| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4页 |
| 第一章 绪论 | 第7-11页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第7-8页 |
| 1.2 聚类简介 | 第8-9页 |
| 1.3 论文的主要工作 | 第9-11页 |
| 第二章 模体发现问题 | 第11-19页 |
| 2.1 模体发现问题介绍 | 第11-14页 |
| 2.1.1 模体的表达 | 第11-13页 |
| 2.1.2 模体的评判 | 第13-14页 |
| 2.2 模体发现问题研究现状 | 第14-17页 |
| 2.2.1 基于穷举的算法 | 第15-16页 |
| 2.2.2 基于比对的算法 | 第16-17页 |
| 2.3 本章小结 | 第17-19页 |
| 第三章 马尔可夫聚类及其在模体发现上的应用 | 第19-37页 |
| 3.1 K-路径聚类与奇偶性问题 | 第19-21页 |
| 3.1.1 K-路径聚类 | 第19-20页 |
| 3.1.2 奇偶性问题 | 第20-21页 |
| 3.2 随机行走 | 第21-25页 |
| 3.2.1 扩大矩阵乘法的影响 | 第23-24页 |
| 3.2.2 迭代扩张和膨胀 | 第24-25页 |
| 3.3 MCL 算法和收敛矩阵到聚类的解释 | 第25-28页 |
| 3.3.1 MCL 算法设计 | 第25-26页 |
| 3.3.2 MCL 算法结果矩阵到聚类的映射 | 第26-28页 |
| 3.4 马尔可夫聚类在模体发现中的应用 | 第28-36页 |
| 3.4.1 问题分析和转换 | 第28-30页 |
| 3.4.2 算法设计 | 第30-35页 |
| 3.4.3 性能分析 | 第35-36页 |
| 3.5 本章小结 | 第36-37页 |
| 第四章 子类中提取候选模体集 | 第37-45页 |
| 4.1 最大团 | 第37-39页 |
| 4.1.1 子类的缺陷和最大团的引入 | 第37页 |
| 4.1.2 最大团概念 | 第37-38页 |
| 4.1.3 最大团求解算法 | 第38-39页 |
| 4.2 基于启发式遗传算法求解团问题 | 第39-42页 |
| 4.2.1 求解最大团启发式策略 | 第40-41页 |
| 4.2.2 算法设计 | 第41-42页 |
| 4.3 由 MCL 聚类结果发现模体实例 | 第42-44页 |
| 4.3.1 算法设计 | 第42-43页 |
| 4.3.2 性能分析 | 第43-44页 |
| 4.4 本章小结 | 第44-45页 |
| 第五章 实验结果分析 | 第45-55页 |
| 5.1 测试数据 | 第45页 |
| 5.2 实验分析 | 第45-53页 |
| 5.2.1 聚类结果和相对熵分析 | 第45-50页 |
| 5.2.2 算法效果分析及与 MEME 算法的比较 | 第50-53页 |
| 5.3 本章小结 | 第53-55页 |
| 第六章 总结与展望 | 第55-57页 |
| 致谢 | 第57-59页 |
| 参考文献 | 第59-62页 |