基于并行计算的基因序列快速比对方法研究
| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 1. 绪论 | 第8-12页 |
| 1.1 研究背景和意义 | 第8-9页 |
| 1.2 研究现状 | 第9-11页 |
| 1.3 研究目标和内容 | 第11-12页 |
| 2. 面向并行化的基因序列比对算法剖析和完善 | 第12-20页 |
| 2.1 BLAST算法 | 第12-13页 |
| 2.2 全基因组序列比对过程 | 第13-17页 |
| 2.3 核心算法的选择和完善 | 第17-20页 |
| 2.3.1 选择FANSe算法的原因 | 第17页 |
| 2.3.2 算法的并行化改进 | 第17-20页 |
| 3 并行化基因序列比对方法的设计 | 第20-28页 |
| 3.1 NCBI BLAST局限性分析 | 第20页 |
| 3.2 mpiBLAST | 第20-22页 |
| 3.3 面向被测基因的并行化序列比对方法 | 第22-24页 |
| 3.3.1 面对被测基因的并行化设计方案 | 第22页 |
| 3.3.2 并行任务分配的实现——静态分配算法 | 第22-23页 |
| 3.3.3 WCF数据传输的实现 | 第23-24页 |
| 3.4 并行化方案的改进和分析 | 第24-28页 |
| 3.4.1 静态分配方案的改进和分析 | 第24-26页 |
| 3.4.2 动态分配方案的提出和分析 | 第26-28页 |
| 4. 并行化基因序列比对方法的分析评估与应用实践 | 第28-40页 |
| 4.1 并行化计算效率分析 | 第28-30页 |
| 4.2 数据传输优化效果和优势 | 第30-32页 |
| 4.3 静态分配效果分析 | 第32-33页 |
| 4.4 动态分配可行性分析 | 第33-34页 |
| 4.5 选择最佳计算策略的方法 | 第34-37页 |
| 4.6 并行化序列比对在线分析工具 | 第37-40页 |
| 5. 总结与展望 | 第40-42页 |
| 5.1 总结 | 第40-41页 |
| 5.2 展望 | 第41-42页 |
| 参考文献 | 第42-46页 |
| 作者简介 | 第46-47页 |
| 附录 | 第47-48页 |
