基于高通量测序的黄芩转录组分析
| 摘要 | 第6-7页 |
| 1. 文献综述 | 第7-19页 |
| 1.1 黄芩研究概况 | 第7-10页 |
| 1.1.1 黄芩简介 | 第7页 |
| 1.1.2 黄芩形态特征及生长环境 | 第7-8页 |
| 1.1.3 黄酮类化合物研究概况 | 第8-10页 |
| 1.2 转录组与RNA-seq | 第10-12页 |
| 1.3 测序技术进展 | 第12-18页 |
| 1.3.1 传统测序技术 | 第13页 |
| 1.3.2 第二代测序技术 | 第13-16页 |
| 1.3.3 高通量测序技术的应用 | 第16-18页 |
| 1.4 本实验的研究意义 | 第18页 |
| 1.5 总体设计与技术路线 | 第18-19页 |
| 2. 试验材料和方法 | 第19-24页 |
| 2.1 试验材料 | 第19页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第19页 |
| 2.1.2 试验仪器与试剂 | 第19页 |
| 2.2 试验方法 | 第19-20页 |
| 2.2.1 黄芩RNA提取方法 | 第19页 |
| 2.2.2 总RNA检测 | 第19页 |
| 2.2.3 cDNA文库的制备 | 第19-20页 |
| 2.3 转录组数据的组装 | 第20-24页 |
| 2.3.1 原始数据过滤 | 第20页 |
| 2.3.2 数据组装 | 第20页 |
| 2.3.3 基因功能注释 | 第20-22页 |
| 2.3.4 基因结构分析 | 第22页 |
| 2.3.5 基因表达量分析 | 第22-24页 |
| 3. 结果与分析 | 第24-46页 |
| 3.1 RNA提取质量检测 | 第24页 |
| 3.2 测序数据及其质量控制 | 第24-27页 |
| 3.2.1 测序碱基质量值分布检查 | 第24-25页 |
| 3.2.2 碱基分布检查 | 第25-26页 |
| 3.2.3 测序质量分布检查 | 第26-27页 |
| 3.3 数据组装 | 第27-43页 |
| 3.3.1 数据组装结果 | 第27-29页 |
| 3.3.2 Unigene的功能注释及COG分类 | 第29-32页 |
| 3.3.3 Unigene的GO分类 | 第32-35页 |
| 3.3.4 Unigene代谢通路分析 | 第35-40页 |
| 3.3.5 编码蛋白框(CDS)预测 | 第40-42页 |
| 3.3.6 SSR分析 | 第42-43页 |
| 3.4 基因表达量分析 | 第43-46页 |
| 3.4.1 基因表达丰度 | 第43-45页 |
| 3.4.2 基因表达量分析 | 第45-46页 |
| 4. 讨论与结论 | 第46-49页 |
| 4.1 讨论 | 第46-48页 |
| 4.2 结论 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-54页 |
| Abstract | 第54页 |
| 附录A 主要实验仪器 | 第56-57页 |
| 附录B 缩略词表 | 第57-58页 |
| 附录C 软件列表 | 第58页 |
| 附录D 数据库列表 | 第58-60页 |
| 致谢 | 第60页 |
