| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-13页 |
| 符号说明 | 第13-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-28页 |
| 引言 | 第15页 |
| 1 品种概况 | 第15-17页 |
| ·獭兔体型外貌及生活习性 | 第16页 |
| ·獭兔繁殖性能 | 第16页 |
| ·獭兔毛皮性能 | 第16-17页 |
| ·獭兔产肉性能 | 第17页 |
| ·皱襞型白色獭兔 | 第17页 |
| 2 高通量测序 | 第17-22页 |
| ·转录组测序 | 第18-22页 |
| ·转录组和转录组学 | 第18页 |
| ·转录组测序技术 | 第18-19页 |
| ·RNA-Seq的原理 | 第19-20页 |
| ·RNA-Seq策略 | 第20-21页 |
| ·转录组测序的应用 | 第21-22页 |
| 3 皮肤生长发育 | 第22-26页 |
| ·皮肤发育过程中的生长因子 | 第22-25页 |
| ·表皮细胞生长因子 | 第23页 |
| ·成纤维生长因子 | 第23-24页 |
| ·胰岛素类生长因子 | 第24页 |
| ·血小板衍生生长因子 | 第24页 |
| ·转化生长因子 | 第24-25页 |
| ·皮肤发育过程中的代谢通路 | 第25-26页 |
| ·MAPK信号通路 | 第25页 |
| ·PI3K-Akt信号通路 | 第25-26页 |
| ·Focal adhesion信号通路 | 第26页 |
| 4 候选基因的选择 | 第26-27页 |
| 5 单核苷酸多态性 | 第27-28页 |
| 第二章 转录组测序筛选皱襞型獭兔皮肤生长发育相关基因 | 第28-42页 |
| 1 材料 | 第28-29页 |
| ·试验兔和采样方法 | 第28-29页 |
| ·试验仪器 | 第29页 |
| ·试验试剂 | 第29页 |
| 2 试验方法 | 第29-32页 |
| ·RNA的提取和纯化 | 第29-30页 |
| ·cDNA文库制备和Solexa测序 | 第30页 |
| ·Unigene的组装和功能注释 | 第30-31页 |
| ·差异基因的筛选和功能富集 | 第31-32页 |
| ·荧光定量PCR(qRT-PCR)验证 | 第32页 |
| 3 结果 | 第32-39页 |
| ·Unigenes组装分析 | 第32-33页 |
| ·Unigenes的功能注释 | 第33-35页 |
| ·皱襞型和非皱襞型獭兔中的差异表达基因 | 第35-37页 |
| ·KEGG分析和荧光定量验证 | 第37-39页 |
| 4 讨论 | 第39-40页 |
| 5 本章结论 | 第40-42页 |
| 第三章 候选基因MYL12B CDS序列克隆及生物信息学分析 | 第42-55页 |
| 1 材料 | 第42-43页 |
| ·试验材料 | 第42页 |
| ·试验试剂 | 第42-43页 |
| ·试验仪器 | 第43页 |
| 2 方法 | 第43-46页 |
| ·RNA提取 | 第43页 |
| ·引物设计 | 第43页 |
| ·MYL12B基因cDNA的合成及扩增 | 第43-44页 |
| ·MYL12B基因的T-A克隆 | 第44页 |
| ·生物信息分析 | 第44-46页 |
| ·蛋白的理化性质预测 | 第44-45页 |
| ·蛋白的疏水性预测 | 第45页 |
| ·蛋白中二硫键预测 | 第45页 |
| ·蛋白的信号肽预测 | 第45页 |
| ·蛋白的跨膜区域预测 | 第45页 |
| ·蛋白的二级结构预测 | 第45-46页 |
| ·蛋白质的亚细胞定位预测 | 第46页 |
| ·N-糖基化位点预测 | 第46页 |
| ·O-糖基化位点预测 | 第46页 |
| ·磷酸化位点预测 | 第46页 |
| 3 结果 | 第46-52页 |
| ·MYL12B基因克隆 | 第46-47页 |
| ·菌液PCR鉴定 | 第47-48页 |
| ·MYL12B基因序列与其他物种的相似性分析 | 第48-49页 |
| ·MYL12B基因的系统发育分析 | 第49页 |
| ·MYL12B蛋白特性分析 | 第49-52页 |
| ·蛋白的理化性质分析 | 第49-50页 |
| ·疏水性分析 | 第50页 |
| ·二硫键、信号肽及跨膜区等特殊结构预测 | 第50页 |
| ·亚细胞定位预测 | 第50-51页 |
| ·糖基化和磷酸化位点预测 | 第51-52页 |
| 4 讨论 | 第52-53页 |
| ·家兔MYL12B基因在物种间相对保守 | 第52页 |
| ·MYL12B是一个亲水的结构蛋白 | 第52-53页 |
| ·MYL12B富含磷酸化和糖基化修饰 | 第53页 |
| 5 本章结论 | 第53-55页 |
| 第四章 候选基因LAMB3外显子8多态性及其与皱襞性状的相关性分析 | 第55-64页 |
| 1 材料和方法 | 第55-58页 |
| ·试验材料和仪器 | 第55-56页 |
| ·试验方法 | 第56-57页 |
| ·DNA的提取 | 第56-57页 |
| ·引物设计 | 第57页 |
| ·PCR扩增 | 第57页 |
| ·PCR-SSCP检测 | 第57页 |
| ·统计分析 | 第57-58页 |
| ·基因和基因型频率的测算 | 第57-58页 |
| ·多态信息含量 | 第58页 |
| ·蛋白结构的预测 | 第58页 |
| 2 结果 | 第58-62页 |
| ·PCR-SSCP检测结果 | 第58-59页 |
| ·序列分析 | 第59-60页 |
| ·不同群体外显子8遗传多样性分析 | 第60页 |
| ·突变前后的LAMB3蛋白结构 | 第60-62页 |
| 3 讨论 | 第62-63页 |
| 4 本章结论 | 第63-64页 |
| 第五章 全文总结 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-77页 |
| 附录一 转录组测序LAMB3基基序列信息 | 第77-80页 |
| 附录二 常用缓冲液及溶液配制 | 第80-81页 |
| 致谢 | 第81-83页 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 | 第83-84页 |
| 浙江师范大学学位论文诚信承诺书 | 第84-85页 |
