| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-21页 |
| ·癌症发生分子机理 | 第10-13页 |
| ·染色体异常学说 | 第10页 |
| ·肿瘤干细胞学说 | 第10-11页 |
| ·二次打击学说 | 第11页 |
| ·克隆演化理论 | 第11-12页 |
| ·癌症发生的多阶段理论 | 第12页 |
| ·癌症标志性功能特征 | 第12-13页 |
| ·癌基因 | 第13-16页 |
| ·原癌基因 | 第14-15页 |
| ·抑癌基因 | 第15-16页 |
| ·DNA 修复基因 | 第16页 |
| ·预测候选癌基因 | 第16-17页 |
| ·基于有监督学习预测候选癌基因 | 第16-17页 |
| ·基于无监督学习预测候选癌基因 | 第17页 |
| ·本研究的目的与意义 | 第17-19页 |
| ·论文各部分主要内容 | 第19-21页 |
| 第二章 在癌基因组中发现共突变基因以及候选癌基因 | 第21-34页 |
| ·引言 | 第21-22页 |
| ·实验材料及方法 | 第22-25页 |
| ·癌症体细胞突变数据 | 第22-23页 |
| ·已知癌基因 | 第23页 |
| ·基于超几何检验发现共突变基因对 | 第23-24页 |
| ·基于删除低频率突变基因发现共突变基因对 | 第24-25页 |
| ·基于分层控制FDR 发现共突变基因对与候选癌基因 | 第25页 |
| ·结果 | 第25-30页 |
| ·基于删除低频率突变基因寻找共突变基因对的方法的结果 | 第25-26页 |
| ·基于分层控制FDR 发现共突变基因对的结果 | 第26-27页 |
| ·共突变基因与候选癌基因比较 | 第27-30页 |
| ·讨论 | 第30-32页 |
| ·本章小结 | 第32-34页 |
| 第三章 生物学通路间的基因共突变 | 第34-44页 |
| ·引言 | 第34-36页 |
| ·实验材料与方法 | 第36页 |
| ·生物学通路数据 | 第36页 |
| ·定义共突变通路对 | 第36页 |
| ·结果 | 第36-42页 |
| ·解析共突变基因对在通路层面的功能协同 | 第36-37页 |
| ·通路协同网络 | 第37-42页 |
| ·讨论 | 第42页 |
| ·本章小结 | 第42-44页 |
| 第四章 基于共进化蛋白互作网络模块从癌突变谱中预测候选癌基因 | 第44-51页 |
| ·引言 | 第44-45页 |
| ·研究材料与方法 | 第45-46页 |
| ·系统发生谱和进化年龄 | 第45页 |
| ·蛋白质互作数据 | 第45页 |
| ·癌基因和癌基因组体细胞突变扫查数据 | 第45页 |
| ·提取系统发生网络模块 | 第45-46页 |
| ·功能富集 | 第46页 |
| ·结果 | 第46-49页 |
| ·发现共进化网络模块 | 第46-47页 |
| ·基于共进化网络模块预测候选癌基因 | 第47-49页 |
| ·讨论 | 第49-50页 |
| ·本章小结 | 第50-51页 |
| 第五章 工作总结与展望 | 第51-53页 |
| ·工作总结 | 第51-52页 |
| ·工作展望 | 第52-53页 |
| 致谢 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-63页 |
| 攻硕期间的研究成果 | 第63-64页 |
| 附录 | 第64-67页 |
