| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 第一章 绪论 | 第18-34页 |
| 1.1 引言 | 第18-20页 |
| 1.1.1 研究背景 | 第18-19页 |
| 1.1.2 研究目的与意义 | 第19-20页 |
| 1.2 国内外研究现状及评述 | 第20-31页 |
| 1.2.1 功能基因网络概述 | 第20-21页 |
| 1.2.2 功能基因关联推断的计算方法 | 第21-24页 |
| 1.2.3 功能基因关联推断的实验方法 | 第24-26页 |
| 1.2.4 整合基因关联构建功能基因网络 | 第26页 |
| 1.2.5 功能基因网络的测试 | 第26-27页 |
| 1.2.6 功能基因网络的分析 | 第27页 |
| 1.2.7 功能基因网络的可视化 | 第27-28页 |
| 1.2.8 植物功能基因网络及数据库 | 第28-30页 |
| 1.2.9 林木功能基因网络和木材形成发育基因网络 | 第30-31页 |
| 1.3 主要研究内容与重点解决问题 | 第31-33页 |
| 1.3.1 关键科学问题和研究目标 | 第31-32页 |
| 1.3.2 主要研究内容 | 第32-33页 |
| 1.4 技术路线 | 第33-34页 |
| 第二章 杨树功能基因网络的构建 | 第34-62页 |
| 2.1 材料与方法 | 第35-43页 |
| 2.1.1 试验材料与数据 | 第35-37页 |
| 2.1.2 试验方法 | 第37-43页 |
| 2.2 结果与分析 | 第43-60页 |
| 2.2.1 功能基因关联标准集 | 第43-45页 |
| 2.2.2 杨树功能基因关联鉴定 | 第45-53页 |
| 2.2.3 不同数据集获得的功能基因关联的整合 | 第53页 |
| 2.2.4 杨树功能基因网络的质量评估 | 第53-56页 |
| 2.2.5 杨树功能基因网络的特征分析 | 第56-58页 |
| 2.2.6 杨树功能基因网络的预测能力分析 | 第58页 |
| 2.2.7 杨树功能基因网络的聚类分析 | 第58-60页 |
| 2.3 小结 | 第60-62页 |
| 第三章 Poplar Gene杨树基因功能注释平台开发 | 第62-102页 |
| 3.1 材料与方法 | 第63-69页 |
| 3.1.1 试验材料与数据 | 第63-64页 |
| 3.1.2 试验方法 | 第64-69页 |
| 3.2 结果与分析 | 第69-100页 |
| 3.2.1 Poplar Gene平台页面 | 第69-70页 |
| 3.2.2 杨树基因的深度注释 | 第70-71页 |
| 3.2.3 基于功能基因网络的分析算法 | 第71-74页 |
| 3.2.4 基因启动子顺式作用元件分析工具 | 第74-78页 |
| 3.2.5 杨树基因集合功能富集分析工具 | 第78-79页 |
| 3.2.6 杨树Texpresso文献信息挖掘系统 | 第79-80页 |
| 3.2.7 GBrowse2与JBrowse工具 | 第80-81页 |
| 3.2.8 平台的其他功能 | 第81-82页 |
| 3.2.9 PoplarGene平台应用案例 | 第82-100页 |
| 3.3 小结 | 第100-102页 |
| 第四章 基于PoplarGene平台的杨树木材形成发育基因的生物信息学系统分析 | 第102-126页 |
| 4.1 材料与方法 | 第103-104页 |
| 4.1.1 试验材料和数据 | 第103页 |
| 4.1.2 试验方法 | 第103-104页 |
| 4.2 结果与分析 | 第104-124页 |
| 4.2.1 杨树木材形成发育基因的功能基因子网络 | 第104-111页 |
| 4.2.2 杨树木材形成发育基因的适应性进化分析 | 第111-118页 |
| 4.2.3 杨树木材形成发育基因的mi RNA调控网络 | 第118-124页 |
| 4.3 小结 | 第124-126页 |
| 第五章 结论与讨论 | 第126-132页 |
| 5.1 结论 | 第126-128页 |
| 5.2 讨论 | 第128-131页 |
| 5.3 展望 | 第131-132页 |
| 参考文献 | 第132-147页 |
| 附录 | 第147-156页 |
| 不常用名词的解释 | 第156-157页 |
| 在读期间的学术研究 | 第157-158页 |
| 致谢 | 第158页 |
