| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 目录 | 第10-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-23页 |
| ·何谓“系统生物学” | 第13-18页 |
| ·从“Systems Biology”的汉译说起 | 第13-14页 |
| ·从系统论的观点看 | 第14-17页 |
| ·系统生物学的兴起：基于复杂系统的研究途径 | 第17-18页 |
| ·系统生物学的技术基础 | 第18页 |
| ·系统生物学的实践 | 第18-21页 |
| ·系统生物学的学科范式 | 第19页 |
| ·系统生物学的研究循环 | 第19-20页 |
| ·系统生物学的学术实践 | 第20-21页 |
| ·系统生物学的两个课题研究 | 第21-23页 |
| 第一部分 生物数据的算法观点 | 第23-70页 |
| 第二章 生物数据的算法观点 | 第24-38页 |
| ·计算、算法与计算主义 | 第24-31页 |
| ·计算与算法 | 第24-26页 |
| ·计算主义：从计算的观点看 | 第26-31页 |
| ·计算系统生物学 | 第31-38页 |
| ·计算生物学 | 第31-33页 |
| ·时序基因调控网 | 第33-38页 |
| 第三章 时序列基因表达数据的双聚类算法 | 第38-70页 |
| ·时序列基因表达数据与问题的提出 | 第38-44页 |
| ·基因表达数据 | 第38-39页 |
| ·问题的提出 | 第39-40页 |
| ·基于时间窗口内聚类算法的一个朴素方案 | 第40-44页 |
| ·时序列基因表达数据的双聚类算法 | 第44-51页 |
| ·时序列数据的双聚类算法 | 第45-46页 |
| ·关于后缀树的预备知识 | 第46-48页 |
| ·基于广义后缀树的CCC-双聚类算法 | 第48-51页 |
| ·基于加权后缀树的新算法 | 第51-60页 |
| ·字母表和字符对应区间选择的优化 | 第52-53页 |
| ·W-CCC-双聚类算法 | 第53-60页 |
| ·e-CCC-双聚类算法 | 第60-65页 |
| ·若干预备 | 第60-62页 |
| ·e-CCC-双聚类算法的关键与梗概 | 第62-65页 |
| ·关于e-CCC-双聚类算法的几点评注 | 第65页 |
| ·算法实践中的若干问题 | 第65-70页 |
| ·数据预处理的几个问题 | 第65-67页 |
| ·若干近似匹配模式的讨论及相应的算法实现 | 第67-70页 |
| 第二部分 复杂系统中的达尔文 | 第70-109页 |
| 第四章 复杂系统中的达尔文 | 第71-85页 |
| ·达尔文主义（Darwinism） | 第71-77页 |
| ·达尔文的伟大思想：“Evolution by Natural Selection” | 第71-73页 |
| ·达尔文思想引起的反响 | 第73-75页 |
| ·某些达尔文主义的“推广”或“应用” | 第75-77页 |
| ·复杂性科学与达尔文主义 | 第77-80页 |
| ·复杂性科学与达尔文学说的联系 | 第77-80页 |
| ·进化生物学的特定思维方式 | 第80-85页 |
| ·两种原因 | 第80-81页 |
| ·四个问题 | 第81-82页 |
| ·远因与近因的区分是否明确/必要 | 第82-83页 |
| ·昼夜节律的达尔文式模型 | 第83-85页 |
| 第五章 昼夜节律的达尔文式模型 | 第85-109页 |
| ·昼夜节律 | 第85-91页 |
| ·昼夜节律的若干事实 | 第87-88页 |
| ·SCN的若干事实 | 第88-91页 |
| ·SCN细胞振子的相位模型 | 第91-94页 |
| ·相位模型 | 第91-94页 |
| ·机制设计问题 | 第94-99页 |
| ·机制设计问题的若干定义 | 第95-97页 |
| ·显示原理（Revelation Principle） | 第97-98页 |
| ·VGC机制（Vickrey–Groves–Clarke Mechanism） | 第98-99页 |
| ·机制设计框架下的SCN模型 | 第99-109页 |
| ·SCN功能运作的达尔文式过程 | 第99-100页 |
| ·VGC机制下的SCN模型 | 第100-102页 |
| ·机制设计框架下PRC的解释 | 第102-105页 |
| ·机制设计框架下关于低Q10数的讨论 | 第105-109页 |
| 参考文献 | 第109-129页 |
| 第一章 | 第109-111页 |
| 第二章 | 第111-116页 |
| 第三章 | 第116-119页 |
| 第四章 | 第119-122页 |
| 第五章 | 第122-129页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第129页 |
