面向长序列数据的单体分型算法研究
| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 目录 | 第8-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-19页 |
| ·长序列单体分型算法研究意义 | 第11-12页 |
| ·单体分型算法概况 | 第12-15页 |
| ·面向常规数据集的单体分型算法 | 第12-13页 |
| ·面向大规模数据集的单体分型算法 | 第13-14页 |
| ·面向长序列数据集的单体分型算法 | 第14-15页 |
| ·本文研究内容 | 第15-16页 |
| ·论文组织 | 第16-19页 |
| 第2章 问题定义及典型的单体分型算法 | 第19-39页 |
| 本章概要 | 第19页 |
| ·基因组学相关知识 | 第19-23页 |
| ·基因、染色体与DNA | 第19-21页 |
| ·基因变异与SNP位点 | 第21-22页 |
| ·单体型与基因型 | 第22-23页 |
| ·问题定义 | 第23-24页 |
| ·典型的单体分型算法 | 第24-37页 |
| ·基于组合优化的单体分型算法 | 第24-28页 |
| ·基于概率统计的单体分型算法 | 第28-36页 |
| ·winHAP算法 | 第36-37页 |
| ·本章小结 | 第37-39页 |
| 第3章 面向长序列数据集的单体分型算法 | 第39-53页 |
| 本章概要 | 第39页 |
| ·WinHAP2.0算法介绍 | 第39-41页 |
| ·WinHAP2.0算法的改进 | 第41-43页 |
| ·改进的段合并策略 | 第41-43页 |
| ·并行化策略 | 第43页 |
| ·实验结果与性能分析 | 第43-50页 |
| ·时间复杂度分析 | 第44页 |
| ·测试数据集介绍 | 第44-45页 |
| ·改进后算法与原WinHAP2.0算法比较 | 第45-46页 |
| ·与其他方法的性能比较 | 第46-48页 |
| ·段长对性能的影响 | 第48-50页 |
| ·并行化效果 | 第50页 |
| ·本章小结 | 第50-53页 |
| 第4章 面向大规模长序列数据集的单体分型算法 | 第53-63页 |
| 本章概要 | 第53页 |
| ·基于聚类的WinHAP算法—CbWinHAP | 第53-56页 |
| ·设计思路与主要步骤 | 第53页 |
| ·序列相似性度量 | 第53-54页 |
| ·聚类过程 | 第54-56页 |
| ·基于贪心的并行化策略 | 第56页 |
| ·实验结果与性能分析 | 第56-62页 |
| ·时间复杂度和空间复杂度分析 | 第56-57页 |
| ·与其他方法的比较 | 第57-58页 |
| ·内存消耗变化趋势测试 | 第58-59页 |
| ·聚类参数对结果的影响 | 第59-61页 |
| ·并行化效果 | 第61-62页 |
| ·本章小结 | 第62-63页 |
| 第5章 总结 | 第63-67页 |
| 本章概要 | 第63页 |
| ·本文工作 | 第63-65页 |
| ·本文贡献与创新之处 | 第65页 |
| ·进一步工作 | 第65-67页 |
| 参考文献 | 第67-71页 |
| 附录1 插图索引 | 第71-72页 |
| 附录2 表格索引 | 第72-73页 |
| 致谢 | 第73-75页 |
| 在读期间发表的学术论文 | 第75-76页 |
| 攻读学位期间参加的科研项目 | 第76页 |
