| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-16页 |
| 第一章 前言 | 第16-36页 |
| ·原核生物的进化，基因水平转移和基因岛 | 第16-17页 |
| ·基因岛的结构特征、功能与可移动性 | 第17-27页 |
| ·基因岛的结构特征 | 第17-18页 |
| ·基因岛的功能分析 | 第18-19页 |
| ·基因岛的移动性与转移 | 第19-27页 |
| ·已有的确定基因岛的方法 | 第27-30页 |
| ·以tmRNA 基因为整合位点的基因岛 | 第30-31页 |
| ·以GMP 合酶基因为整合位点的基因岛 | 第31页 |
| ·铜绿和荧光假单胞菌中的基因岛 | 第31-32页 |
| ·大肠杆菌和沙门氏菌中的基因岛 | 第32-34页 |
| ·本论文的研究目的和意义 | 第34-36页 |
| 第二章 确定同tRNA 序列相关的边界序列来精确定位可移动基因岛 | 第36-67页 |
| ·引言 | 第36页 |
| ·材料与方法 | 第36-42页 |
| ·菌株与培养条件 | 第36-37页 |
| ·使用的软件与数据库 | 第37-38页 |
| ·搜索和精确定位可移动基因岛的方法 | 第38页 |
| ·基因岛Pf0-1GI-1 同源可移动基因岛的确定 | 第38-39页 |
| ·同基因岛 PAO1GI-1 边界序列同源的可移动基因岛的确定 | 第39-40页 |
| ·引物组合法确定基因岛的可移动性 | 第40-42页 |
| ·结果与讨论 | 第42-65页 |
| ·在铜绿和荧光假单胞菌中可移动基因岛的精确定位 | 第42-45页 |
| ·精确定位的可移动基因岛的边界同其它方法的比较 | 第45-46页 |
| ·可移动基因岛内部整合酶的分析 | 第46-48页 |
| ·基因岛移动性的实验验证 | 第48-49页 |
| ·可移动基因岛的比较基因组学分析 | 第49-56页 |
| ·Pf0-1GI-1 和P. fluorescens SBW25 中的同源可移动基因岛 | 第56-61页 |
| ·同 PAO1GI-1 边界同源的可移动基因岛的确定和分析 | 第61-65页 |
| ·本章小结 | 第65-67页 |
| 第三章 基于基因岛的三个显著性特征精确定位可移动基因岛 | 第67-103页 |
| ·引言 | 第67页 |
| ·材料与方法 | 第67-70页 |
| ·菌株 | 第67-69页 |
| ·可移动基因岛的搜索和确定 | 第69页 |
| ·可移动基因岛的类型分析 | 第69页 |
| ·可移动基因岛的基本结构分析 | 第69-70页 |
| ·结果与讨论 | 第70-102页 |
| ·四个铜绿假单胞菌中可移动基因岛的精确定位 | 第70-72页 |
| ·可移动基因岛的边界序列和内部整合酶的分析 | 第72-81页 |
| ·可移动基因岛的功能分析 | 第81-85页 |
| ·大肠杆菌和沙门氏菌中可移动基因岛的精确定位 | 第85-88页 |
| ·大肠杆菌和沙门氏菌中可移动基因岛的结构分析 | 第88-102页 |
| ·本章小结 | 第102-103页 |
| 第四章 串联基因岛的模式确定和整合的时序性 | 第103-116页 |
| ·引言 | 第103页 |
| ·材料与方法 | 第103-104页 |
| ·材料 | 第103页 |
| ·方法 | 第103-104页 |
| ·结果与讨论 | 第104-115页 |
| ·tmRNA 是基因岛的多重整合位点 | 第104-105页 |
| ·串联基因岛的存在 | 第105-109页 |
| ·串联基因岛整合的时序性 | 第109-110页 |
| ·基因岛中整合酶的分析 | 第110-114页 |
| ·Enterobacteria phage Fels-2 及其同源基因岛的分析 | 第114-115页 |
| ·本章小结 | 第115-116页 |
| 第五章 以GMP 合酶为整合位点的基因岛结构特征 | 第116-140页 |
| ·引言 | 第116页 |
| ·材料与方法 | 第116-120页 |
| ·材料 | 第116页 |
| ·方法 | 第116-120页 |
| ·结果与讨论 | 第120-138页 |
| ·GMP 合酶基因是基因岛的整合热点 | 第120页 |
| ·种内基因组的比对进一步确定基因岛 | 第120-125页 |
| ·基因岛分布的广泛性 | 第125-129页 |
| ·基因岛边界保守序列的分析 | 第129-132页 |
| ·基因岛中整合酶类型的分析 | 第132-135页 |
| ·AlpA 是P4 整合酶的正调控因子 | 第135-137页 |
| ·同整合酶有协同作用的基因分析 | 第137页 |
| ·attL 和attR 附近序列的分析 | 第137-138页 |
| ·本章小结 | 第138-140页 |
| 第六章 总结和展望 | 第140-143页 |
| ·主要结论和主要创新点 | 第140-142页 |
| ·主要结论 | 第140-141页 |
| ·主要创新点 | 第141-142页 |
| ·研究展望 | 第142-143页 |
| 参考文献 | 第143-156页 |
| 攻读博士学位期间撰写和已发表的论文 | 第156页 |
| 攻读博士学位期间参与的科研项目 | 第156-157页 |
| 致谢 | 第157-158页 |
| 附表1-47 | 第158-222页 |
