| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 引言 | 第15-28页 |
| 1. 疱疹病毒研究进展 | 第15-17页 |
| 1.1 疱疹病毒结构 | 第16页 |
| 1.2 疱疹病毒分类 | 第16页 |
| 1.3 贝类疱疹病毒感染的宿主 | 第16-17页 |
| 2. 牡蛎疱疹病毒（OsHV-1） | 第17-21页 |
| 2.1 OsHV-1 的发现 | 第17页 |
| 2.2 OsHV-1 的鉴定 | 第17-19页 |
| 2.2.1 形态学特征 | 第18页 |
| 2.2.2 分子检测方法 | 第18-19页 |
| 2.3 OsHV-1 变异株的出现 | 第19-20页 |
| 2.3.1 AVNV | 第19页 |
| 2.3.2 OsHV-1Var | 第19-20页 |
| 2.3.3 OsHV-1μVar | 第20页 |
| 2.3.4 OsHV1SB | 第20页 |
| 2.4 环境因素对于病毒感染的影响 | 第20-21页 |
| 3. 鲍疱疹病毒（HaHV-1） | 第21-22页 |
| 3.1 HaHV-1 的发现 | 第21页 |
| 3.2 HaHV-1 的鉴定 | 第21-22页 |
| 3.2.1 形态学特征 | 第21-22页 |
| 3.2.2 分子检测方法 | 第22页 |
| 4. PCR及测序技术的发展 | 第22-25页 |
| 4.1 长片段PCR技术 | 第22页 |
| 4.2 一代测序 | 第22-23页 |
| 4.3 二代测序 | 第23-25页 |
| 4.3.1 罗氏454测序技术 | 第23-24页 |
| 4.3.2 Illumina Solexa及Hiseq测序技术 | 第24页 |
| 4.3.3 ABI Solid测序技术 | 第24-25页 |
| 4.4 三代测序 | 第25页 |
| 5. 贝类疱疹病毒测序现状 | 第25-27页 |
| 5.1 牡蛎疱疹病毒参考株（OsHV-1） | 第25-26页 |
| 5.2 牡蛎疱疹病毒扇贝株（AVNV） | 第26页 |
| 5.3 牡蛎疱疹病毒魁蚶株（OsHV1SB） | 第26页 |
| 5.4 鲍疱疹病毒（HaHV-1） | 第26页 |
| 5.5 贝类疱疹病毒测序局限 | 第26-27页 |
| 6. 研究意义 | 第27-28页 |
| 第一章：牡蛎疱疹病毒全基因组扩增方法的建立及高通量测序 | 第28-55页 |
| 1. 实验材料 | 第28-29页 |
| 1.1 材料与试剂 | 第28页 |
| 1.2 主要仪器 | 第28-29页 |
| 2. 实验方法 | 第29-42页 |
| 2.1 引物设计 | 第29-31页 |
| 2.2 材料预处理方法的建立 | 第31-33页 |
| 2.2.1 病毒悬液法 | 第31-32页 |
| 2.2.2 蔗糖垫密度梯度离心法 | 第32页 |
| 2.2.3 液氮研磨后提取 | 第32-33页 |
| 2.2.4 直接剪取组织提取 | 第33页 |
| 2.3 DNA提取方法的建立 | 第33-34页 |
| 2.3.1 DNA提取方法 | 第33页 |
| 2.3.2 DNA提取方法的优化实验 | 第33-34页 |
| 2.4 实时定量PCR | 第34页 |
| 2.5 长片段PCR方法的构建 | 第34-36页 |
| 2.5.1 适用于长片段PCR的不同酶对比 | 第34-35页 |
| 2.5.2 长片段PCR反应条件的优化 | 第35页 |
| 2.5.3 长片段PCR扩增 | 第35-36页 |
| 2.6 PCR产物检测、纯化与定量混合 | 第36-38页 |
| 2.6.1 PCR产物检测 | 第36页 |
| 2.6.2 PCR产物纯化 | 第36-37页 |
| 2.6.3 PCR产物胶回收 | 第37页 |
| 2.6.4 长片段PCR产物纯化和定量混合 | 第37-38页 |
| 2.7 基因组末端序列的获取 | 第38-40页 |
| 2.7.1 末端序列的扩增和纯化 | 第38-39页 |
| 2.7.2 末端序列连接转化 | 第39页 |
| 2.7.3 阳性克隆检测 | 第39-40页 |
| 2.8 全基因组组装和分析 | 第40-42页 |
| 2.8.1 基因组序列变异分析 | 第40页 |
| 2.8.2 系统发育关系分析 | 第40-42页 |
| 3. 结果 | 第42-52页 |
| 3.1 蔗糖垫密度梯度离心及透射电镜结果 | 第42-43页 |
| 3.2 不同处理方法提取DNA的比较 | 第43-44页 |
| 3.3 PCR扩增结果 | 第44-47页 |
| 3.3.1 长片段PCR DNA酶对比试验结果 | 第44-45页 |
| 3.3.2 长片段PCR程序优化试验结果 | 第45-46页 |
| 3.3.3 长片段PCR扩增结果 | 第46页 |
| 3.3.4 末端序列的PCR扩增结果 | 第46-47页 |
| 3.4 高通量测序结果 | 第47-50页 |
| 3.4.1 第二代高通量测序结果 | 第47-48页 |
| 3.4.2 第三代高通量测序结果 | 第48-50页 |
| 3.5 基因组序列变异分析 | 第50-52页 |
| 3.6 系统发育关系分析 | 第52页 |
| 4. 讨论 | 第52-55页 |
| 第二章 ：基于长片段PCR的多年份牡蛎疱疹病毒基因组扩增及高通量测序 | 第55-67页 |
| 1. 实验材料 | 第55页 |
| 2. 实验方法 | 第55-59页 |
| 2.1 引物设计 | 第55-56页 |
| 2.2 材料预处理与DNA提取 | 第56页 |
| 2.3 PCR反应 | 第56-57页 |
| 2.3.1 实时定量PCR | 第56页 |
| 2.3.2 长片段PCR | 第56-57页 |
| 2.4 PCR产物检测、纯化与定量混合 | 第57页 |
| 2.5 全基因组组装和分析 | 第57-59页 |
| 2.5.1 基因组序列变异分析 | 第58页 |
| 2.5.2 系统发育关系分析 | 第58-59页 |
| 3. 结果 | 第59-65页 |
| 3.1 荧光定量结果 | 第59页 |
| 3.2 长片段PCR扩增结果 | 第59-61页 |
| 3.3 高通量测序结果 | 第61-62页 |
| 3.4 多年份OsHV-1 基因组序列变异分析 | 第62-64页 |
| 3.5 基因组相似性分析 | 第64页 |
| 3.6 系统发育关系分析 | 第64-65页 |
| 4. 讨论 | 第65-67页 |
| 第三章：基于长片段PCR的鲍疱疹病毒基因组扩增 | 第67-73页 |
| 1. 实验材料 | 第67页 |
| 2. 实验方法 | 第67-70页 |
| 2.1 引物设计 | 第67-69页 |
| 2.2 材料预处理 | 第69页 |
| 2.3 DNA提取 | 第69页 |
| 2.4 长片段PCR反应 | 第69-70页 |
| 2.5 PCR产物检测、纯化与定量混合 | 第70页 |
| 3. 结果 | 第70-72页 |
| 3.1 温度梯度结果 | 第70-71页 |
| 3.2 长片段PCR结果 | 第71-72页 |
| 4. 讨论 | 第72-73页 |
| 全文小结 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-80页 |
| 致谢 | 第80页 |
