| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 1 引言 | 第11-17页 |
| 1.1 维氏气单胞菌的研究进展 | 第11-12页 |
| 1.1.1 维氏气单胞菌的概述 | 第11页 |
| 1.1.2 维氏气单胞菌的危害 | 第11-12页 |
| 1.1.3 维氏气单胞菌的致病机理研究 | 第12页 |
| 1.2 反式翻译系统与SmpB蛋白 | 第12-13页 |
| 1.2.1 反式翻译系统的概述 | 第12-13页 |
| 1.2.2 SmpB在反式翻译系统中的重要作用 | 第13页 |
| 1.3 机器学习与卷积神经网络 | 第13-15页 |
| 1.3.1 机器学习 | 第13-14页 |
| 1.3.2 卷积神经网络 | 第14-15页 |
| 1.4 研究目的与意义 | 第15-16页 |
| 1.5 技术路线 | 第16-17页 |
| 2 材料与方法 | 第17-28页 |
| 2.1 材料 | 第17-22页 |
| 2.1.1 计算平台硬件与操作系统软件 | 第17页 |
| 2.1.2 实验设备 | 第17-18页 |
| 2.1.3 实验所用菌种与载体 | 第18-19页 |
| 2.1.4 实验所用引物 | 第19-20页 |
| 2.1.5 实验所用酶 | 第20页 |
| 2.1.6 试剂盒 | 第20页 |
| 2.1.7 实验所用药品与试剂配方 | 第20-22页 |
| 2.2 实验方法 | 第22-28页 |
| 2.2.1 卷积神经网络模型的构建及验证 | 第22页 |
| 2.2.2 菌种的活化与保藏 | 第22-23页 |
| 2.2.3 细菌基因组提取和质粒提取 | 第23页 |
| 2.2.4 PCR扩增体系及条件 | 第23页 |
| 2.2.5 DNA片段回收 | 第23页 |
| 2.2.6 限制性内切酶酶切体系及方法 | 第23-24页 |
| 2.2.7 连接反应体系及方法 | 第24页 |
| 2.2.8 大肠杆菌电转感受态细胞的制备及电转化 | 第24页 |
| 2.2.9 重组子的筛选与测序验证 | 第24页 |
| 2.2.10 细菌单杂交 | 第24-25页 |
| 2.2.11 维氏气单胞菌argR基因敲除菌株的构建 | 第25页 |
| 2.2.12 维氏气单胞菌argR回补菌株的构建 | 第25-26页 |
| 2.2.13 维氏气单胞菌生长曲线的测定 | 第26页 |
| 2.2.14 维氏气单胞菌总RNA的提取 | 第26-27页 |
| 2.2.15 实时定量PCR | 第27页 |
| 2.2.16 绿色荧光蛋白融合表达载体的构建 | 第27页 |
| 2.2.17 荧光测定 | 第27-28页 |
| 3 结果与分析 | 第28-48页 |
| 3.1 卷积神经网络用于转录因子结合启动子模型的构建及验证 | 第28-33页 |
| 3.1.1 卷积神经网络的架构 | 第28-29页 |
| 3.1.2 卷积神经网络的训练 | 第29-30页 |
| 3.1.3 卷积神经网络ROC曲线的绘制及准确率测试 | 第30-33页 |
| 3.2 转录因子与smpB启动子结合概率的预测 | 第33-34页 |
| 3.3 细菌单杂交实验证实能与smpB启动子结合的转录因子 | 第34-39页 |
| 3.3.1 细菌单杂交载体的构建 | 第34-36页 |
| 3.3.2 细菌单杂交梯度稀释点板实验 | 第36-39页 |
| 3.4 维氏气单胞菌中argR基因的敲除及回补 | 第39-40页 |
| 3.4.1 维氏气单胞菌中argR基因的敲除 | 第39-40页 |
| 3.4.2 维氏气单胞菌中argR基因的回补 | 第40页 |
| 3.5 维氏气单胞菌生长曲线测定 | 第40-41页 |
| 3.6 维氏气单胞菌野生型与argR敲除型中smpB表达量检测 | 第41-43页 |
| 3.6.1 对数期维氏气单胞菌中smpB表达量检测 | 第42-43页 |
| 3.6.2 稳定期维氏气单胞菌中smpB表达量检测 | 第43页 |
| 3.7 维氏气单胞茵smpB启动子与eGFP融合表达荧光载体的构建 | 第43-46页 |
| 3.7.1 pUC19-PsmpB-eGFP融合表达荧光载体的构建 | 第43-46页 |
| 3.7.2 pACYCDuet-1-PsmpB-eGFP融合表达荧光载体的构建 | 第46页 |
| 3.8 融合表达荧光载体的荧光测定 | 第46-48页 |
| 3.8.1 ArgR截短体调控smpB启动子的荧光测定 | 第46-47页 |
| 3.8.2 ArgR突变体调控smpB启动子的荧光测定 | 第47-48页 |
| 4 讨论 | 第48-52页 |
| 4.1 卷积神经网络在基于序列上的预测 | 第48-49页 |
| 4.2 转录因子ArgR与smpB启动子结合的功能验证 | 第49-50页 |
| 4.3 转录因子ArgR对smpB启动子的调控方式 | 第50-52页 |
| 5 结论 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-59页 |
| 基金项目资助 | 第59-60页 |
| 攻读硕士期间发表的文章 | 第60-61页 |
| 致谢 | 第61-62页 |
