| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略语表 | 第9-10页 |
| 1. 前言 | 第10-22页 |
| 1.1 研究问题由来 | 第10-11页 |
| 1.2 葡萄科属系统发育研究进展 | 第11-17页 |
| 1.2.1 形态学分类法 | 第12页 |
| 1.2.2 解剖学分类法 | 第12-13页 |
| 1.2.3 孢粉学分类法 | 第13页 |
| 1.2.4 同工酶分类法 | 第13页 |
| 1.2.5 细胞学分类法 | 第13-14页 |
| 1.2.6 DNA分子标记 | 第14-16页 |
| 1.2.7 DNA序列分析 | 第16-17页 |
| 1.3 研究方法选择 | 第17-19页 |
| 1.3.1 SNP标记 | 第17-18页 |
| 1.3.2 RAD测序技术 | 第18-19页 |
| 1.4 研究的目的及意义 | 第19-21页 |
| 1.5 技术路线 | 第21-22页 |
| 2. 材料与方法 | 第22-39页 |
| 2.1 试验材料 | 第22-30页 |
| 2.1.1 材料调查与采集方法 | 第22页 |
| 2.1.2 野外调查与采集结果 | 第22-30页 |
| 2.2 试验试剂和仪器 | 第30-32页 |
| 2.2.1 试剂药品 | 第30页 |
| 2.2.2 试剂配制 | 第30-31页 |
| 2.2.3 仪器设备 | 第31-32页 |
| 2.3 试验方法 | 第32-34页 |
| 2.3.1 葡萄基因组DNA提取 | 第32页 |
| 2.3.2 DNA浓度和纯度的测定 | 第32-33页 |
| 2.3.3 RAD文库的制备和构建 | 第33-34页 |
| 2.4 数据统计与分析 | 第34-39页 |
| 2.4.1 测序数据统计 | 第34页 |
| 2.4.2 比对参考基因组 | 第34-35页 |
| 2.4.3 SNP检测和注释 | 第35页 |
| 2.4.4 群体遗传多样性和遗传分化分析 | 第35-36页 |
| 2.4.5 群体系统发育分析 | 第36-37页 |
| 2.4.6 群体基因交流分析 | 第37-39页 |
| 3. 结果与分析 | 第39-53页 |
| 3.1 基因组DNA提取质量检测 | 第39页 |
| 3.2 RAD测序结果 | 第39-41页 |
| 3.2.1 测序数据统计 | 第39页 |
| 3.2.2 测序数据质量评估 | 第39-41页 |
| 3.2.3 RAD tag产出数据统计 | 第41页 |
| 3.2.4 SNP标记的检测 | 第41页 |
| 3.3 群体遗传多样性和遗传分化分析 | 第41-44页 |
| 3.3.1 θw和θπ分析 | 第41页 |
| 3.3.2 Fst分析 | 第41-44页 |
| 3.4 群体系统发育分析 | 第44-50页 |
| 3.4.1 群体主成分分析 | 第44-45页 |
| 3.4.2 群体进化树分析 | 第45-49页 |
| 3.4.3 群体遗传结构分析 | 第49-50页 |
| 3.5 群体基因交流分析 | 第50-53页 |
| 3.5.1 IS分析 | 第50-52页 |
| 3.5.2 Treemix分析 | 第52-53页 |
| 4. 讨论 | 第53-61页 |
| 4.1 中国葡萄属葛藟葡萄支系叶片形态变异 | 第53页 |
| 4.2 中国葡萄属葛藟葡萄支系遗传多样性和遗传分化 | 第53-54页 |
| 4.3 中国葡萄属葛藟葡萄支系系统发育分析 | 第54-55页 |
| 4.4 中国葡萄属葛藟葡萄支系基因交流分析 | 第55-56页 |
| 4.5 小叶葛藟的分类问题 | 第56-59页 |
| 4.6 疑似杂交群体的起源问题 | 第59-61页 |
| 5. 总结 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-71页 |
| 附录 1 | 第71-73页 |
| 附录 2 | 第73-75页 |
| 附录 3 | 第75-76页 |
| 致谢 | 第76页 |