| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 第1章 引言 | 第10-18页 |
| ·基因芯片 | 第10-11页 |
| ·识别功能模块的方法 | 第11-13页 |
| ·酿酒酵母基因表达数据 | 第13-14页 |
| ·弥散性大B 细胞淋巴瘤（DLBCL）基因表达数据 | 第14-16页 |
| ·本文的选题和主要研究内容 | 第16-18页 |
| 第2章 基因网络功能模块识别的方法 | 第18-30页 |
| ·引言 | 第18页 |
| ·随机矩阵理论（RMT） | 第18-20页 |
| ·聚类分析 | 第20-24页 |
| ·聚类分析方法 | 第20-22页 |
| ·常用的聚类分析软件 | 第22-24页 |
| ·聚类的用途 | 第24页 |
| ·缺失数据的处理 | 第24-26页 |
| ·方法的结合 | 第26-29页 |
| ·小结 | 第29-30页 |
| 第3章 酿酒酵母基因网络功能模块的识别 | 第30-41页 |
| ·引言 | 第30页 |
| ·RMT 分析结果 | 第30-32页 |
| ·构建酿酒酵母基因网络的系统树图 | 第32-38页 |
| ·K 最近邻（KNN）方法 | 第38-40页 |
| ·小结 | 第40-41页 |
| 第4章 DLBCL 基因网络功能模块的识别 | 第41-57页 |
| ·引言 | 第41页 |
| ·局域最小二乘（LLS）方法 | 第41-44页 |
| ·RMT 分析结果 | 第44-46页 |
| ·构建DLBCL 基因网络的拓扑结构图 | 第46-47页 |
| ·构建DLBCL 基因网络的系统树图 | 第47-55页 |
| ·基因表达谱分析 | 第47-49页 |
| ·DLBCL 亚型 | 第49-52页 |
| ·系统树图方法的优势 | 第52-55页 |
| ·小结 | 第55-57页 |
| 第5章 DLBCL 基因网络的拓扑结构特性 | 第57-64页 |
| ·复杂网络理论 | 第57-60页 |
| ·复杂网络的基本概念 | 第57-59页 |
| ·复杂网络的性质 | 第59-60页 |
| ·DLBCL 基因网络的拓扑结构特性 | 第60-62页 |
| ·DLBCL 基因网络的度分布P ( k ) | 第61页 |
| ·DLBCL 基因网络的聚类系数C | 第61-62页 |
| ·邻居节点的平均度 | 第62页 |
| ·小结 | 第62-64页 |
| 第6章 总结与展望 | 第64-66页 |
| ·总结 | 第64-65页 |
| ·展望 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-74页 |
| 致谢 | 第74-75页 |
| 攻读硕士学位期间公开发表的论文 | 第75页 |