基于MPI的并行DNA序列比对系统的设计与实现
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-15页 |
| 1.1 课题背景 | 第8-9页 |
| 1.2 研究的目的和意义 | 第9-11页 |
| 1.3 国内外研究现状 | 第11-14页 |
| 1.4 本文主要研究内容 | 第14-15页 |
| 第2章 相关技术和方法 | 第15-23页 |
| 2.1 测序技术及测序数据 | 第15-18页 |
| 2.2 DNA序列数据的主流比对方法 | 第18-20页 |
| 2.2.1 基于哈希索引的比对方法 | 第18-19页 |
| 2.2.2 基于BWT索引的比对方法 | 第19-20页 |
| 2.3 MPI并行编程技术 | 第20-22页 |
| 2.4 本章小结 | 第22-23页 |
| 第3章 基于MPI的并行比对方法 | 第23-41页 |
| 3.1 MPI并行整体设计 | 第23-24页 |
| 3.2 参考基因数据预处理 | 第24-28页 |
| 3.3 测序数据预处理 | 第28-30页 |
| 3.4 多层过滤比对 | 第30-34页 |
| 3.5 比对结果统计 | 第34-38页 |
| 3.6 每节点多线程 | 第38-40页 |
| 3.7 本章小结 | 第40-41页 |
| 第4章 基于排序的DNA序列比对算法 | 第41-52页 |
| 4.1 比对算法整体设计 | 第41-42页 |
| 4.2 分段排序算法 | 第42-44页 |
| 4.3 精确比对算法 | 第44-45页 |
| 4.4 模糊比对算法 | 第45-50页 |
| 4.4.1 碱基替换比对算法 | 第45-47页 |
| 4.4.2 邻位插入删除比对算法 | 第47-50页 |
| 4.5 时空复杂度分析 | 第50-51页 |
| 4.6 本章小结 | 第51-52页 |
| 第5章 系统的实现与评测 | 第52-71页 |
| 5.1 系统实现 | 第52-58页 |
| 5.2 系统部署 | 第58-60页 |
| 5.3 测试实验 | 第60-70页 |
| 5.3.1 比对算法测试 | 第60-65页 |
| 5.3.2 并行方法测试 | 第65-70页 |
| 5.4 本章小结 | 第70-71页 |
| 结论 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-78页 |
| 致谢 | 第78页 |
