| 中文摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 符号说明 | 第13-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-26页 |
| 1 单色光概述 | 第14-17页 |
| 1.1 单色光 | 第14-15页 |
| 1.2 单色光研究进展 | 第15-17页 |
| 2 生物节律概述 | 第17-19页 |
| 2.1 生物节律及其分子机制 | 第17页 |
| 2.2 光照对生物节律及其相关基因的影响 | 第17-19页 |
| 3 转录组测序技术概述 | 第19-23页 |
| 3.1 转录组及其优势 | 第19-22页 |
| 3.2 鸟类转录组研究进展 | 第22-23页 |
| 4 microRNA测序概述 | 第23-24页 |
| 4.1 microRNA的概念 | 第23页 |
| 4.2 microRNA的发现及其特征 | 第23-24页 |
| 4.3 miRNA靶位点的确定 | 第24页 |
| 5 研究的目的和意义 | 第24-26页 |
| 第二章 单色光对鸽产蛋性能和乳鸽增重及生长相关激素的影响 | 第26-33页 |
| 1 材料与方法 | 第26-27页 |
| 1.1 实验动物和光照制度 | 第26页 |
| 1.2 血液样本采集 | 第26-27页 |
| 1.3 激素测定 | 第27页 |
| 1.4 数据统计与分析 | 第27页 |
| 2 结果与分析 | 第27-31页 |
| 2.1 单色光对乳鸽体重影响 | 第27-29页 |
| 2.2 单色光对乳鸽GH、IGF-1的影响 | 第29-30页 |
| 2.3 乳鸽体重与GH、IGF-1的关联分析 | 第30-31页 |
| 2.4 单色光对亲鸽繁殖性能的影响 | 第31页 |
| 3 讨论 | 第31-33页 |
| 3.1 单色光对乳鸽体重的影响 | 第31-32页 |
| 3.2 单色光对乳鸽GH、IGF-1的影响 | 第32页 |
| 3.3 单色光对鸽产蛋性能的影响 | 第32-33页 |
| 第三章 单色光补光对鸽生产性能的影响 | 第33-40页 |
| 1 材料和方法 | 第33-34页 |
| 1.1 实验动物及光源的选择 | 第33页 |
| 1.2 饲养管理 | 第33页 |
| 1.3 生产数据 | 第33页 |
| 1.4 数据统计与分析 | 第33-34页 |
| 3 结果与分析 | 第34-37页 |
| 3.1 单色光对鸽繁殖性能的影响 | 第34-35页 |
| 3.2 不同光色对乳鸽体重的影响 | 第35-37页 |
| 3.3 单色光光照和单色光补光对鸽产蛋率的影响 | 第37页 |
| 4 讨论 | 第37-40页 |
| 4.1 单色光补光对鸽繁殖性能的影响 | 第37-38页 |
| 4.2 不同光照强度的单色光对乳鸽体重的影响 | 第38页 |
| 4.3 单色光补光和单色光光照产蛋率比较 | 第38-40页 |
| 第四章 不同单色光作用下鸽卵巢的转录组测序分析 | 第40-73页 |
| 1 材料与方法 | 第40-46页 |
| 1.1 卵巢组织采集 | 第40页 |
| 1.2 转录组主要试剂和设备 | 第40-41页 |
| 1.2.1 主要试剂 | 第40页 |
| 1.2.2 主要设备 | 第40-41页 |
| 1.3 转录组实验流程 | 第41-43页 |
| 1.3.1 总RNA提取和检测 | 第41页 |
| 1.3.2 RNA纯化 | 第41-42页 |
| 1.3.3 cDNA第一链和第二链的合成 | 第42页 |
| 1.3.4 末端修复 | 第42页 |
| 1.3.5 加A及测序接头 | 第42页 |
| 1.3.6 丰富DNA片段 | 第42页 |
| 1.3.7 文库质检及测序 | 第42-43页 |
| 1.3.8 原始数据质控 | 第43页 |
| 1.4 转录组测序数据分析 | 第43-44页 |
| 1.5 SSRs和SNPs的鉴定 | 第44-45页 |
| 1.6 转录组数据荧光定量PCR验证 | 第45-46页 |
| 1.6.1 引物设计 | 第45页 |
| 1.6.2 总RNA提取与cDNA合成 | 第45-46页 |
| 1.6.3 反转录 | 第46页 |
| 1.6.4 RT-PCR验证 | 第46页 |
| 2 结果与分析 | 第46-71页 |
| 2.1 RNA的提取和质量检测 | 第46-48页 |
| 2.2 RNA-Seq产量统计 | 第48-50页 |
| 2.3 RNA-Seq质量评估 | 第50-51页 |
| 2.4 De novo拼接 | 第51页 |
| 2.5 基因表达量 | 第51-53页 |
| 2.5.1 Reads与Unigenes比对 | 第51-52页 |
| 2.5.2 基因表达量统计 | 第52-53页 |
| 2.6 样品重复性 | 第53-54页 |
| 2.7 序列功能注释与功能分类 | 第54-63页 |
| 2.7.1 预测蛋白注释 | 第54-55页 |
| 2.7.2 GO、KOG和KEGG分类 | 第55-60页 |
| 2.7.3 单核苷酸多态性(SNPs)和简单重复序列(SSRs)的鉴定 | 第60-63页 |
| 2.8 单色光差异表达基因筛选 | 第63-67页 |
| 2.8.1 差异基因表达分析 | 第63-65页 |
| 2.8.2 差异表达基因聚类分析 | 第65-67页 |
| 2.9 DEGs的RT-PCR验证 | 第67-71页 |
| 2.9.1 单色光与白光比对Top10的DEGs | 第67-69页 |
| 2.9.2 RT-PCR验证 | 第69-71页 |
| 3 讨论 | 第71-73页 |
| 第五章 不同单色光作用下鸽卵巢的small RNA测序分析 | 第73-98页 |
| 1 材料与方法 | 第73-76页 |
| 1.1 卵巢组织采集 | 第73页 |
| 1.2 Small RNA高通量测序流程 | 第73-76页 |
| 1.2.1 Small RNA文库制备 | 第74页 |
| 1.2.2 生物信息学分析 | 第74-75页 |
| 1.2.3 Small RNA测序质控 | 第75页 |
| 1.2.4 新miRNA预测 | 第75页 |
| 1.2.5 miRNA表达水平及miRNA差异分析 | 第75页 |
| 1.2.6 差异表达miRNA验证 | 第75-76页 |
| 1.2.7 数据分析 | 第76页 |
| 2 结果与分析 | 第76-96页 |
| 2.1 Small RNA测序质量及长度分布 | 第76-79页 |
| 2.2 Small RNA基因组定位及注释 | 第79-85页 |
| 2.2.1 Small RNA基因比对分析 | 第79-84页 |
| 2.2.2 Small RNA注释分析 | 第84-85页 |
| 2.3 新miRNA预测 | 第85-88页 |
| 2.4 miRNA差异分析 | 第88-91页 |
| 2.4.1 miRNA表达水平分析 | 第88-89页 |
| 2.4.2 miRNA差异表达分析 | 第89-91页 |
| 2.5 差异miRNA靶基因预测及聚类分析 | 第91-95页 |
| 2.5.1 miRNA靶基因 | 第91页 |
| 2.5.2 GO和KEGG富集分析 | 第91-93页 |
| 2.5.3 差异表达miRNA的RT-PCR验证 | 第93-95页 |
| 2.6 miRNA靶基因与mRNA整合分析 | 第95-96页 |
| 3 讨论 | 第96-98页 |
| 第六章 结论 | 第98-99页 |
| 主要创新点 | 第99-100页 |
| 参考文献 | 第100-115页 |
| 附录 | 第115-127页 |
| 致谢 | 第127-129页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第129-130页 |
