| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-13页 |
| 1 前言 | 第13-28页 |
| ·基因、基因表达以及基因差异表达 | 第13页 |
| ·基因组、转录组和蛋白组 | 第13-14页 |
| ·测量基因表达的方法 | 第14-19页 |
| ·传统实验方法 | 第14-15页 |
| ·高通量组学方法 | 第15-19页 |
| ·高通量表达数据的生物信息学方法分析 | 第19-21页 |
| ·模式基因 | 第21-23页 |
| ·特异基因 | 第22页 |
| ·选择基因 | 第22页 |
| ·管家基因 | 第22-23页 |
| ·抑制基因 | 第23页 |
| ·模式基因分析方法 | 第23-24页 |
| ·阈值 | 第23页 |
| ·相对分数 | 第23-24页 |
| ·标准偏差 | 第24页 |
| ·学习算法 | 第24页 |
| ·模式基因研究的现状 | 第24-26页 |
| ·本研究的思路和目的 | 第26-28页 |
| 2 模式基因发现的方法学研究 | 第28-39页 |
| ·研究流程 | 第28-29页 |
| ·数据 | 第29-32页 |
| ·连续转录组数据集的收集 | 第29-30页 |
| ·基因芯片数据的预处理 | 第30页 |
| ·二代测序数据的预处理 | 第30-31页 |
| ·文献数据的收集 | 第31-32页 |
| ·方法学 | 第32-38页 |
| ·模式基因的发现方法 | 第32-34页 |
| ·模式基因发现的参数与其他统计参数的比较 | 第34-35页 |
| ·相似性与相关性分析 | 第35-38页 |
| ·小结 | 第38-39页 |
| 3 模式基因分析平台的搭建及应用 | 第39-71页 |
| ·PaGeFinder在线服务器的构建 | 第39-47页 |
| ·PaGeFinder的需求分析 | 第39页 |
| ·PaGeFinder的设计 | 第39-40页 |
| ·PaGeFinder的平台配置 | 第40页 |
| ·PaGeFinder的实现 | 第40-47页 |
| ·PaGeFinder与其他相关在线服务器的比较 | 第47页 |
| ·PaGenBase数据库的构建 | 第47-66页 |
| ·PaGenBase的需求分析 | 第47页 |
| ·PaGenBase的数据 | 第47-48页 |
| ·PaGenBase的设计 | 第48-59页 |
| ·PaGenBase的平台配置 | 第59页 |
| ·PaGenBase的实现 | 第59-65页 |
| ·PaGenBase数据库的统计 | 第65页 |
| ·PaGenBase与其他模式基因相关数据库的比较 | 第65-66页 |
| ·模式基因分析平台的应用 | 第66-70页 |
| ·基因功能的全局动态研究 | 第66-68页 |
| ·参照基因的筛选 | 第68-69页 |
| ·生物标志物的验证 | 第69-70页 |
| ·小结 | 第70-71页 |
| 4 模式基因分析平台在组织功能研究中的应用 | 第71-106页 |
| ·不同数据集的组织模式基因的整合 | 第71-74页 |
| ·人类组织转录组数据 | 第71-72页 |
| ·模式基因发现的结果差异性与解决方案 | 第72-73页 |
| ·人类组织转录组中的模式基因 | 第73-74页 |
| ·组织模式基因的功能比较 | 第74-82页 |
| ·组织模式基因的染色体分布比较 | 第74-76页 |
| ·组织模式基因的基因功能富集分析 | 第76-81页 |
| ·组织模式基因相关的转录调控分析 | 第81-82页 |
| ·组织模式基因与组织功能的关联研究 | 第82-98页 |
| ·组织模式基因暗示组织功能的特异性及关联性 | 第85-87页 |
| ·组织模式基因参与了组织特异结构的形成 | 第87-94页 |
| ·组织模式基因参与了组织的发育过程 | 第94-98页 |
| ·组织模式基因介导了疾病的组织选择性 | 第98-103页 |
| ·组织模式基因介导了化合物的组织选择性 | 第103-104页 |
| ·小结 | 第104-106页 |
| 5 总结和展望 | 第106-109页 |
| 参考文献 | 第109-120页 |
| 附录 | 第120-142页 |
| 攻读博士研究生期间发表的文章 | 第142-143页 |
| 致谢 | 第143页 |