| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-18页 |
| ·癌症研究现状 | 第11-14页 |
| ·基因功能模块化 | 第14页 |
| ·论文研究的目的和意义 | 第14-16页 |
| ·本论文各部分的主要内容 | 第16-18页 |
| 第二章 基于共进化基因功能模块研究癌基因的保守模式 | 第18-32页 |
| ·引言 | 第18-19页 |
| ·材料与方法 | 第19-23页 |
| ·进化速率与进化年龄数据 | 第19页 |
| ·Gene Ontology（GO）注释数据和人类蛋白质互作数据 | 第19-21页 |
| ·癌基因和管家基因 | 第21页 |
| ·衡量蛋白质进化速率相似性的测度 | 第21页 |
| ·寻找共进化基因功能模块 | 第21-23页 |
| ·模块内外蛋白质在进化速率上的差别 | 第23页 |
| ·功能富集分析 | 第23页 |
| ·结果 | 第23-28页 |
| ·共进化基因功能模块和蛋白质的保守性 | 第23-26页 |
| ·癌蛋白的不同功能角色 | 第26-28页 |
| ·讨论 | 第28-30页 |
| ·本章小结 | 第30-32页 |
| 第三章 在癌基因组中发现共突变基因以及候选癌基因 | 第32-46页 |
| ·引言 | 第32-33页 |
| ·材料与方法 | 第33-36页 |
| ·体细胞突变与通路数据 | 第33页 |
| ·基于控制错误发现率方法发现共突变基因对 | 第33-34页 |
| ·基于预筛选基因的方法发现共突变基因对 | 第34-35页 |
| ·基于错误发现率的分层控制策略发现共突变基因对与候选癌基因 | 第35页 |
| ·发现共突变通路对 | 第35-36页 |
| ·结果 | 第36-44页 |
| ·在癌基因组中发现共突变基因对与候选癌基因 | 第36-40页 |
| ·在通路水平解析共突变基因对的功能协同 | 第40-44页 |
| ·讨论 | 第44-45页 |
| ·本章小结 | 第45-46页 |
| 第四章 基于细胞定位信息的癌症相关功能模块及其相互作用 | 第46-63页 |
| ·引言 | 第46-47页 |
| ·材料和方法 | 第47-50页 |
| ·数据预处理及差异表达基因的筛选 | 第47-48页 |
| ·选取富集差异表达基因的具有细胞定位信息的功能模块 | 第48页 |
| ·基于样本分类能力选择具有细胞定位信息的特征功能模块 | 第48页 |
| ·归并具有相近功能的特征功能模块 | 第48-49页 |
| ·基于蛋白质互作和表达谱构建功能模块网络 | 第49-50页 |
| ·结果 | 第50-61页 |
| ·选择具有细致功能的具有细胞定位信息的功能模块 | 第50-52页 |
| ·选择具有疾病判别能力的具有细胞定位信息的特征功能模块 | 第52-56页 |
| ·归并后的特征功能模块 | 第56-60页 |
| ·基于蛋白质互作和表达谱构建的功能模块网络 | 第60-61页 |
| ·讨论 | 第61页 |
| ·本章小结 | 第61-63页 |
| 第五章 结论 | 第63-65页 |
| 附录一 | 第65-71页 |
| 附录二 | 第71-97页 |
| 致谢 | 第97-98页 |
| 参考文献 | 第98-106页 |
| 攻读博士学位期间研究成果 | 第106-110页 |
| 攻读博士学位期间参加课题工作 | 第110-111页 |
