| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 第一章 前言 | 第11-18页 |
| 1.蛋白质相互作用 | 第11-13页 |
| ·获取蛋白质相互作用的实验方法 | 第11页 |
| ·预测蛋白质相互作用的生物信息学方法 | 第11-12页 |
| ·蛋白质相互作用数据库及可视化 | 第12-13页 |
| 2.蛋白质功能模块 | 第13-14页 |
| 3.大肠杆菌O157:H7 | 第14-15页 |
| 4.论文的研究内容与创新点 | 第15-18页 |
| ·论文的研究内容与技术路线 | 第15-16页 |
| ·论文的创新点 | 第16-18页 |
| 第二章 大肠杆菌O157:H7蛋白质相互作用及网络中模块的预测 | 第18-30页 |
| 1.大肠杆菌O157:H7蛋白质相互作用的预测 | 第18-26页 |
| ·数据集 | 第18-19页 |
| ·已知实验获得的蛋白质相互作用数据 | 第18页 |
| ·所用的域数据库 | 第18-19页 |
| ·大肠杆菌O157:H7蛋白质序列 | 第19页 |
| ·方法与结果 | 第19-21页 |
| ·基于域与域相互作用方法的概述 | 第19-20页 |
| ·原始蛋白质相互作用预测 | 第20-21页 |
| ·对原始相互作用数据的处理 | 第21页 |
| ·蛋白质相互作用可视化与功能分类分析 | 第21-23页 |
| ·蛋白质相互作用网络的拓扑结构与属性 | 第23-26页 |
| ·连接度分布和无尺度性质 | 第23-24页 |
| ·最短路径长度和小世界性质 | 第24-25页 |
| ·聚集系数 | 第25-26页 |
| 2.蛋白质相互作用模块的预测 | 第26-28页 |
| ·方法与结果 | 第26-28页 |
| ·马尔科夫聚类算法预测蛋白质相互作用功能模块 | 第26-27页 |
| ·确定模块间共有蛋白 | 第27-28页 |
| 3.讨论 | 第28-29页 |
| 4.小结 | 第29-30页 |
| 第三章 预测得到模块的功能与生物学意义评价 | 第30-35页 |
| 1.方法与结果 | 第30-33页 |
| ·GO注释分析 | 第30-31页 |
| ·与KEGG代谢通路比较 | 第31-32页 |
| ·与已知保守的蛋白质复合物进行比较 | 第32-33页 |
| 2.讨论与小结 | 第33-35页 |
| 第四章 致病相关模块的分析 | 第35-42页 |
| 1.方法 | 第35页 |
| 2.结果与讨论 | 第35-41页 |
| ·与粘附相关的新模块 | 第36-37页 |
| ·与铁元素吸收相关的模块 | 第37-38页 |
| ·与志贺毒素相关的模块 | 第38-39页 |
| ·Ⅲ型分泌系统相关模块 | 第39-40页 |
| ·其它致病相关的模块 | 第40-41页 |
| 3.小结 | 第41-42页 |
| 第五章 预测模块之间关系的分析 | 第42-47页 |
| 1.方法 | 第42页 |
| 2.结果与讨论 | 第42-46页 |
| ·细胞功能模块化 | 第43-44页 |
| ·协同效应 | 第44-46页 |
| ·正协同效应 | 第44-45页 |
| ·负协同效应 | 第45-46页 |
| 3.小结 | 第46-47页 |
| 第六章 基于预测模块对生物通路的分析 | 第47-51页 |
| 1.方法 | 第47页 |
| 2.结果与讨论 | 第47-50页 |
| ·预测模块为生物通路的扩展提供可能的候选蛋白 | 第47-50页 |
| ·预测模块为发现生物通路间新的cross-talk提供线索 | 第50页 |
| 3.小结 | 第50-51页 |
| 第七章 结论 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-56页 |
| 文献综述 | 第56-63页 |
| 附录 | 第63-69页 |
| 个人简历 | 第69页 |