| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 第1章 绪论 | 第10-18页 |
| 1.1 研究背景 | 第10-11页 |
| 1.2 国内外的研究进展 | 第11-13页 |
| 1.2.1 前列腺癌的研究进展 | 第11-13页 |
| 1.2.1.1 前列腺癌的致病原因 | 第11-12页 |
| 1.2.1.2 前列腺癌症的致病原理 | 第12-13页 |
| 1.3 基因芯片 | 第13-15页 |
| 1.3.1 基因芯片的数据分析 | 第13-14页 |
| 1.3.2 基因芯片在前列腺癌中的应用 | 第14-15页 |
| 1.4 RNA-SEQ | 第15-16页 |
| 1.4.1 RNA-SEQ 的数据分析 | 第15-16页 |
| 1.4.2 RNA-SEQ 在前列腺癌中的作用 | 第16页 |
| 1.5 TCGA 数据库研究背景 | 第16-17页 |
| 1.6 研究的目的与意义 | 第17-18页 |
| 第2章 前列腺癌分析数据基础 | 第18-23页 |
| 2.1 基因芯片数据 | 第18-19页 |
| 2.2 来源于公共数据库的 RNA-SEQ 数据 | 第19-20页 |
| 2.3 TCGA 数据 | 第20-21页 |
| 2.4 KEGG 生物通路数据 | 第21页 |
| 2.5 GO（Gene Ontology）数据 | 第21-22页 |
| 2.6 Reactome | 第22页 |
| 2.7 本章小结 | 第22-23页 |
| 第3章 数据分析流程 | 第23-38页 |
| 3.1 芯片数据预处理流程 | 第23-27页 |
| 3.2 RNA-SEQ 数据预处理流程 | 第27-29页 |
| 3.3 TCGA 数据预处理流程 | 第29页 |
| 3.4 WGCNA 数据预处理流程 | 第29-35页 |
| 3.4.1 WGCNA 理论基础 | 第29-31页 |
| 3.4.2 WGCNA 算法基础 | 第31-34页 |
| 3.4.2.1 基因共表达网络 similarity 的定义 | 第31页 |
| 3.4.2.2 Adjacency 的定义 | 第31-32页 |
| 3.4.2.3 Adjacency 功能参数的定义 | 第32-33页 |
| 3.4.2.4 基因距离（dissimilarity）衡量方法的定义 | 第33-34页 |
| 3.4.3 识别基因 modules | 第34页 |
| 3.4.4 特异表达基因分析 | 第34-35页 |
| 3.5 cBioPortal for Cancer Genomics | 第35-36页 |
| 3.6 Cytoscape 与 ClueGO 的基因网络分析 | 第36-37页 |
| 3.7 本章小结 | 第37-38页 |
| 第4章 前列腺癌症特异表达基因的结果分析 | 第38-53页 |
| 4.1 前列腺癌症和前列腺癌症细胞系之间的异同 | 第38-40页 |
| 4.2 前列腺癌症和其他癌症组织之间的异同 | 第40-43页 |
| 4.3 芯片数据的验证 | 第43-46页 |
| 4.4 TCGA 数据的验证 | 第46-50页 |
| 4.5 结果分析 | 第50-53页 |
| 4.5.1 TGF-β/SMAD 途径 | 第51页 |
| 4.5.2 胞外组织构架(ECM)以及黏多糖(MPS)功能 | 第51-52页 |
| 4.5.3 WNT 途径 | 第52页 |
| 4.5.4 神经功能 | 第52页 |
| 4.5.5 NOTCH 途径 | 第52-53页 |
| 第5章 结论与展望 | 第53-55页 |
| 5.1 结论 | 第53-54页 |
| 5.2 展望 | 第54-55页 |
| 致谢 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-64页 |
