| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 缩略词表 | 第15-16页 |
| 第一章 前言 | 第16-26页 |
| 1.1 三七概况 | 第16页 |
| 1.2 药用植物转录组学的研究进展 | 第16-21页 |
| 1.2.1 转录组学的概念 | 第17页 |
| 1.2.2 药用植物转录组学的研究意义 | 第17-18页 |
| 1.2.3 转录组学的研究方法 | 第18-19页 |
| 1.2.4 高通量测序技术在药用植物转录组学研究中的应用 | 第19-21页 |
| 1.3 三七主要病害的研究进展 | 第21-23页 |
| 1.3.1 三七根腐病 | 第21-22页 |
| 1.3.2 三七圆斑病 | 第22-23页 |
| 1.3.3 三七黑斑病 | 第23页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第23-26页 |
| 第二章 黑斑菌侵染三七叶片及RNA提取方法的研究 | 第26-38页 |
| 2.1 前言 | 第26页 |
| 2.2 实验材料 | 第26-27页 |
| 2.3 实验方法 | 第27-32页 |
| 2.3.1 实验主要试剂配制 | 第27-28页 |
| 2.3.2 人参链格孢的培养及显微观察 | 第28页 |
| 2.3.3 三七黑斑病人工接种方法的研究 | 第28页 |
| 2.3.4 异硫氰酸胍一步法提取三七根叶总RNA | 第28-29页 |
| 2.3.5 GenStar TRIGene试剂盒提取三七根、叶总RNA | 第29-30页 |
| 2.3.6 CTAB法提取三七总RNA | 第30-31页 |
| 2.3.7 RNA样品检测 | 第31-32页 |
| 2.4 结果与分析 | 第32-37页 |
| 2.4.1 人参链格孢的培养及显微观察 | 第32-33页 |
| 2.4.2 三七黑斑病人工接种方法的研究 | 第33-34页 |
| 2.4.3 异硫氰酸胍一步法提取三七总RNA质量检测 | 第34-35页 |
| 2.4.4 GenStar TRIGene试剂提取三七根、叶总RNA质量检测 | 第35-36页 |
| 2.4.5 CTAB法提取三七根、叶总RNA质量检测结果 | 第36-37页 |
| 2.5 讨论 | 第37-38页 |
| 第三章 三七响应人参链格孢侵染的转录组分析 | 第38-68页 |
| 3.1 前言 | 第38页 |
| 3.2 实验材料 | 第38页 |
| 3.3 实验方法 | 第38-41页 |
| 3.3.1 人参链格孢侵染三七叶片 | 第38-39页 |
| 3.3.2 RNA的提取及检测 | 第39页 |
| 3.3.3 测序文库的构建 | 第39页 |
| 3.3.4 测序数据过滤 | 第39页 |
| 3.3.5 De novo组装 | 第39-40页 |
| 3.3.6 Unigene功能注释 | 第40-41页 |
| 3.3.7 表达量注释分析 | 第41页 |
| 3.4 结果与分析 | 第41-65页 |
| 3.4.1 RNA提取及质量分析 | 第41-44页 |
| 3.4.2 测序和从头组装 | 第44-47页 |
| 3.4.3 Unigene功能注释 | 第47-52页 |
| 3.4.4 Unigene的CDS预测 | 第52页 |
| 3.4.5 Unigene的SSR检测 | 第52-54页 |
| 3.4.6 SNP检测 | 第54-55页 |
| 3.4.7 差异表达基因检测 | 第55-56页 |
| 3.4.8 差异表达基因聚类分析 | 第56-57页 |
| 3.4.9 差异表达基因Pathway功能分析 | 第57-61页 |
| 3.4.10 抗病差异基因的筛选 | 第61-63页 |
| 3.4.11 抗病相关差异基因表达量的分析 | 第63-65页 |
| 3.5 讨论 | 第65-68页 |
| 第四章 三七几丁质酶基因PNCHI1的克隆及表达特性分析 | 第68-84页 |
| 4.1 前言 | 第68-69页 |
| 4.2 实验材料 | 第69页 |
| 4.3 实验方法 | 第69-77页 |
| 4.3.1 实验主要试剂的配制 | 第69页 |
| 4.3.2 样品处理 | 第69-70页 |
| 4.3.3 RNA提取及mRNA分离 | 第70-71页 |
| 4.3.4 5'-RACE和3'-RACE | 第71-73页 |
| 4.3.5 检测RACE-PCR产物 | 第73页 |
| 4.3.6 RACE产物经TA克隆连接到pGEM(?)-T Vector载体上 | 第73-74页 |
| 4.3.7 转化 | 第74页 |
| 4.3.8 挑取单克隆及菌落PCR验证 | 第74-75页 |
| 4.3.9 全长ORF的克隆以及生物信息学分析 | 第75页 |
| 4.3.10 Quantitative reverse transcription-PCR (qRT-PCR) | 第75-77页 |
| 4.4 结果与分析 | 第77-82页 |
| 4.4.1 三七PnCHI1全长cDNA的克隆 | 第77-78页 |
| 4.4.2 序列同源性分析、多重序列比对以及进化树构建 | 第78-80页 |
| 4.4.3 PnCHI1编码蛋白质的理化性质及信号肽预测 | 第80页 |
| 4.4.4 PnCHI1编码蛋白质的二级结构及三维结构预测 | 第80-81页 |
| 4.4.5 PnCHI1的表达特性分析 | 第81-82页 |
| 4.5 讨论 | 第82-84页 |
| 第五章 结论与展望 | 第84-86页 |
| 致谢 | 第86-88页 |
| 参考文献 | 第88-96页 |
| 附录A 硕士期间发表论文目录 | 第96-98页 |
| 附录B 实验试剂与仪器 | 第98-100页 |
| 附录B.1 实验主要仪器 | 第98-99页 |
| 附录B.2 实验试剂 | 第99-100页 |
| 附录C 三七几丁质酶基因序列 | 第100-102页 |
| 附录D ALL-UNIGENES KEGG注释通路及对应通路的基因数 | 第102-105页 |
