| 一、培养基 | 第73页 |
| 二、试剂 | 第73-75页 |
| 附录二 核酸序列 | 第75-77页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文目录 | 第77-79页 |
| 致谢 | 第79页 |
