| 摘要 | 第7-9页 |
| abstract | 第9-10页 |
| 英文缩略表 | 第14-15页 |
| 第一章 引言 | 第15-22页 |
| 1.1 ROH检测 | 第15-20页 |
| 1.1.1 ROH的基本概念、形成因素及ROH研究的主要用途 | 第15-16页 |
| 1.1.2 ROH的研究进展 | 第16-20页 |
| 1.2 连锁不平衡及有效群体大小估计 | 第20-21页 |
| 1.2.1 连锁不平衡 | 第20页 |
| 1.2.2 连锁不平衡系数 | 第20页 |
| 1.2.3 有效群体大小 | 第20-21页 |
| 1.2.4 利用连锁不平衡信息估计有效群体大小 | 第21页 |
| 1.3 本研究的目的和意义 | 第21-22页 |
| 第二章 利用600K SNP芯片检测不同尾型绵羊ROH及有效群体大小估计 | 第22-40页 |
| 2.1 实验材料 | 第22页 |
| 2.1.1 实验样本 | 第22页 |
| 2.1.2 数据来源 | 第22页 |
| 2.1.3 数据分析软件及在线资源 | 第22页 |
| 2.2 实验方法 | 第22-25页 |
| 2.2.1 数据质量控制及填充 | 第22-23页 |
| 2.2.2 遗传结构分析 | 第23页 |
| 2.2.3 ROH检测参数设置 | 第23页 |
| 2.2.4 ROH基本统计及基因组近交系数 | 第23-24页 |
| 2.2.5 高频ROH区域与候选基因 | 第24页 |
| 2.2.6 连锁不平衡分析 | 第24页 |
| 2.2.7 有效群体大小估计 | 第24-25页 |
| 2.3 实验结果 | 第25-36页 |
| 2.3.1 遗传结构分析结果 | 第25页 |
| 2.3.2 ROH基本统计及基因组近交系数结果 | 第25-29页 |
| 2.3.3 ROH与候选基因结果 | 第29-33页 |
| 2.3.4 连锁不平衡分析结果 | 第33-35页 |
| 2.3.5 有效群体大小估计结果 | 第35-36页 |
| 2.4 讨论 | 第36-40页 |
| 2.4.1 遗传结构分析 | 第36页 |
| 2.4.2 ROH基本统计及基因组近交系数 | 第36-37页 |
| 2.4.3 高频ROH与候选基因 | 第37-38页 |
| 2.4.4 连锁不平衡及有效群体大小 | 第38-40页 |
| 第三章 利用50K SNP芯片检测10 个绵羊种群ROH及候选基因鉴定 | 第40-58页 |
| 3.1 实验材料 | 第40-41页 |
| 3.1.1 实验样本 | 第40页 |
| 3.1.2 数据来源 | 第40页 |
| 3.1.3 数据分析软件与在线资源 | 第40-41页 |
| 3.2 实验方法 | 第41-42页 |
| 3.2.1 数据质控及填充 | 第41页 |
| 3.2.2 遗传结构分析 | 第41页 |
| 3.2.3 ROH检测的参数设置 | 第41页 |
| 3.2.4 ROH基本统计及基因组近交系数 | 第41-42页 |
| 3.2.5 高频ROH区域与候选基因 | 第42页 |
| 3.3 实验结果 | 第42-53页 |
| 3.3.1 遗传结构分析结果 | 第42-43页 |
| 3.3.2 ROH基本统计及基因组近交系数结果 | 第43-47页 |
| 3.3.3 高频ROH区域与候选基因结果 | 第47-53页 |
| 3.4 讨论 | 第53-58页 |
| 3.4.1 遗传结构分析 | 第53页 |
| 3.4.2 ROH基本统计及基因组近交系数 | 第53-55页 |
| 3.4.3 高频ROH区域与候选基因 | 第55-57页 |
| 3.4.4 不同密度芯片结果比较 | 第57-58页 |
| 第四章 全文结论 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-67页 |
| 致谢 | 第67-69页 |
| 作者简历 | 第69页 |
