基于后缀树与后缀数组混合结构的基因序列比对算法研究
| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-8页 |
| 1 引言 | 第8-12页 |
| ·论文背景及意义 | 第8-9页 |
| ·论文来源 | 第8页 |
| ·生物信息学的发展 | 第8-9页 |
| ·研究意义 | 第9页 |
| ·国内外研究现状 | 第9-10页 |
| ·应用哈希表索引方法 | 第9-10页 |
| ·应用BWT后缀树方法 | 第10页 |
| ·研究内容 | 第10-11页 |
| ·基因序列比对应用 | 第11-12页 |
| ·论文组织结构 | 第12页 |
| 2 序列比对算法介绍及分析 | 第12-20页 |
| ·序列比对算法定义 | 第12-13页 |
| ·两序列比对算法 | 第13-18页 |
| ·点阵法 | 第13-14页 |
| ·标准动态规划法(SDP) | 第14-15页 |
| ·启发式动态规划法(HDP) | 第15-18页 |
| ·多序列比对算法 | 第18-20页 |
| ·渐进比对算法 | 第19页 |
| ·迭代算法 | 第19页 |
| ·渐进与迭代混合方法 | 第19-20页 |
| 3 高通量测序数据分析方法 | 第20-30页 |
| ·主流测序平台的介绍 | 第20-22页 |
| ·测序类型 | 第20-21页 |
| ·序列类型 | 第21-22页 |
| ·基于种子的哈希表索引方法 | 第22-24页 |
| ·基于后缀树、后缀数组的索引方法 | 第24-30页 |
| ·后缀树 | 第24页 |
| ·后缀数组 | 第24-30页 |
| 4 BWL算法 | 第30-38页 |
| ·后缀排序算法 | 第31-35页 |
| ·前缀倍增算法 | 第32-33页 |
| ·递归增算法 | 第33页 |
| ·线性算法 | 第33-34页 |
| ·基于CSA数组算法 | 第34-35页 |
| ·后缀树与后缀数组结合的数据结构 | 第35-38页 |
| ·算法的搜索策略 | 第38页 |
| 5 BWL算法实现 | 第38-44页 |
| ·程序工作流程 | 第39页 |
| ·程序伪代码 | 第39-42页 |
| ·实验结果分析 | 第42-44页 |
| 6 结论 | 第44-45页 |
| ·本文工作总结 | 第44页 |
| ·未来工作的展望 | 第44-45页 |
| 参考文献 | 第45-51页 |
| 致谢 | 第51-52页 |
| 作者简介 | 第52页 |
