| 致谢 | 第1-9页 |
| 摘要 | 第9-11页 |
| 1 文献综述 | 第11-21页 |
| ·地黄是临床上广泛应用的药用作物之一 | 第11页 |
| ·地黄的种植面积、常规育种现状及存在问题 | 第11-13页 |
| ·地黄的栽培面积及产量 | 第11-12页 |
| ·地黄生产中常见的主栽品种 | 第12页 |
| ·地黄生产中面临着严重的品种退化问题 | 第12-13页 |
| ·地黄分子标记应用现状 | 第13-17页 |
| ·分子标记的技术原理和标记种类 | 第13-17页 |
| ·限制性片段长度多态性(RFLP) | 第13-14页 |
| ·随机扩增多态性(RAPD) | 第14页 |
| ·PCR扩增限制性内切酶片段长度多态性(AFLP) | 第14-15页 |
| ·简单序列重复或微卫星(SRAP) | 第15页 |
| ·简单序列重复间区标记技术(ISSR) | 第15-16页 |
| ·简单重复序列标记技术(SSR) | 第16-17页 |
| ·不同分子标记技术在地黄中的应用现状 | 第17页 |
| ·EST-SSR标记将在地黄品种培育中发挥重要作用 | 第17-19页 |
| ·高通量测序的原理 | 第19-21页 |
| ·高通量测序技术研究进展 | 第19页 |
| ·新一代高通量测序的原理 | 第19-21页 |
| 2 引言 | 第21-22页 |
| 3 材料与方法 | 第22-34页 |
| ·材料 | 第22页 |
| ·实验材料 | 第22页 |
| ·所用试剂与仪器 | 第22页 |
| ·方法 | 第22-34页 |
| ·RNA提取(Trizol法) | 第22-23页 |
| ·Solexa文库制备及上机测序 | 第23页 |
| ·信息分析及转录组组装 | 第23页 |
| ·地黄大容量转录组文库的构建 | 第23-24页 |
| ·地黄大容量转录组的注释 | 第24页 |
| ·基于转录组基础上的SSR位点的开发及引物设计 | 第24-30页 |
| ·不同地黄品种及种质资源的基因组DNA提取 | 第30-31页 |
| ·地黄EST-SSR扩增体系的建立与优化 | 第31-33页 |
| ·DNA模板浓度的优化 | 第31页 |
| ·正反引物浓度的优化 | 第31页 |
| ·dNTP浓度的优化 | 第31-32页 |
| ·Taq DNA聚合酶浓度优化 | 第32页 |
| ·地黄EST-SSR正交优化PCR体系设计 | 第32页 |
| ·地黄EST-SSR最优循环数和最佳退火温度组合 | 第32-33页 |
| ·变性聚丙烯凝胶的制备 | 第33-34页 |
| ·玻璃板的清洗 | 第33页 |
| ·丙烯酰胺胶的制备 | 第33页 |
| ·灌胶 | 第33页 |
| ·上板 | 第33页 |
| ·电泳与点样 | 第33页 |
| ·银染 | 第33-34页 |
| ·EST-SSR引物的多态性检查 | 第34页 |
| ·不同地黄种质资源的聚类分析 | 第34页 |
| 4 结果与分析 | 第34-52页 |
| ·高通量转录组的构建 | 第34-39页 |
| ·总RNA质量鉴定 | 第34-35页 |
| ·Solexa序列组装分析 | 第35页 |
| ·不同测序平台转录组联合组装 | 第35-37页 |
| ·All-Unigene的联合优化组装及功能分析 | 第37-39页 |
| ·同源性比较 | 第37页 |
| ·GO功能分类 | 第37-38页 |
| ·Reh-Unigene代谢通路分析 | 第38-39页 |
| ·基于大容量转录组地黄EST-SSR标记的开发 | 第39-43页 |
| ·地黄EST-SSR发生频率 | 第39-40页 |
| ·地黄EST-SSR特性分布 | 第40-41页 |
| ·地黄EST-SSR位点在基因上的位置分布 | 第41-43页 |
| ·地黄EST-SSR扩增体系的建立 | 第43-47页 |
| ·DNA模板的提取 | 第43页 |
| ·模板浓度对地黄EST-SSR扩增体系的影响 | 第43-44页 |
| ·dNTP浓度对地黄EST-SSR扩增体系的影响 | 第44页 |
| ·引物浓度对地黄EST-SSR扩增体系的影响 | 第44-45页 |
| ·Taq DNA聚合酶的用量对SSR反应的影响 | 第45页 |
| ·PCR反应体系正交优化设计 | 第45-46页 |
| ·最佳地黄EST-SSR扩增体系的构建 | 第46-47页 |
| ·地黄种质资源的收集及地黄EST-SSR多态性鉴定 | 第47-50页 |
| ·基因地黄大容量转录组开发的EST-SSR可用性评价 | 第47-48页 |
| ·地黄种质资源收集 | 第48页 |
| ·地黄EST-SSR多态性鉴定 | 第48-50页 |
| ·地黄不同种质资源的遗传多样性评价 | 第50-52页 |
| ·地黄基因组DNA遗传多态性 | 第50页 |
| ·不同地黄品种的遗传差异及遗传相似性分析 | 第50-52页 |
| 5 讨论 | 第52-55页 |
| 参考文献 | 第55-63页 |
| Abstract | 第63-66页 |
