| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-12页 |
| 第一章 引言 | 第12-30页 |
| ·研究生物大分子体系结合自由能的背景和意义 | 第13-19页 |
| ·自由能微扰(PEP)方法 | 第13-14页 |
| ·热力学积分(TI)方法 | 第14-15页 |
| ·双湮灭方法 | 第15-16页 |
| ·分子转换方法 | 第16-17页 |
| ·基于MM／PBSA的自由能计算方法 | 第17-18页 |
| ·线性相互作用能方法 | 第18-19页 |
| ·分子动力学、随机动力学和有限差分随机动力学的基本原理与应用 | 第19-30页 |
| ·分子动力学的基本原理 | 第19-20页 |
| ·分子动力学的积分算法 | 第20-22页 |
| ·半经验势函数 | 第22-23页 |
| ·分子动力学模拟细节 | 第23-24页 |
| ·随机动力学模拟的基本原理 | 第24-26页 |
| ·有限差分随机动力学模拟的基本原理 | 第26-30页 |
| 第二章 谷氨酰胺结合蛋白与底物结合自由能的计算 | 第30-38页 |
| ·谷氨酰胺结合蛋白复合物体系介绍 | 第30-33页 |
| ·基于双湮灭方法的绝对结合自由能计算 | 第33-37页 |
| ·模拟方案设计 | 第33-35页 |
| ·结果分析及讨论 | 第35-37页 |
| ·小结 | 第37-38页 |
| 第三章 谷氨酰胺结合蛋白构象变化的分子动力学模拟 | 第38-50页 |
| ·研究意义 | 第38页 |
| ·模拟方案设计 | 第38-40页 |
| ·结果分析及讨论 | 第40-49页 |
| ·分子结构分析 | 第40-42页 |
| ·自由能分析 | 第42页 |
| ·铰链区柔性分析 | 第42-44页 |
| ·口袋区相互作用 | 第44-48页 |
| ·底物特异性分析 | 第48-49页 |
| ·小结 | 第49-50页 |
| 第四章 胰岛素六聚体的分子动力学、随机动力学和有限差分随机动力学模拟 | 第50-66页 |
| ·胰岛素六聚体的体系介绍及研究目的 | 第50-52页 |
| ·模拟方案设计 | 第52-53页 |
| ·结果分析及讨论 | 第53-63页 |
| ·能量及平均位置涨落 | 第53-55页 |
| ·回转半径及溶剂可接近表面积 | 第55-57页 |
| ·氢键 | 第57-58页 |
| ·二级结构演化 | 第58-63页 |
| ·小结 | 第63-66页 |
| 结论 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-76页 |
| 致谢 | 第76页 |