| 摘要 | 第6-10页 |
| Abstract | 第10-14页 |
| 缩略词 | 第20-21页 |
| 第一章 绪论 | 第21-44页 |
| 1.1 癌症现状 | 第21-23页 |
| 1.2 癌症与癌症诊疗 | 第23-28页 |
| 1.2.1 肿瘤微环境 | 第23-25页 |
| 1.2.2 肿瘤异质性 | 第25-28页 |
| 1.3 生物信息学的发展及其在癌症研究中的应用 | 第28-30页 |
| 1.3.1 生物信息学简史 | 第28页 |
| 1.3.2 生物信息学在癌症研究中的应用 | 第28-30页 |
| 1.4 突变p53 | 第30-34页 |
| 1.4.1 突变p53的功能获得机制 | 第30-31页 |
| 1.4.2 突变p53与基因组不稳定性 | 第31-32页 |
| 1.4.3 突变p53的稳定机制 | 第32-33页 |
| 1.4.4 突变p53的靶向治疗策略 | 第33-34页 |
| 1.5 抑癌因子ARF | 第34-36页 |
| 1.5.1 INK4A/ARF基因座 | 第34-35页 |
| 1.5.2 ARF抑制MDM2增强野生型p53稳定性 | 第35页 |
| 1.5.3 ARF的其他功能 | 第35-36页 |
| 1.6 PI3K通路的调控 | 第36-39页 |
| 1.6.1 PI3K通路概述 | 第36页 |
| 1.6.2 AKT是PI3K通路的核心枢纽 | 第36-39页 |
| 1.7 p53~(N236S)(人类中为p53~(N239S))是一种重要的突变p53 | 第39-40页 |
| 1.8 本研究的主要内容及意义 | 第40-44页 |
| 1.8.1 本研究的主要内容 | 第40-43页 |
| 1.8.2 本研究的意义 | 第43-44页 |
| 第二章 深度解析p53S转录与表达调控谱 | 第44-71页 |
| 2.1 实验仪器 | 第44-45页 |
| 2.2 材料与方法 | 第45-54页 |
| 2.2.1 小鼠胚胎成纤维细胞(MEFs)制备与培养 | 第45-46页 |
| 2.2.2 MEFs的冻存、复苏与传代 | 第46-47页 |
| 2.2.3 阿霉素（Doxorubicin）处理细胞 | 第47页 |
| 2.2.4 PCR 鉴定 MEFs 基因型 | 第47-48页 |
| 2.2.5 细胞样本的检测前处理 | 第48-49页 |
| 2.2.6 染色质免疫共沉淀芯片（Ch IP-chip）杂交及原始数据处理 | 第49-50页 |
| 2.2.7 使用 PANTHER 系统分析 Ch IP-chip 数据 | 第50页 |
| 2.2.8 使用 Circos 绘制转录图谱 | 第50-51页 |
| 2.2.9 使用 Clue GO 软件分析 Ch IP-chip 数据 | 第51页 |
| 2.2.10 使用单样本基因集富集分析方法分析 p53S/SMEF 细胞转录数据 | 第51-52页 |
| 2.2.11 组织或细胞的RNA提取 | 第52页 |
| 2.2.12 表达谱芯片(Expressionprofilemicroarray)杂交与扫描 | 第52-53页 |
| 2.2.13 表达谱数据可视化与分析 | 第53-54页 |
| 2.2.14 转录谱与表达谱数据的中心化与标准化 | 第54页 |
| 2.3 结果与分析 | 第54-68页 |
| 2.3.1 p53SMEF细胞转录谱初步解析 | 第54-61页 |
| 2.3.2 ssGSEA解析p53S转录调控 | 第61-64页 |
| 2.3.3 深入解析细胞非应激状态下p53S表达调控谱 | 第64-65页 |
| 2.3.4 深入解析p53S对DNA损伤信号应答的基因调控谱 | 第65-68页 |
| 2.4 讨论 | 第68-71页 |
| 第三章 p53S调控p19ARF增强自身稳定性 | 第71-95页 |
| 3.1 实验仪器 | 第71-72页 |
| 3.2 材料与方法 | 第72-82页 |
| 3.2.1 肿瘤细胞原代培养 | 第72页 |
| 3.2.2 核型分析 | 第72-73页 |
| 3.2.3 RNA干扰(shRNA)真核表达载体的构建 | 第73-76页 |
| 3.2.4 shRNA载体转染 | 第76页 |
| 3.2.5 小鼠组织蛋白提取 | 第76-77页 |
| 3.2.6 MEFs蛋白提取 | 第77页 |
| 3.2.7 蛋白定量 | 第77-78页 |
| 3.2.8 免疫印迹(WesternBlot,WB) | 第78-80页 |
| 3.2.8.1 SDS-PAGE凝胶配制 | 第78-79页 |
| 3.2.8.2 跑胶及转膜 | 第79页 |
| 3.2.8.3 抗体杂交与显影 | 第79-80页 |
| 3.2.9 siRNA片段转染 | 第80页 |
| 3.2.10 免疫组化(Immunohistochemistry,IHC) | 第80-82页 |
| 3.2.10.1 组织样本固定 | 第80页 |
| 3.2.10.2 组织样本石蜡包埋 | 第80-81页 |
| 3.2.10.3 组织样本切片 | 第81-82页 |
| 3.2.11 TCGA数据提取与分析 | 第82页 |
| 3.3 结果与分析 | 第82-94页 |
| 3.3.1 p53S是DNA损伤信号 | 第82-87页 |
| 3.3.2 p19ARF维持p53S蛋白在小鼠肿瘤细胞内的积累 | 第87-94页 |
| 3.4 讨论 | 第94-95页 |
| 第四章 p53S调控PI3K通路促进肿瘤形成机制的探究 | 第95-110页 |
| 4.1 实验仪器 | 第95-96页 |
| 4.2 材料与方法 | 第96-99页 |
| 4.2.1 裸鼠移植瘤模型的建立 | 第96-98页 |
| 4.2.2 细胞成克隆实验 | 第98-99页 |
| 4.3 结果与分析 | 第99-108页 |
| 4.3.1 小鼠肿瘤组织中p53S与p-AKT共表达 | 第99-103页 |
| 4.3.2 在小鼠细胞中p53S与p-AKT和mTOR“共表达” | 第103-106页 |
| 4.3.3 p53S调控AKT磷酸化上调促进肿瘤形成 | 第106-108页 |
| 4.4 讨论 | 第108-110页 |
| 第五章 总结与展望 | 第110-112页 |
| 致谢 | 第112-113页 |
| 参考文献 | 第113-126页 |
| 附录A | 第126-127页 |
| 附录B | 第127-131页 |
