| 主要创新点 | 第1-8页 |
| 摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-14页 |
| 第一章 综述 | 第14-29页 |
| ·DNA的分子结构 | 第14-18页 |
| ·B-DNA的结构及其分子识别 | 第15-16页 |
| ·错配碱基对的结构特征及其分子识别 | 第16-17页 |
| ·DNA螺旋结构参数 | 第17-18页 |
| ·DNA结构探针的研究背景 | 第18-24页 |
| ·DNA结构探针介绍 | 第19-21页 |
| ·大环芳香配体金属配合物探针的研究现状 | 第21-22页 |
| ·常见的几类DNA金属探针 | 第22-24页 |
| ·本文工作及展望 | 第24-25页 |
| 参考文献 | 第25-29页 |
| 第二章 分子力学理论 | 第29-52页 |
| ·分子力学基本原理 | 第29-30页 |
| ·力场 | 第30-33页 |
| ·分子结构优化方法 | 第33-39页 |
| ·能量最小化方法概述 | 第33-34页 |
| ·非求导的最小化方法 | 第34-35页 |
| ·求导最小化方法 | 第35-37页 |
| ·最小化方法的选择 | 第37-38页 |
| ·能量最小化的应用 | 第38-39页 |
| ·分子动力学方法 | 第39-44页 |
| ·分子动力学概述 | 第39-40页 |
| ·分子动力学的积分算法 | 第40-41页 |
| ·分子动力学计算的时间间隔 | 第41页 |
| ·分子动力学的模拟类型 | 第41-42页 |
| ·分子动力学轨迹 | 第42页 |
| ·分子动力学计算的一般方法 | 第42-44页 |
| ·MM2力场介绍 | 第44-47页 |
| ·函数形式 | 第44-46页 |
| ·原子类型 | 第46-47页 |
| ·ESFF力场介绍 | 第47-50页 |
| ·函数形式 | 第47-49页 |
| ·原子类型 | 第49-50页 |
| ·本工作中的主要模拟思路 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-52页 |
| 第三章 △、∧-[Co(phen)_2tppbz]~(3+)对B-DNA序列 识别作用的分子模拟 | 第52-60页 |
| ·前言 | 第52页 |
| ·模拟方法 | 第52-55页 |
| ·模型搭建 | 第52-54页 |
| ·插入过程的模拟 | 第54-55页 |
| ·模拟环境 | 第55页 |
| ·计算结果 | 第55-58页 |
| ·讨论 | 第58页 |
| ·插入机理 | 第58页 |
| ·插入前后DNA结构的变化 | 第58页 |
| ·金属配合物的立体选择性和最佳作用位点的进一步分析 | 第58页 |
| ·小结 | 第58页 |
| 参考文献 | 第58-60页 |
| 第四章 ∧、△-[Ru(phen)_2dppz]~(n+)对错配DNA序列识别作用的分子模拟 | 第60-69页 |
| ·概述 | 第60-61页 |
| ·模拟方法 | 第61-62页 |
| ·模型搭建 | 第61页 |
| ·插入过程的模拟 | 第61页 |
| ·模拟环境 | 第61-62页 |
| ·计算结果 | 第62-63页 |
| ·△-[Ru(phen)_2dppz]~(n+)对错配序列的识别情况 | 第62-63页 |
| ·△-[Ru(phen)_2dppz]~(n+)对错配序列的识别情况 | 第63页 |
| ·讨论 | 第63-67页 |
| ·沟选择性的进一步研究 | 第63-65页 |
| ·手性选择性的进一步研究 | 第65-66页 |
| ·错配碱基对和正常碱基对插入情况比较 | 第66-67页 |
| ·插入前后DNA结构的变化 | 第67页 |
| ·小结 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-69页 |
| 第五章 ∧、△-[Co(phen)_2hpip]~(3+)对DNA序列 识别作用的分子模拟研究 | 第69-80页 |
| ·概述 | 第69-70页 |
| ·模拟方法 | 第70-71页 |
| ·模型搭建 | 第70页 |
| ·插入过程的模拟 | 第70-71页 |
| ·模拟环境及计算平台 | 第71页 |
| ·计算结果 | 第71-74页 |
| ·[Co(phen)_2hpip]~(3+)对错配DNA序列的识别情况 | 第72-73页 |
| ·[Co(phen)_2hpip]~(3+)对正常DNA的识别情况 | 第73-74页 |
| ·讨论 | 第74-78页 |
| ·两条不同序列中的A5T6／T5A6片段的结构分析 | 第74-76页 |
| ·A5T6／T5A6两端错配碱基对对识别作用的影响 | 第76-77页 |
| ·详细能量项的考察 | 第77-78页 |
| ·两种探针对错配序列识别作用的对比分析 | 第78页 |
| ·小结 | 第78-79页 |
| 参考文献 | 第79-80页 |
| 第六章 不同力场对DNA螺旋的计算对比 | 第80-116页 |
| ·概述 | 第80页 |
| ·模拟方法 | 第80-81页 |
| ·模型搭建 | 第80页 |
| ·模拟方法 | 第80-81页 |
| ·计算环境 | 第81页 |
| ·计算结果 | 第81-84页 |
| ·碱基对配对情况的比较 | 第82页 |
| ·局部碱基对参数 | 第82-83页 |
| ·其他DNA结构参数的考察 | 第83-84页 |
| ·小结 | 第84页 |
| 参考文献 | 第84页 |
| 附录: 本章部分计算数据 | 第84-116页 |
| 1 碱基均方根偏差 | 第84-100页 |
| 2 氢键信息 | 第100-116页 |
| 第七章 ∧、△-[Rh(bpy)_2chrysi]~(3+)对DNA序列 识别作用的分子模拟研究(一) | 第116-126页 |
| ·概述 | 第116-117页 |
| ·模拟方法 | 第117-119页 |
| ·模型搭建 | 第117-118页 |
| ·插入过程模拟 | 第118-120页 |
| ·模拟环境 | 第120-119页 |
| ·计算结果 | 第119-122页 |
| ·[Rh(bpy)_2chrysi]~(3+)对正常序列的识别 | 第119-120页 |
| ·[Rh(bpy)_2chrysi]~(3+)对错配序列d(CCGAATGAGG)_2的识别 | 第120-122页 |
| ·讨论 | 第122-124页 |
| ·不同位点上插入的详细能量分析 | 第122-123页 |
| ·不同定位金属配合物的插入情况详细能量分析 | 第123页 |
| ·手性选择性的详细能量分析 | 第123页 |
| ·沟选择性的详细能量分析 | 第123-124页 |
| ·不同配合物的插入情况对比分析 | 第124页 |
| ·小结 | 第124-125页 |
| 参考文献 | 第125-126页 |
| 总结和展望 | 第126-128页 |
| 攻读博士学位期间发表和待发表的论文 | 第128-130页 |
| 致谢 | 第130页 |
