基于高密度SNP芯片技术对西门塔尔牛部分肉质性状的全基因组关联分析
| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-21页 |
| ·引言 | 第11页 |
| ·肉牛肉质性状的 QTL 定位 | 第11-12页 |
| ·全基因组关联分析 | 第12-16页 |
| ·GWAS 研究实验设计方法 | 第13页 |
| ·GWAS 的群体分层及校正 | 第13-15页 |
| ·GWAS 的多重假设检验校正 | 第15-16页 |
| ·GWAS 在畜禽中的研究进展 | 第16-18页 |
| ·基因型填充 | 第18-19页 |
| ·基因型填充的意义 | 第18页 |
| ·基因型填充的方法 | 第18-19页 |
| ·几种填充方法准确性比较 | 第19页 |
| ·研究目的和意义 | 第19-21页 |
| 第二章 材料与方法 | 第21-29页 |
| ·试验材料 | 第21-22页 |
| ·试验动物、样本采集 | 第21页 |
| ·SNP 芯片数据 | 第21页 |
| ·主要试验仪器、试剂 | 第21-22页 |
| ·表型记录及 SNP 分型 | 第22-25页 |
| ·性状表型记录 | 第22-23页 |
| ·牛基因组 DNA 提取与检测 | 第23-24页 |
| ·SNP 分型 | 第24-25页 |
| ·表型及 SNP 分型数据预处理 | 第25-26页 |
| ·表型数据处理 | 第25页 |
| ·SNP 芯片数据质量控制 | 第25-26页 |
| ·基因型填充及准确性验证 | 第26-27页 |
| ·基因型填充 | 第26页 |
| ·填充方法准确性的验证 | 第26-27页 |
| ·全基因组关联分析 | 第27-28页 |
| ·群体分层检验 | 第27页 |
| ·基于标记构建亲缘关系矩阵 K | 第27页 |
| ·全基因组关联分析模型 | 第27页 |
| ·多重假设检验校正 | 第27-28页 |
| ·本研究所用到的软件及网站 | 第28-29页 |
| 第三章 结果与分析 | 第29-52页 |
| ·表型数据分析 | 第29-30页 |
| ·表型数据的描述性统计分析 | 第29-30页 |
| ·表型数据的正态性检验 | 第30页 |
| ·表型数据的 BoxCox 转换 | 第30页 |
| ·SNP 分型及预处理结果 | 第30-34页 |
| ·牛基因组 DNA 检测结果 | 第30-31页 |
| ·SNP 分型结果 | 第31-32页 |
| ·SNP 筛选及质量控制结果 | 第32-34页 |
| ·基因型填充及准确性检测结果 | 第34-35页 |
| ·基因型填充结果 | 第34-35页 |
| ·基因型填充的准确率 | 第35页 |
| ·群体遗传分布 | 第35页 |
| ·全基因组关联分析结果 | 第35-52页 |
| ·实测基因型群体的全基因组关联分析结果 | 第36-45页 |
| ·基因型填充后群体的全基因组关联分析结果 | 第45-51页 |
| ·全基因组关联分析结果汇总 | 第51-52页 |
| 第四章 讨论 | 第52-54页 |
| ·GLM 和 MLM 的讨论 | 第52页 |
| ·基因型填充群体与实测群体 GWAS 结果的比较 | 第52页 |
| ·基因型填充的探讨 | 第52-53页 |
| ·与其他 GWAS 结果的比较 | 第53页 |
| ·GWAS 研究展望 | 第53-54页 |
| 第五章 全文结论 | 第54-56页 |
| ·结论 | 第54页 |
| ·创新点 | 第54-55页 |
| ·下一步工作 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-62页 |
| 附录 | 第62-66页 |
| 致谢 | 第66-67页 |
| 作者简历 | 第67页 |
