| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第1章 腺苷酸激酶催化循环过程研究 | 第11-55页 |
| 1.1 绪论 | 第11-21页 |
| 1.1.1 腺苷酸激酶简介 | 第11-15页 |
| 1.1.2 分子动力学模拟 | 第15-20页 |
| 1.1.3 本课题研究内容及意义 | 第20-21页 |
| 1.2 材料与方法 | 第21-25页 |
| 1.2.1 模拟体系选择 | 第21-22页 |
| 1.2.2 体系初始结构的建立 | 第22-23页 |
| 1.2.3 传统分子动力学模拟 | 第23页 |
| 1.2.4 ACM增强采样模拟 | 第23-24页 |
| 1.2.5 PaCS-MD | 第24-25页 |
| 1.2.6 模拟轨迹分析 | 第25页 |
| 1.3 结果与讨论 | 第25-52页 |
| 1.3.1 不结合底物的AKeco优势构象 | 第25-30页 |
| 1.3.2 AMP与ATP·Mg进入结合位点的先后顺序 | 第30-34页 |
| 1.3.3 ADP与ADP·Mg离开结合位点的先后顺序 | 第34-38页 |
| 1.3.4 底物进入和释放先后顺序的机制 | 第38-47页 |
| 1.3.5 MD模拟结果的重复性 | 第47页 |
| 1.3.6 PaCS-MD结果分析 | 第47-50页 |
| 1.3.7 AdK催化循环路径 | 第50-52页 |
| 1.4 本章小结与展望 | 第52-55页 |
| 第2章 PLA_1脂肪酶C末端对其酶学性质和底物选择性研究 | 第55-97页 |
| 2.1 绪论 | 第55-69页 |
| 2.1.1 脂肪酶简介 | 第55-58页 |
| 2.1.2 PLA_1脂肪酶简介 | 第58-60页 |
| 2.1.3 分子对接简介 | 第60-64页 |
| 2.1.4 ~(19)F NMR方法介绍 | 第64-69页 |
| 2.1.5 本课题研究内容与意义 | 第69页 |
| 2.2 材料与方法 | 第69-77页 |
| 2.2.1 PIA_1脂肪酶与TLL结合PC磷脂底物 | 第69-70页 |
| 2.2.2 PLA_1脂肪酶与TLL结合TAG、DAG | 第70-71页 |
| 2.2.3 PLA_1脂肪酶结合不同底物分子动力学模拟 | 第71页 |
| 2.2.4 PLA_1脂肪酶结合PC磷脂的分子动力学模拟 | 第71页 |
| 2.2.5 PLA_1突变体构建 | 第71-73页 |
| 2.2.6 PLA_1突变体表达和纯化 | 第73-75页 |
| 2.2.7 酶活检测 | 第75页 |
| 2.2.8 PLA_1突变体~(19)F标记 | 第75-76页 |
| 2.2.9 ~(19)F NMR光谱采集 | 第76-77页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第77-96页 |
| 2.3.1 PLA_1脂肪酶与TLL结合磷脂底物的分子对接分析 | 第77-79页 |
| 2.3.2 PLA_1脂肪酶的脂肪酶活性分析 | 第79-83页 |
| 2.3.3 PLA_1脂肪酶C末端对底物选择性的影响 | 第83-86页 |
| 2.3.4 PLA_1脂肪酶C末端在与磷脂结合过程中构象变化 | 第86-89页 |
| 2.3.5 ~(19)F NMR实验研究PLA_1的构象变化 | 第89-96页 |
| 2.4 本章小结与展望 | 第96-97页 |
| 参考文献 | 第97-109页 |
| 附录 | 第109-119页 |
| 致谢 | 第119-121页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第121页 |
