| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 英文缩略词表 | 第12-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-35页 |
| ·转录组学概述 | 第13-14页 |
| ·基于杂交的转录组学研究 | 第14-16页 |
| ·基于标签的转录组学研究 | 第16-18页 |
| ·基因表达系列分析 | 第16-17页 |
| ·大规模平行测序技术 | 第17-18页 |
| ·利用 RNA-Seq 技术的转录组学研究 | 第18-24页 |
| ·RNA-Seq 技术的基本原理 | 第19-20页 |
| ·RNA-Seq 的测序平台 | 第20-21页 |
| ·RNA-Seq 的特点 | 第21-23页 |
| ·RNA-Seq 的一般流程 | 第23-24页 |
| ·毕赤酵母转录组学研究进展 | 第24-32页 |
| ·毕赤酵母简介 | 第24-31页 |
| ·毕赤酵母转录组学研究进展 | 第31-32页 |
| ·本课题的研究意义及主要内容 | 第32-35页 |
| ·本课题的研究意义 | 第32-33页 |
| ·主要研究内容 | 第33-35页 |
| 第二章 RNA-Seq 测序及转录组全局分析 | 第35-51页 |
| ·引言 | 第35页 |
| ·实验材料与设备 | 第35-39页 |
| ·主要仪器和设备 | 第35-36页 |
| ·菌株和质粒 | 第36-37页 |
| ·主要试剂 | 第37-38页 |
| ·溶液和培养基 | 第38-39页 |
| ·实验方法 | 第39-45页 |
| ·恒化培养 | 第39-40页 |
| ·RNA 样品的制备 | 第40-41页 |
| ·RNA 样品的质量检测 | 第41-42页 |
| ·文库的构建及测序 | 第42-43页 |
| ·测序数据匹配到毕赤酵母基因组及基因 | 第43-44页 |
| ·基因表达水平的确定及标准化 | 第44-45页 |
| ·实验结果与讨论 | 第45-50页 |
| ·RNA 样品的制备 | 第45-47页 |
| ·文库构建及测序 | 第47页 |
| ·RNA-Seq reads 在毕赤酵母基因组及基因上的匹配统计 | 第47-48页 |
| ·毕赤酵母全基因组水平的转录分析 | 第48-50页 |
| ·本章小结 | 第50-51页 |
| 第三章 毕赤酵母转录结构和差异表达分析 | 第51-69页 |
| ·引言 | 第51页 |
| ·实验材料与设备 | 第51-54页 |
| ·原始数据 | 第51-52页 |
| ·主要仪器设备 | 第52页 |
| ·主要试剂 | 第52-53页 |
| ·试剂的配制 | 第53-54页 |
| ·实验方法 | 第54-59页 |
| ·基因非翻译区（UTR）分析 | 第54-55页 |
| ·新转录本分析 | 第55-56页 |
| ·RT-PCR 验证新转录本和新外显子 | 第56页 |
| ·可变剪接分析方法 | 第56-58页 |
| ·可变剪接事件的 qPCR 验证 | 第58页 |
| ·差异表达分析方法 | 第58-59页 |
| ·实验结果与讨论 | 第59-68页 |
| ·基因非翻译区（UTR）的鉴定 | 第59-60页 |
| ·新转录本和新外显子的分析 | 第60-62页 |
| ·毕赤酵母基因的可变剪接分析 | 第62-65页 |
| ·不同碳源条件下基因差异表达分析 | 第65-68页 |
| ·本章小结 | 第68-69页 |
| 第四章 毕赤酵母基因表达元件的挖掘 | 第69-94页 |
| ·引言 | 第69-70页 |
| ·实验材料与设备 | 第70-74页 |
| ·主要仪器和设备 | 第70页 |
| ·菌株和质粒 | 第70-71页 |
| ·主要试剂、抗体及工具酶 | 第71-72页 |
| ·溶液和培养基 | 第72-74页 |
| ·实验方法 | 第74-80页 |
| ·菌体的培养 | 第74页 |
| ·毕赤酵母表达载体的构建 | 第74-77页 |
| ·重组毕赤酵母的构建 | 第77页 |
| ·毕赤酵母转化子拷贝数鉴定 | 第77-78页 |
| ·荧光强度测定 | 第78页 |
| ·CALB 酶活测定 | 第78-79页 |
| ·SDS-PAGE 和 Western blot 检测目的蛋白 | 第79-80页 |
| ·荧光显微镜观察 | 第80页 |
| ·实验结果与讨论 | 第80-93页 |
| ·内源信号肽 | 第80-86页 |
| ·内部核糖体结合位点分析 | 第86-91页 |
| ·诱导型启动子 | 第91-93页 |
| ·本章小结 | 第93-94页 |
| 结论与展望 | 第94-96页 |
| 结论 | 第94页 |
| 本论文创新之处 | 第94-95页 |
| 展望 | 第95-96页 |
| 参考文献 | 第96-105页 |
| 附录 | 第105-114页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第114-115页 |
| 致谢 | 第115-116页 |
| 附件 | 第116页 |